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深圳大学李文金获国家专利权

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龙图腾网获悉深圳大学申请的专利一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119479782B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-30发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411409808.5,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法是由李文金;穆罕默德·朱奈德;王博设计研发完成,并于2024-10-10向国家知识产权局提交的专利申请。

一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法在说明书摘要公布了:本发明属于药物设计领域,具体公开一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法,包括:获取YTHDF1蛋白结构,同源建模生成多种构象蛋白;获取与YTHDF1蛋白结合的小分子,并生成诱饵分子,共构成配体分子;将配体分子和YTHDF1上结合位点对接,通过PLEC指纹对复合物表征;利用机器学习算法构建特异性评分函数,对待筛选化合物与YTHDF1分子对接的复合物进行打分筛选后,进行亲和力预测,筛选出靶向YTHDF1的小分子抑制剂。本发明提供的所述虚拟筛选方法能大规模、精准地筛选出具有高亲和力的YTHDF1靶向分子,为YTHDF1相关疾病的药物研发提供候选分子,为临床试验和药物优化奠定基础。

本发明授权一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法在权利要求书中公布了:1.一种靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂的虚拟筛选方法,其特征在于,包括步骤: aYTHDF1蛋白结构准备:获取YTHDF1蛋白的晶体结构,利用SWISS‑MODEL平台对YTHDF1蛋白进行同源建模,生成多种构象的YTHDF1蛋白; b配体分子数据集构建:获取与YTHDF1蛋白结合的活性小分子和非活性小分子,并根据所述活性小分子生成无活性的诱饵分子,构建配体分子集; c分子对接与复合物表征:利用分子对接程序将所述配体分子集中的分子和多种构象的YTHDF1蛋白上的结合位点进行高通量分子对接,通过PLEC指纹对生成的蛋白质‑配体复合物进行表征; d特异性评分函数构建:基于获得的PLEC指纹数据集,利用机器学习算法构建针对YTHDF1蛋白的特异性评分函数; e虚拟筛选与亲和力预测:将待筛选化合物库中的化合物对接至多种构象的YTHDF1蛋白上,获取其复合物的PLEC指纹,利用所述特异性评分函数进行打分排序筛选后,进行亲和力计算,最终筛选出所述靶向YTHDF1蛋白的小分子抑制剂; 步骤b中,根据活性小分子生成无活性的诱饵分子,具体包括:利用DeepCoy算法生成与所述活性小分子理化性质相似但结构不同的无活性的诱饵分子,以活性小分子的SMILES作为输入,先根据每个活性小分子生成100个诱饵分子,再根据活性小分子在空间中的嵌入程度,最后为每个活性小分子保留50个诱饵分子; 步骤c中,所述分子对接程序包括Smina分子对接程序,在Smina分子对接程序中,exhaustiveness参数设定为8,num_modes值设为10; 步骤e中,利用所述特异性评分函数对复合物进行打分排序后,筛选得到前1%的候选化合物,再通过逻辑回归模型对所述候选化合物进行亲和力计算,最终筛选出具有高亲和力的靶向YTHDF1的小分子抑制剂。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人深圳大学,其通讯地址为:518061 广东省深圳市南山区粤海街道南海大道3688号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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