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上海宝藤生物医药科技股份有限公司;上海宝藤医学检验所有限公司;上海华藤生物科技有限公司冀树伸获国家专利权

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龙图腾网获悉上海宝藤生物医药科技股份有限公司;上海宝藤医学检验所有限公司;上海华藤生物科技有限公司申请的专利一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119314563B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-02发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411380777.5,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法及其应用是由冀树伸;林灵;汪梦竹;张文博;刘春雨;宋莉;赵江曼;楼敬伟设计研发完成,并于2024-09-30向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明涉及一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法及其应用,通过收集肠道菌群移植FMT治疗前供体与受体的16srRNA肠道菌群数据以及FMT临床治疗疗效的回顾性数据,计算了供体与受体之间的菌群丰度差异度、代谢途径活性差异度,酶活性差异度和物种多样性差异度等特征,通过主成分分析对特征进行选择,筛选出能够解释90%方差的高贡献特征,使用随机森林机器学习模型筛选出其中与治疗疗效相关的特征标记物,计算出这些标记物在模型中的权重,最终通过对每个供体的菌群特征进行加权打分和排序,筛选出最优的供体。

本发明授权一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种基于多维菌群特征和机器学习的慢性便秘肠道菌群移植供受体配型的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: 1收集供体和受体的肠道菌群16srRNA测序数据,过滤聚类后得到ASV序列; 2将ASV序列数据进行物种注释和功能预测,获得物种多样性指数、菌群种属水平相对丰度、代谢通路活性及代谢通路相关酶活性特征; 3将每对供受体的物种多样性指数、菌群种属水平相对丰度、代谢通路活性及代谢通路相关酶活性特征相减,得到供受体之间的特征差异度,以供受体样本号为行,特征为列,形成多维特征差异度矩阵; 4对步骤3中获得的矩阵进行主成分分析降维,筛选出能够解释90%方差的高贡献特征; 5将筛选后的特征与每对供受体临床治疗是否响应的数据,进行数据整合,生成供受体样本号组合为行名,微生物特征和临床指标作为列名的矩阵; 6输入步骤5获得的矩阵,按比例划分为训练集和测试集,参数网格搜索后找到最优参数组合,构建随机森林分类器,训练集数据进行模型拟合,测试集数据进行预测验证,绘制ROC曲线,计算出AUC值,获取每个特征的重要性指数; 7输入待配对受体数据,与每个供体配对,计算高贡献特征差异度,构建特征差异度矩阵,根据步骤6获得的重要性指数通过公式对供体进行评分,将计算出供体得分排序,得分最高者为最优供体; 所述公式如下: 其中,代表每个样本中第i个特征的数值,代表每个特征对应的权重,n代表特征的总数,代表所有特征加权后的和,代表将特征值缩放在0-1的范围,m代表供体在临床检查中的健康状况得分常数。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人上海宝藤生物医药科技股份有限公司;上海宝藤医学检验所有限公司;上海华藤生物科技有限公司,其通讯地址为:201203 上海市浦东新区中国(上海)自由贸易试验区张衡路180弄3号楼5层;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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