中国科学院遗传与发育生物学研究所贺飞获国家专利权
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龙图腾网获悉中国科学院遗传与发育生物学研究所申请的专利基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119832979B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-08发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510057140.0,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法是由贺飞;王豪杰;石泽宇;王利敏;谢菁忠;郑术芝;刘西岗;曹晓风设计研发完成,并于2025-01-14向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法在说明书摘要公布了:本发明公开了基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法,涉及生物信息学技术领域。本发明以基因为基本单位进行关联分析,EMS群体SNP的MAF指标远低于正常群体,但基因水平的MAF值高于SNP水平。根据每个突变位点的突变效应进行加权,统计单样本的每个基因中所有突变的总加权值,作为关联分析的基础,极大的减小了结果的假阳性率,增加了分析的统计效力。同时使用多种统计方法进行综合评判,以找到最可靠的候选基因。相对于GWAS只能定位到一个可能包含多个基因的模糊区间,本发明可以直接精准定位到单个基因,提高了候选基因功能验证的实验效率,有效解决了现有技术无法负担EMS群体大规模分析、分析效力低的问题。
本发明授权基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法在权利要求书中公布了:1.基于EMS群体的基因水平全基因组关联分析算法,其特征在于,包括以下步骤: S1、获取待分析样本进行外显子测序; S2、获取EMS样本和正常对照样本的表型数据; S3、将EMS群体的外显子测序数据与其物种的基因组进行比对; S4、对得到的比对结果使用SNP检测工具进行SNP检测,获得基因编码区域的SNP信息; S5、使用SnpEff软件对SNP进行注释和突变效应预测,获得每个SNP的变异对基因功能的影响程度; S6、统计每个样本的每个基因区域的受到的总突变影响,获得基因水平的受影响程度信息; S7、使用线性模型和卡方检验进行基因型和表型的关联分析,具体包括以下步骤: S71、过滤假阳性SNP; S72、过滤表型异常值; S73、建立基因水平突变效应与表型的正向统计模型,进行基因型与表型的关联分析,获取表型与基因的关联P值; S74、建立突变表型与基因水平突变效应的反向统计模型,进行表型与基因型的关联分析,获取基因与表型的关联P值; S75、将正向与反向结果进行合并,获得最终表型与基因的关联分数; S76、依据统计检验原理,使用排列检测得到可靠的显著性阈值; S77、筛选显著关联的基因。
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