深圳市朗坤科技股份有限公司;珠海市朗健生物科技有限公司陈磊获国家专利权
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龙图腾网获悉深圳市朗坤科技股份有限公司;珠海市朗健生物科技有限公司申请的专利一种酶优化方法、系统、设备及介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120877846B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-16发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202511394422.6,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权一种酶优化方法、系统、设备及介质是由陈磊;李小薪;朱芳正;陈建湘;罗婷婷设计研发完成,并于2025-09-28向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种酶优化方法、系统、设备及介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种酶优化方法、系统、设备及介质,该方法首先提取目标酶的骨架,并对所提取的骨架进行填充,生成第一候选酶集合;其次,通过目标分子对接,筛除第一候选酶集合中在目标对接位点处对接性能较差的变体酶,得到第二候选酶集合;然后,通过盲对接,筛除第二候选酶集合中盲对接性能较差或者没有在目标对接位点处进行对接的变体酶,并记录被筛除的变体酶的对接口袋的位置,被筛除的变体酶的对接口袋即为有害对接口袋;最后,针对所有记录的对接口袋进行目标对接,进一步筛除在这些口袋处存在较好对接性能的变体酶,得到最终的优化酶。采用本发明能够生成具有更高对接性能且有效排除有害对接的优化酶。
本发明授权一种酶优化方法、系统、设备及介质在权利要求书中公布了:1.一种酶优化方法,其特征在于,包括: 查找目标酶的骨架,对所述目标酶的骨架进行填充,生成第一候选酶集合; 对所述第一候选酶集合中的各候选酶进行分子对接,得到第一目标对接结果,根据所述第一目标对接结果对所述第一候选酶集合进行筛选,得到第二候选酶集合; 将所述第二候选酶集合中各候选酶与预设底物进行盲对接,得到各候选酶的盲对接结果;根据各候选酶的盲对接结果与各候选酶的第一目标对接结果的差值,筛除所述第二候选酶集合中对应的候选酶,得到第三候选酶集合,将所筛除的候选酶的对接口袋作为有害对接口袋,得到有害对接口袋集合; 将所述第三候选酶集合中的各候选酶与所述有害对接口袋集合中的各有害对接口袋进行分子对接,得到第二目标对接结果,根据所述第二目标对接结果和所述第一目标对接结果对所述第三候选酶集合进行筛选,得到所述目标酶的优化酶集合; 其中,所述根据各候选酶的盲对接结果与各候选酶的第一目标对接结果的差值,筛除所述第二候选酶集合中对应的候选酶,得到第三候选酶集合,将所筛除的候选酶的对接口袋作为有害对接口袋,得到有害对接口袋集合,包括: 若不等式均成立,则将从所述第二候选酶集合中选择对应的候选酶,否则所述第二候选酶集合中筛除对应的候选酶,并将对应候选酶的对接口袋作为有害对接口袋; 直至遍历完第二候选酶集合中的每一候选酶,得到第三候选酶集合和有害对接口袋集合; 所述不等式包括: ; ; ; ; 其中,为盲对接得分,为第一目标对接得分,为对接得分阈值;为盲对接口袋的中心位置,为第一目标对接口袋的中心位置,表示欧几里得范数,表示计算和的空间距离,为对接口袋中心位置的距离阈值;为盲对接口袋中预设底物与候选酶结合位点中各原子间的最小距离,为第一对接口袋中目标酶的底物与目标酶结合位点中各原子间的最小距离,为酶和底物结合位点中的各原子间的最小距离阈值;为候选酶在盲对接口袋中所包含的残基数量,为候选酶在第一对接口袋中所包含的残基数量,为对接口袋中所包含的残基数量阈值。
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