深圳大学邱育珊获国家专利权
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龙图腾网获悉深圳大学申请的专利一种快速稳定的单细胞类型标注方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120015135B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510503735.4,技术领域涉及:G16B40/20;该发明授权一种快速稳定的单细胞类型标注方法是由邱育珊;陈文胜;林炳清;康俊岳;吴咸润设计研发完成,并于2025-04-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种快速稳定的单细胞类型标注方法在说明书摘要公布了:本发明涉及生物信息学技术领域,具体涉及一种快速稳定的单细胞类型标注方法,通过基于不同细胞的测序数据识别不同细胞的细胞类别;在不同取值的设定超参数下对单个细胞的测序数据进行降维处理,获取降维前后的数据点图,数据点图中的每个数据点对应一个细胞;对降维前后的数据点图进行分析,确定不同取值的设定超参数下每种细胞类型的细胞区域的细胞混合程度,进而确定不同取值的设定超参数的准确性;将准确性最大所对应取值的设定超参数作为最优取值的设定超参数,并基于最优取值的设定超参数对应的降维后的数据点图作为最优降维结果。本发明通过确定最优取值的设定超参数,提高了单细胞类型标注过程中降维结果的准确性。
本发明授权一种快速稳定的单细胞类型标注方法在权利要求书中公布了:1.一种快速稳定的单细胞类型标注方法,其特征在于,包括以下步骤: 基于不同细胞的测序数据识别不同细胞的细胞类别; 在不同取值的设定超参数下对单个细胞的测序数据进行降维处理,并获取降维前后的数据点图,数据点图中的每个数据点对应一个细胞; 根据降维前后的数据点图中每个细胞对应的数据点的邻域内与该细胞为相同细胞类别的数据点的数量分布之间的差异,确定每个细胞的合理性指标,合理性指标反映了当前取值的设定超参数对于每个细胞的设置合理性; 确定降维后的数据点图中每种细胞类型对应数据点所构成细胞区域的边界区域和非边界区域,根据边界区域和非边界区域内该细胞类型对应数据点所对应细胞的合理性指标之间的差异,以及边界区域内该细胞类型对应数据点和其他细胞类型对应数据点的分布情况,确定每种细胞类型的细胞区域的细胞混合程度; 根据不同取值的设定超参数下所有细胞类型的细胞区域的细胞混合程度的整体分布水平,确定不同取值的设定超参数的准确性; 将准确性最大所对应取值的设定超参数作为最优取值的设定超参数,并将最优取值的设定超参数对应的降维后的数据点图作为最优降维结果; 确定每个细胞的合理性指标,包括: 确定降维前的数据点图中每个细胞对应的数据点的邻域内与该细胞为相同细胞类别的数据点的数量占比,得到第一细胞类型密度; 确定降维后的数据点图中每个细胞对应的数据点的邻域内与该细胞为相同细胞类别的数据点的数量占比,得到第二细胞类型密度; 确定第二细胞类型密度与第一细胞类型密度的差值,得到第一差值; 确定第一差值与第二细胞类型密度的乘积,得到第一乘积,将该第一乘积作为每个细胞的合理性指标; 确定每种细胞类型的细胞区域的细胞混合程度,包括: 在降维后的数据点图中每种细胞类型对应数据点所构成细胞区域的边界区域和非边界区域内,根据该细胞类型对应数据点所对应细胞的合理性指标之间的差异,确定每种细胞类型对应的边界区域的边界清晰度; 在降维后的数据点图中每种细胞类型对应数据点所构成细胞区域的边界区域内,根据该细胞类型对应的数据点和其他每种细胞类型对应数据点的数量差异,以及其他每种细胞类型对应数据点的区域占比,确定每种细胞类型对应的边界区域内其他每种细胞类型的细胞混合程度; 根据每种细胞类型对应的边界区域内其他所有种细胞类型的细胞混合程度以及每种细胞类型对应的边界区域的边界清晰度,确定每种细胞类型的细胞区域的细胞混合程度; 确定每种细胞类型对应的边界区域内其他每种细胞类型的细胞混合程度,包括: 在降维后的数据点图中每种细胞类型对应数据点所构成细胞区域的边界区域内,确定该细胞类型对应数据点和其他每种细胞类型对应数据点的数量占比的差值,得到第三差值,对该第三差值进行负相关处理,得到差值处理结果; 确定差值处理结果与降维后的数据点图中每种细胞类型对应数据点所构成细胞区域的边界区域内其他每种细胞类型对应数据点的区域占比的乘积,得到第二乘积,将该第二乘积作为每种细胞类型对应的边界区域内其他每种细胞类型的细胞混合程度。
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