华东交通大学张伟获国家专利权
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龙图腾网获悉华东交通大学申请的专利基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115116551B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-29发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210743745.1,技术领域涉及:G16B50/30;该发明授权基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的方法是由张伟;蔡娴娴;徐亚新设计研发完成,并于2022-06-27向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的计算方法。该方法有效融合蛋白质相互作用数据的拓扑结构特征以及蛋白质的本体语义相似度信息;将这两种信息融入非负矩阵分解方法框架中,通过迭代求解非负矩阵分解的结果,得到蛋白质之间连接关系相似度矩阵;最后通过亚细胞定位信息矩阵进行过滤,得到未知连接关系的蛋白质之间相似度值,相似度越大,意味着这两个蛋白质之间存在相互作用的可能性越大。经测试验证,本发明提出的方法可以显著提高预测未知蛋白质相互作用关系的精度和效率。
本发明授权基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于非负矩阵分解框架的预测蛋白质相互作用关系的方法,该方法包括以下步骤: 1获取已有蛋白质相互作用关系数据、基因本体语义注释信息数据及蛋白质亚细胞定位数据; 2基于已有蛋白质相互作用关系数据构建邻接矩阵A,基于基因本体语义注释信息数据构建蛋白质与蛋白质间的基因功能相似性矩阵S,基于蛋白质亚细胞定位数据构建蛋白质间的亚细胞定位信息邻接矩阵SL_adj; 3定义一个基于非负矩阵分解框架的目标函数: (1) 其中,A表示邻接矩阵,,及,S表示基因功能相似性矩阵,表示Frobenius范数,A表示求矩阵A的迹,表示权重参数,分别为防止过拟合的正则化参数,p为1-2间的参数,L=D-C,C为邻接矩阵A的余弦相似性矩阵,; 4建立增广的拉格朗日函数,使用基于迭代优化的方法来优化目标函数值; 5获得迭代优化后的W,H1,计算未知连接关系的蛋白质之间连接相似度值; 6将未知连接关系蛋白质之间的相似度值按照从大到小排序,排序的前k个最大相似值对应的连接关系即为预测的蛋白质相互作用关系。
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