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龙图腾网获悉上海交通大学;沪渝人工智能研究院申请的专利一种分子动力学模拟系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120183519B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-25发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510672289.X，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权一种分子动力学模拟系统是由徐振礼;金石;罗泽东;郭永发;高伟航;梁久阳;周颀;罗茂瑛;孟星浑;孟庆宇;刘晓庆;赵腾设计研发完成，并于2025-05-23向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种分子动力学模拟系统在说明书摘要公布了：本发明涉及分子动力学模拟，特别涉及一种分子动力学模拟系统，包括CPU主机端采用内存映射文件技术读取系统拓扑文件以及系统参数文件，并将系统拓扑文件以数组结构体（StructureofArrays，SoA）形式数组进行保存；DCUGPU设备端收到从CPU主机端复制的数据后，通过模拟通道进行分子模拟，模拟通道为一个系综基类的std::vector，该数据记录每段系综运行的标识；每个系综在一步内执行的先后顺序为列表构建器、速度控制器、位置控制器、粒子作用力控制器、速度控制器以及温度压力控制器；本发明与现有技术相比具有高兼容性优势，可稳定运行于国产系统、国产CPU、国产DCU，同时兼容非国产系统、CPU、GPU。

本发明授权一种分子动力学模拟系统在权利要求书中公布了：1.一种分子动力学模拟系统，其特征在于，包括CPU主机端、DCUGPU设备端，其中： CPU主机端采用内存映射文件技术读取系统拓扑文件以及系统参数文件，并将系统拓扑文件以SoA形式数组进行保存； DCUGPU设备端收到从CPU主机端复制的数据后，通过模拟通道进行分子模拟，模拟通道为一个系综基类的std::vector，该数据记录每段系综运行的标识；每个系综在一个时间步内列表构建器、速度控制器、位置控制器、粒子作用力控制器、速度控制器以及温度压力控制器依次执行动作，将粒子的邻居依次加入其邻居列表的过程包括： 创建邻居列表对象，即通过链接单元格方法为粒子分配到各自的单元格，并为每个粒子指定一个单元格ID，然后利用thrust::make_tuple算符将每个粒子的所有信息封装成一个元组，接着应用thrust::make_zip_iterator算符来处理封装的元组，使其能够逐个进行遍历，然后执行thrust::stable_sort_by_key算符操作，根据单元格ID对所有元组及其单元格ID数组进行排序； 计算每个单元格内粒子的起始与结束索引，利用DTKCuda的核函数计算每个单元格在粒子列表中的起始和结束位置； 对于每个粒子，为其分配一个线程束，线程束中所有线程在当前粒子的27个单元格查找距离小于配置文件中的截断距离的粒子作为邻居粒子； 对于线程束中每个线程计算的邻居粒子个数使用DTK函数接口中hipcub函数库或Cuda函数接口中cub函数库的WarpReduce函数对其求和得到当前粒子总的邻居粒子数，并计算出每个粒子的最大邻居数； 通过DTK函数接口中hipcub函数库或Cuda函数接口中cub函数库的DeviceReduce::Sum函数对所有粒子的最大邻居数进行累加，计算出邻居列表中包含的粒子总数； 接着使用计算出的粒子总数作为thrust函数库中device_vector函数的resize方法的输入参数，以此完成邻居列表内存的分配； 将粒子的邻居依次加入其邻居列表中。

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