内蒙古大学龙春伸获国家专利权
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龙图腾网获悉内蒙古大学申请的专利一种基因调控网络的构建方法及相关装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119811470B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-13发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411875325.4,技术领域涉及:G16B5/00;该发明授权一种基因调控网络的构建方法及相关装置是由龙春伸;左永春;李寒霜;黎择标;胡鹏伟;杨斯奇设计研发完成,并于2024-12-18向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基因调控网络的构建方法及相关装置在说明书摘要公布了:本申请公开了一种基因调控网络的构建方法及相关装置,涉及基因调控网络构建技术领域,该方法包括:从SCREEN数据库中下载得到候选调控元件的位置数据,结合基因组注释文件和scATAC‑seq数据,对启动子和增强子进行精确定位,引入变分自编码器,准确确定存在潜在互作的增强子‑启动子对,将增强子与靶基因相关联,基于待检测对象的每一个转录因子在增强子上的潜在结合位点、存在潜在互作的增强子‑启动子对和每一个启动子对应的靶基因,对共表达基因网络进行处理,得到基因调控网络。本申请能够解决未能精确定位启动子和增强子、难以将增强子和靶基因关联、直接间接关系难以区分和假阳性调控关系过多等问题。
本发明授权一种基因调控网络的构建方法及相关装置在权利要求书中公布了:1.一种基因调控网络的构建方法,其特征在于,所述基因调控网络的构建方法包括: 获取待检测对象的scATAC-seq数据、scRNA-seq数据、候选调控元件的位置数据和基因组注释文件;所述待检测对象为待检测生物体的组织;所述候选调控元件包括候选启动子和候选增强子,候选调控元件的位置数据是从SCREEN数据库中下载得到的,候选调控元件的位置数据包括候选调控元件所在染色体的编号、候选调控元件在其所在染色体上的起始位点和候选调控元件在其所在染色体上的终止位点; 基于候选调控元件的位置数据和所述基因组注释文件,对所述候选启动子进行注释,确定所述候选启动子对应的靶基因,得到候选调控元件的注释数据;候选调控元件的注释数据包括每一个候选启动子的位置数据和对应的靶基因以及每一个候选增强子的位置数据; 基于scATAC-seq数据和候选调控元件的注释数据,确定调控元件,并计算所述调控元件在待检测对象的每一个细胞中的读数,得到调控元件的注释数据;所述调控元件为开放的候选调控元件,所述调控元件包括启动子和增强子,调控元件的注释数据包括每一个启动子的位置数据、对应的靶基因和在待检测对象的每一个细胞中的读数以及每一个增强子的位置数据和在待检测对象的每一个细胞中的读数; 以读数矩阵作为输入,利用变分自编码器计算得到潜在变量矩阵,并基于所述潜在变量矩阵确定存在潜在互作的增强子-启动子对;所述读数矩阵包括每一个调控元件在待检测对象的每一个细胞中的读数;所述潜在变量矩阵包括每一个调控元件的嵌入表示; 基于基序数据库,对每一个增强子的位置数据和在待检测对象的每一个细胞中的读数进行基序扫描,确定待检测对象的每一个转录因子在增强子上的潜在结合位点; 基于待检测对象的每一个转录因子在增强子上的潜在结合位点、存在潜在互作的增强子-启动子对和每一个启动子对应的靶基因,生成转录因子-增强子-启动子-靶基因调控网络,并对所述转录因子-增强子-启动子-靶基因调控网络进行简化,得到转录因子-靶基因调控网络; 基于scRNA-seq数据计算得到基因之间的互信息,并基于基因之间的互信息构建共表达基因网络;所述基因包括转录因子的编码基因和靶基因; 计算所述转录因子-靶基因调控网络和所述共表达基因网络的交集,并基于待检测对象的每一个转录因子在增强子上的潜在结合位点、存在潜在互作的增强子-启动子对和每一个启动子对应的靶基因来对所述交集进行扩展,得到转录因子-增强子-启动子-靶基因的基因调控网络。
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