佰合拓微(天津)生物科技有限公司;北京赛默百合生物科技有限公司张玢获国家专利权
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龙图腾网获悉佰合拓微(天津)生物科技有限公司;北京赛默百合生物科技有限公司申请的专利一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118918955B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-28发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411201299.7,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法是由张玢;李澎鹏;高永洋设计研发完成,并于2024-08-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法,通过改型的动态规划算法串联任意Query和SubjectHSP得到最优结果,其核心创新点为将Subject的HSP的坐标替换成映射到Query上的坐标,使得能够最大似然的排除Subject重排事件对HSP串联Chain分析结果的影响,本发明涉及基因组组装技术领域。该多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法,自比对消除法中,仅仅使用1vs1比对结果在分析过程中会有逻辑漏洞无法识别“搭桥”事件。由于本发明使用的改型动态规划算法能够忽略Subject中重排对于HSP串联Chain的影响。使得本发明可以使用改成任意两个与Query相似的Subjects做任意串联形成新的Subject识别可能存在的“搭桥”事件。
本发明授权一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法在权利要求书中公布了:1.一种多倍体基因组组装过程中亚基因组的鉴定方法,其特征在于:具体包括以下步骤: S1、获取任意Contig的比对结果,针对任意一条Query,获取其与任意目标Subject的比对坐标矩阵; S2、矩阵特征在于其一维坐标为Contig的比对坐标,另一个维度的坐标系为Subject映射到Query上的坐标,纵坐标代表Ref1比对坐标,横坐标代表Ref2HSP映射到Ref1上的比对坐标,按照新坐标排序构建矩阵,如果两个区域能够比对上,则将其比对得分放到矩阵对应位置; S3、对于任意一个单元格,利用动态规划将HSP进行串联,计算公式如下:; 其中:i是当前HSP,j是之前的HSP,是当前HSP的得分,是连接i和j时的间隔惩罚; S4、对整体矩阵进行扫描,寻找打分最高的值,并使用动态规划算法计算最高值的路径涉及的碱基坐标的加和X; S5、计算X与Query的比值,如果大于设定的阈值,则将Query标记为Subject的同源序列,予以去除; S6、对于任意一个Contig集合S,以上步骤S1-S5算法把Contig拆分为两个集合,和; S7、针对自比对消除法出现的逻辑漏洞,从S保留中操作任意一个C,查询之前的动态规划结果,寻找与C具有最高坐标加和的被S保留包含的头两个ContigsCx和Cy,将Cx和Cy序列串联起来得到序列Cconnect,将Cconnect与C进行比对,而后对二者进行步骤S1-S6,并更新S保留; S8、遍历S保留直到结束。
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