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天津大学四川创新研究院李国良获国家专利权

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龙图腾网获悉天津大学四川创新研究院申请的专利一种基因组装的多线程化方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115359842B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-23发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211034382.0,技术领域涉及:G16B30/20;该发明授权一种基因组装的多线程化方法及系统是由李国良;张也;彭德华;吉祥宇;刘原驰;陆嘉华;赵书磊;陈星霖;唐善雯;吴蕾设计研发完成,并于2022-08-26向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基因组装的多线程化方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基因组装的多线程化方法及系统,该方法包括如下步骤:S1:生成ID对接表;S2:使用B+树索引分别从硬盘或虚拟内存中提取编号readID对应的碱基序列;S3:将对接关系后的多条序列依次与基准序列匹配;S4:读取能够和基准序列匹配的下一批编号readID的碱基序列;S5:输出线程标识和匹配合并输出后的小型重叠群smallcontig;S6:当ID对接表读取完毕后,遍历ID对接表,将线程标识表中零散编号readID的碱基序列替换为相应的碱基序列ID,并输出单核苷酸变异SNP信息表。本发明通过组建服务器集群进行计算,以其中一台作为共享存储,其他服务器各自领取任务执行,实现服务器多机并行计算,组装算法的线性性能递增,无限降低计算时间。

本发明授权一种基因组装的多线程化方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基因组装的多线程化方法,其特征在于,包括如下步骤: S1:将测序文件赋予自定义编号,对碱基序列使用神经网络模糊匹配算法获得其对应关系,即ID对接表; S2:开启多线程,每个线程按行读取ID对接表中的对应关系,并在该行前打上线程标识,使用B+树索引分别从硬盘或虚拟内存中提取编号readID对应的碱基序列; S3:将对接关系后的多条序列依次与基准序列匹配,能对齐的合并,不能对齐的舍弃; S4:继续读取能够和基准序列匹配的下一批编号readID的碱基序列,并提取对应的序列再次和该批次基准序列匹配; S5:若下一批序列的匹配已经有线程开启计算,则终止提取下一批序列,输出线程标识和匹配合并输出后的小型重叠群smallcontig; S6:若下一批序列的匹配暂无线程开启计算,则继续提取和基准序列匹配的下一批序列,和该批次的基准序列匹配,直到有一批序列中有一条已被其他线程开启计算,则终止本次计算,输出线程标识和匹配合并输出后的小型重叠群smallcontig; S7:当ID对接表读取完毕后,遍历ID对接表,将线程标识表中零散编号readID的碱基序列替换为相应的碱基序列ID,并输出单核苷酸变异SNP信息表。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人天津大学四川创新研究院,其通讯地址为:610000 四川省成都市天府新经济产业园B6号楼13层;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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