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东北林业大学徐艳春获国家专利权

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龙图腾网获悉东北林业大学申请的专利一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119541634B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411599910.6,技术领域涉及:G16B20/40;该发明授权一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法是由徐艳春;瓦拉·穆罕默德;杨淑慧;张琦;杨金城设计研发完成,并于2024-11-11向国家知识产权局提交的专利申请。

一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法在说明书摘要公布了:一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法,属于分子生物学技术领域。本发明为解决现有技术中杂交检测的方法存在高成本、准确率较低、需要纯父母本参考基因组信息的技术问题,提供了一种基于核线粒体DNA重测序数据检测杂交个体的方法,所述方法基于目标个体的全基因组重测序数据与核线粒体DNA片段,根据核线粒体DNA片段与其线粒体同源片段之间的遗传距离数据集所绘制的折线图进行杂交检测结果的判断。本发明提供的杂交个体的检测方法具有较高的准确性,规避了需要设计对父母本都有效的遗传标记的技术难题,以及无需检测目标个体的纯父母本参考基因组,降低了检测成本,扩大了适用范围。

本发明授权一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法在权利要求书中公布了:1.一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法,其特征在于,所述的检测方法具体包括以下步骤: 步骤1:对目标个体进行样本采集,在干冰条件下进行运输并保存于低于-20℃的条件下,使用试剂盒提取样本的DNA;构建DNBSEQ全基因组重测序常规文库进行测序,获得目标个体的重测序数据; 步骤2:从NCBI中下载目标个体所属物种的细胞色素b序列,作为线粒体基因组从头组装的种子,使用NOVOplastyv4.3.1进行线粒体基因组的组装,获得线粒体参考基因组; 步骤3:核线粒体DNA片段的识别; 步骤3.1:从步骤1中获得的重测序数据reads中去除用于组装线粒体基因组的reads,生成一个新的fastq文件,使用BWA0.7.17-r1188将上述获得的fastq文件与步骤2中组装后的线粒体参考基因组进行比对生成bam文件,获得比对后的bam文件; 步骤3.2:使用samtools1.17过滤步骤3.1中获得的bam文件,获得潜在的核线粒体DNA序列; 步骤3.3:使用bedtools2.30.0的bamtobed将步骤3.2中获得的潜在核线粒体DNA序列转换为BED格式,通过BedtoolsCluster对1000bp内的重叠阅读进行聚类,然后使用BedtoolsBamtofastq将上述序列转换回fastq格式; 步骤3.4:将步骤2中线粒体参考基因组与步骤3.3中获得的fastq进行BLAST比对,使用-dustno参数不屏蔽低复杂度区域,Python脚本提取最高得分的BLAST匹配,上述核线粒体DNA序列经相互之间的比对,获得确定的核线粒体DNA序列 步骤4:将步骤3中确定的核线粒体DNA序列与步骤2中的线粒体参考基因组单独比对,不进行过滤,计算每个核线粒体DNA序列与其线粒体同源片段之间的遗传距离;并绘制成折线图,根据折线图进行结果判别。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人东北林业大学,其通讯地址为:150040 黑龙江省哈尔滨市香坊区和兴路26号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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