深圳市硬核酸生物科技有限公司谢禹鑫获国家专利权
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龙图腾网获悉深圳市硬核酸生物科技有限公司申请的专利靶点确定方法及装置、计算机设备获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116312755B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211553946.1,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权靶点确定方法及装置、计算机设备是由谢禹鑫;陈盛培;陈婉婷;潘小瑜设计研发完成,并于2022-12-06向国家知识产权局提交的专利申请。
本靶点确定方法及装置、计算机设备在说明书摘要公布了:本公开提供了一种靶点确定方法及装置、计算机设备。方法包括:获取信使核糖核酸mRNA靶点序列、mRNA靶点序列中各个点位的n1个特征、任意两个点位的距离、各个点位的能够结合的盐度和湿度,n1为正整数;将mRNA靶点序列、mRNA靶点序列中各个点位的n1个特征、任意两个点位的距离、各个点位的能够结合的盐度和湿度输入二级结构模型,得到mRNA靶点序列对应的二级结构矩阵,二级结构模型用于基于mRNA序列确定mRNA序列对应的二级结构矩阵,二级结构矩阵的每个元素表示对应二级结构的打开概率;基于最优路径搜索算法从二级结构矩阵中选取一个或多个最优路径,并基于最优路径确定所有候选靶标序列。该方法无需对每个位点进行生物实验,耗时短,成本低,效果好。
本发明授权靶点确定方法及装置、计算机设备在权利要求书中公布了:1.一种靶点确定方法,其特征在于,所述方法包括: 获取信使核糖核酸mRNA靶点序列、所述mRNA靶点序列中各个点位的n1个特征、任意两个点位的距离、各个点位的能够结合的盐度和湿度,n1为正整数; 将所述mRNA靶点序列、所述mRNA靶点序列中各个点位的n1个特征、任意两个点位的距离、各个点位的能够结合的盐度和湿度输入二级结构模型,得到所述mRNA靶点序列对应的二级结构矩阵,所述二级结构模型用于基于mRNA序列、mRNA序列中各个点位的n1个特征、任意两个点位的距离、各个点位的能够结合的盐度和湿度确定所述mRNA序列对应的二级结构矩阵,所述二级结构矩阵的每个元素表示对应二级结构的打开概率; 基于n2个选择条件,得到n2个N×N的选择条件矩阵,所述选择条件矩阵的每个元素表示对应二级结构在对应条件下的分值,N、n1、n2均为正整数; 将所述n2个N×N的选择条件矩阵降维处理成N×N的矩阵,并与N×N的所述二级结构矩阵相加,得到N×N的路径打分矩阵; 基于最优路径搜索算法从所述路径打分矩阵中选取一个或多个最优路径,并基于所述最优路径确定所有候选靶标序列; 所述方法还包括:按照如下方式确定训练集中涉及的mRNA序列对应的二级结构矩阵: 获取mRNA序列和新一代测序NGS数据,所述mRNA序列的长度为N,所述NGS数据为1×N的序列矩阵,所述序列矩阵的每个元素对应mRNA序列的一个位点,所述序列矩阵的每个元素表示对应的位点在NGS实验中被N20片段杂合的次数; 基于所述mRNA序列生成n1×N的序列特征矩阵,所述序列特征矩阵的每一列元素对应mRNA序列的一个位点,所述序列特征矩阵的每一列元素表示对应的位点的n1个特征; 将所述序列矩阵和所述序列特征矩阵进行矩阵叠加,得到(n1+1)×N的一级结构矩阵; 将所述一级结构矩阵降维处理成1×N的矩阵,并对所述1×N的矩阵进行对角化,得到N×N的二级结构矩阵。
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