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龙图腾网获悉上海师范大学申请的专利一种水稻数量性状基因快速发掘的方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN116052771B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-13发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202310058245.9，技术领域涉及：G16B25/10；该发明授权一种水稻数量性状基因快速发掘的方法是由魏鑫;黄学辉;陈蒙娇;刘杰设计研发完成，并于2023-01-13向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种水稻数量性状基因快速发掘的方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种水稻数量性状基因快速发掘的方法，所述方法包括：对水稻巢式联合作图群体进行全基因组关联分析和每个子群体的连锁分析，发掘能同时被两种方法鉴定到的数量性状位点；对QTL位点内候选基因的功能、变异和表达进行全面分析；对候选基因注释信息中目标表型特异的关键词匹配次数、候选基因变异位点对基因功能的影响、候选基因在特异组织中的表达量等进行加权打分和排序，选择评分最高的3个基因作为目标数量性状的候选基因。本发明通过开发一套可根据关键词判定候选基因功能及综合判定变异对基因功能影响的评价打分系统对水稻NAM群体中发掘的数量性状候选基因进行评估筛选，可大幅度提高水稻数量性状基因发掘的效率。

本发明授权一种水稻数量性状基因快速发掘的方法在权利要求书中公布了：1.一种水稻数量性状基因快速发掘的方法，其特征在于，所述方法包括下述步骤： 步骤1：基于水稻NAM群体的基因型和表型，进行全基因组关联分析，发掘与数量性状表型显著相关的数量性状位点，记做关联QTL位点；并对作图群体的每个子群体分别进行连锁分析，发掘每个子群体中与数量性状表型连锁的数量性状位点，记做连锁QTL位点；基于关联QTL位点连锁QTL位点中位点的相近程度，选择候选QTL位点，将所有候选QTL位点内的所有基因作为候选基因； 步骤2：对水稻NAM群体的群体亲本进行全基因组测序、组装和比对，发掘与参考基因组日本晴存在差异的变异位点，并确定变异位点在基因上的位置和变异类型；收集水稻、拟南芥中已发表的基因信息及相关研究论文关键词，并根据同源基因对整个基因组中的基因功能进行注释；对群体亲本进行转录组测序并收集公共数据库中的水稻基因表达数据，获得基因表达量数据；收集水稻组织的eChIP-Seq数据，分析水稻候选基因的H3K27me3组蛋白修饰信息； 步骤3：排除在连锁QTL所在群体的双亲间无碱基差异的候选基因；根据候选基因变异的遗传效应大小、候选基因注释信息中目标表型特异关键词的匹配次数、候选基因在目标性状特异组织中的表达量、候选基因在不同亲本间的变异与QTL完全匹配与否、候选基因所在QTL基因的显著关联水平、候选基因的组蛋白修饰信息，进行加权打分，选择评分最高的若干个基因作为目标数量性状的待验证候选基因， 所述步骤3包括： 步骤3.1根据变异对基因功能的影响、变异片段的大小、变异发生的位置的信息对候选基因的变异效应进行打分； 步骤3.2收集水稻、拟南芥、玉米等物种中已发表的与目标性状相关的论文，总结出某个性状相关基因的关键词；利用这些关键词对候选基因的注释文本进行检索，根据关键词匹配次数对候选基因进行基因功能的打分； 步骤3.3比较候选基因在目标组织中的表达量与其他组织中平均表达量的比值，根据比值对候选基因进行基因表达量的打分； 步骤3.4根据显著关联QTL位点的-log10P值对候选基因的遗传效应和可靠性进行打分； 步骤3.5根据候选基因在不同亲本中变异是否与子群体QTL匹配对候选基因进行候选基因变异与群体QTL之间的匹配度进行打分； 步骤3.6基于候选基因是否为转座子基因，对候选基因进行候选基因是否参与农艺性状调控的打分； 步骤3.7将步骤3.1-3.6所获得的分值相加或者加权相加，根据候选基因总分值进行排序，基于分值的高低选取若干候选基因。

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