南通大学姜舒获国家专利权
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龙图腾网获悉南通大学申请的专利一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119479866B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411650892.X,技术领域涉及:G16C20/10;该发明授权一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法是由姜舒;朱林星;黄嘉爽;丁卫平设计研发完成,并于2024-11-19向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法,属于机器学习辅助有机化学技术领域。解决了Transformer模型缺少对分子间相互作用的关注、编码不足和泛化能力不强的技术问题。其技术方案:包括以下步骤:S10、对化学反应SMILES序列数据集进行预处理;S20、利用原子编码器和分子编码器分别对输入化学反应进行特征提取;S30、在原子和分子特征表示上运用多层次特征融合;S40、模型预测结果与目标得到的loss和对比学习的loss进行权重相加,训练模型;S50、运用训练好的模型预测化学产物。本发明的有益效果为:提高化学产物预测的准确率,提升模型的泛化能力。
本发明授权一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法在权利要求书中公布了:1.一种基于双编码器的多层级有机化学反应的预测方法,其特征在于,包括以下步骤: S10、依次读取有机化学反应SMILES训练、验证和测试数据集,处理反应物和试剂作为源句子x={x1,...,xi,...,xn}的SMILES表达式和产物作为模型要预测的目标句子y={y1,...,yi,...,yn}的SMILES表达式,接着,使用正则表达式处理和标记数据,再经过数据增强获得更多的数据样本; S20、利用原子编码器和分子编码器分别对输入的源句子x={x1,...,xi,...,xn}进行特征提取,先输入到原子编码器中根据源字典转化成对应的ID,再经过Embedding层映射成X={X1,...,Xi,...,Xn},经过缩放后的X加上位置信息编码Epos变成其中pos表示位置,接着经过多头注意力机制进行L次循环,获得原子之间的相关性矩阵XL,分子编码器根据图2对每一个化学反应的反应物和试剂的嵌入编码进行求平均操作,获得分子嵌入矩阵X′,然后缩放加上新的位置编码矩阵变成经过L次多头注意力机制,获得分子之间的相关性矩阵X′L; S30、原子之间的相关性矩阵XL和分子之间的相关性矩阵X′L按最后一个维度进行拼接,经过线性层和Softmax激活函数得到权重矩阵λ,接着使用权重矩阵进行加权融合,得到多层次特征融合矩阵X″,然后输入到解码器; S40、将目标句子y={y1,...,yi,...,yn}输入到解码器,运用TeacherForcing技术和Mask机制,使得解码器在训练阶段同时处理整个句子的Embedding,并行地预测每个分子令牌,直到生成“句子结束标记”或达到允许预测的最大长度,并在整个词汇空间中产生概率分布,预测产物与目标产物经过多标签平滑的交叉熵损失函数得到损失Xloss,与对比学习的损失进行权重相加,反向传播优化模型的权重; S50、运用训练好的双编码器模型,对新的有机化学反应进行产物预测。
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