江西省农业科学院园艺研究所汤雨晴获国家专利权
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龙图腾网获悉江西省农业科学院园艺研究所申请的专利一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法及装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117174178B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-15发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310955789.5,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法及装置是由汤雨晴;邬庆江;王雨亭;胡钟东设计研发完成,并于2023-08-01向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法及装置在说明书摘要公布了:本发明提供一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法及装置,方法主要包括:将全基因组重测序数据进行变异位点检测后转换成全基因组变异图谱的形式,并进行文件分割得到多个子图谱文件,统计变异数量来剔除数据偏差较大的子图谱文件,剩余的子图谱文件作为较为准确性较高的评估数据进行分析,从而得到局部区间和全基因水平的个体单倍型距离、局部区间和全基因水平的群体单倍型距离,能够得到多维度的单倍型距离数据,准确性高。
本发明授权一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法及装置在权利要求书中公布了:1.一种基于二代短读长序列的单倍型距离评估方法,其特征在于,包括如下步骤: 导入具有二代短读长序列特性的全基因组重测序数据,所述全基因组重测序数据为M×N个,其中,M为群体个数,N为每个所述群体的样本个数; 将M×N个全基因组重测序数据进行变异位点的检测处理,根据检测到的M×N个变异位点分别得到对应的全基因组变异图谱; 将M×N个全基因组变异图谱作为待分割图谱文件,按照设定的局部单倍型距离的区间长度将所述待分割图谱文件分割为区间长度相同的多个子图谱文件; 分别统计每个子图谱文件中的变异数量,并将变异数量小于或等于变异阈值的子图谱文件剔除,将变异数量大于所述变异阈值的子图谱文件作为待处理子图谱文件; 在局部区间上,分别对待处理子图谱文件进行距离标准化处理,得到个体水平基因组局部单倍型距离;在局部区间上,分别对属于同一群体的所有待处理子图谱文件对应的个体水平基因组局部单倍型距离进行距离标准化处理,得到群体水平基因组局部单倍型距离; 在全基因水平上,对所有待处理子图谱文件对应的个体水平基因组局部单倍型距离进行平均值计算,得到个体水平单倍型距离;在全基因水平上,对M个群体对应的群体水平基因组局部单倍型距离进行平均值计算,得到群体水平单倍型距离。
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