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龙图腾网获悉杭州瑞普基因科技有限公司申请的专利分子生成方法及装置获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN118280477B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-12发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202410357903.9，技术领域涉及：G16C20/50；该发明授权分子生成方法及装置是由刘衍光;张明明;吕佳芸;高琦;秦帅波;于宇设计研发完成，并于2024-03-27向国家知识产权局提交的专利申请。

本分子生成方法及装置在说明书摘要公布了：本说明书实施例公开了一种分子生成方法及装置。方法包括：获取目标蛋白单体的蛋白单体信息和蛋白口袋信息；将目标蛋白单体的蛋白单体信息和蛋白口袋信息输入分子生成模型，分子生成模型输出候选分子；所述分子生成模型包括图神经网络、第一预测器、第二预测器、判别器；图神经网络用于嵌入蛋白口袋与分子片段的交互信息，第一预测器用于预测原子类型，第二预测器用于预测分子键，判别器用于判别分子生成是否结束。最终模型输出与蛋白单体的蛋白口袋具有良好结合能力的候选分子。该过程以整个蛋白口袋所组成的空间为限制，在空间内逐个添加原子，生成新的化合物分子。装置基于方法实现。

本发明授权分子生成方法及装置在权利要求书中公布了：1.分子生成方法，包括： 获取目标蛋白单体的蛋白单体信息和蛋白口袋信息；其中，所述蛋白单体信息包括蛋白单体序列和蛋白单体原子集合，所述蛋白单体原子集合为组成蛋白单体的原子及其空间位置的集合；所述蛋白口袋信息包括蛋白口袋中心位置和蛋白口袋大小； 将目标蛋白单体的蛋白单体信息和蛋白口袋信息输入分子生成模型，分子生成模型输出候选分子；所述分子生成模型包括图神经网络、第一预测器、第二预测器、判别器；具体过程为： 所述图神经网络用于嵌入蛋白口袋与分子片段交互信息； 所述第一预测器基于图神经网络嵌入的蛋白口袋与分子片段交互信息，预测某个空间位置下的原子； 所述第二预测器基于前次预测得到的分子片段信息和第一预测器预测的某个空间位置下的原子，预测该原子与前次预测得到的分子片段连接的键； 所述判别器用于判断分子生成未结束时，则将本次预测的某个空间位置下的原子及其与分子片段连接的键返回图神经网络，图神经网络嵌入新的蛋白口袋与分子片段交互信息，之后利用第一预测器、第二预测器预测新的某个空间位置下的原子及其与分子片段连接的键；以此往复，直到分子生成结束，并将最终形成的分子作为候选分子输出； 其中，在首次预测时，图神经网络基于目标蛋白单体的蛋白单体信息和蛋白口袋信息嵌入的蛋白口袋与分子片段交互信息中不包含分子片段信息；第一预测器基于图神经网络首次嵌入的蛋白口袋与分子片段交互信息，预测得到构成分子片段的第一个某个空间位置下的原子，并返回图神经网络。

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