中国人民解放军国防科技大学崔英博获国家专利权
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龙图腾网获悉中国人民解放军国防科技大学申请的专利基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120600115B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-21发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202511092684.7,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备是由崔英博;王清哲;唐滔;黄春;彭林;张鹏;方建滨;左克;李宝峰;邬会军设计研发完成,并于2025-08-05向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备在说明书摘要公布了:本申请涉及一种基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备,所述方法包括:根据基因组图和测序序列,构建动态规划打分矩阵:定义行差分矩阵和列差分矩阵;根据行差分矩阵和列差分矩阵的定义设置的中间变量,推导行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式;采用行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式计算出行差分矩阵和列差分矩阵每个单元格值;根据行差分矩阵的定义和行差分矩阵,计算动态规划打分矩阵每个单元格的得分。本方法提出基于差分的比对打分递推公式,将对单元格得分的直接计算转化为对单元格之间差值的计算,将向量单通道的位数始终控制在8位,从而提高向量化的并行度,进一步提升序列到图比对的性能。
本发明授权基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备在权利要求书中公布了:1.一种基于差分的向量化并行序列到图比对方法,其特征在于,包括步骤: 获取基因组图和测序序列; 根据所述基因组图和所述测序序列,构建动态规划打分矩阵; 定义行差分矩阵和列差分矩阵,所述行差分矩阵的元素是所述动态规划打分矩阵的同一列中相邻两个单元格之间比对分数的差值,所述列差分矩阵的元素是所述动态规划打分矩阵的单元格与其同一行内所有前驱单元格比对得分的差值; 定义中间变量为所述动态规划打分矩阵当前单元格的值与上一行的前驱单元格的差值;并根据所述行差分矩阵和所述列差分矩阵的定义,对中间变量的定义式进行变化,推导行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式;所述中间变量为: ; 其中,为对应打分矩阵第行第列单元格的第个中间变量,表示打分矩阵第行第列的值,为上一行的前驱单元格,为列差分矩阵的第行第列单元格的第个值,为列差分矩阵的第行第列单元格的第个值,为行差分矩阵的第行第列单元格的值,和分别表示水平与垂直罚分,表示第行与第列碱基之间匹配或不匹配得分; 采用行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式计算出行差分矩阵和列差分矩阵每个单元格值;行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式为: ; ; 其中,为行差分矩阵的第行第列单元格的值,为列差分矩阵的第行第列单元格的第个值,为列差分矩阵的第行第列单元格的第个值; 根据行差分矩阵的定义和所述行差分矩阵,计算动态规划打分矩阵每个单元格的得分。
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