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中国人民解放军陆军军医大学万瑛获国家专利权

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龙图腾网获悉中国人民解放军陆军军医大学申请的专利基于模板序列和参考细胞的TCR β 高通量测序数据校正和标准化的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114596915B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-25发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210213693.7,技术领域涉及:G16B30/00;该发明授权基于模板序列和参考细胞的TCR β 高通量测序数据校正和标准化的方法是由万瑛;于海礼;倪青山;邹丽云;韩清娟;陈钢;黄毅;曾聪设计研发完成,并于2022-03-03向国家知识产权局提交的专利申请。

基于模板序列和参考细胞的TCR β 高通量测序数据校正和标准化的方法在说明书摘要公布了:本发明属于生物技术领域,具体公开了一种基于模板序列和参考细胞的TCRβ高通量测序数据校正和标准化的方法,包括如下步骤:在样本中掺入固定数目的外参细胞和固定数目的合成模板,构建TCRβ的高通量测序文库,并使用高通量测序平台进行测序;利用加入的模板序列分析扩增偏倚规律;校正碱基突变偏倚引起的测序错误;利用外参细胞对样本测序数据进行标准化;对样本中的T细胞受体进行精确定量。本发明以高通量测序的方式,采用标准化流程,通过扩增偏倚校正,测序错误校正,样本标准化,可以对TCRβ高通量测序数据的校正和标准化,最后获得精准而真实的TCRβ库分布。

本发明授权基于模板序列和参考细胞的TCR β 高通量测序数据校正和标准化的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于模板序列和参考细胞的TCRβ高通量测序数据校正和标准化的方法,其特征在于,包括如下步骤: (a)在样本中掺入固定数目的外参细胞和合成模板,用多重PCR引物构建TCRβ的高通量测序文库,并用高通量测序平台进行测序;外参细胞为2B4杂交瘤细胞,模板序列如SEQIDNO.26-48所示,多重PCR引物序列如SEQIDNO.3-25所示; (b)用分子条形码统计含有不同V基因的模板序列的测序reads数目,用模板数目考察在混入样本后模板序列的扩增偏倚规律,根据如下公式计算扩增偏倚指数: i=1…23,n=23,CountVi为测序得到的模板序列Vi的数目;若Ns为CDR3序列s的频数,Vi为s的V基因类型,则其校正后的频数N's=Ns×ABIVi; (c)用Dayhoff法构建替代矩阵,作为双序列比对的参数,计算TCRβ的互补决定区3序列间的相似性得分,确定原始序列与错误序列间的相似性阈值,以此阈值为依据将低频错误序列合并到高频序列中,校正测序错误,步骤如下:1按照频数将CDR3序列从高到低排列,2取频数最高的CDR3序列作为聚类中心,3对于剩余未被聚类的CDR3序列,将相似性得分大于相似性阈值、频数比小于比例阈值且具有相同V和J基因的CDR3序列合并到该聚类中;4重复23,直到所有CDR3序列均已被聚类; (d)利用外参细胞对样本测序数据进行标准化:假设加入外参细胞数目为n,测得的reads数目为m,而某一CDR3的reads数目为k,则标准化后,这一CDR3所对应的细胞的数目p为 ; (e)对样本中的TCRβ进行精确定量。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中国人民解放军陆军军医大学,其通讯地址为:400038 重庆市沙坪坝区高滩岩正街30号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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