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深圳市海普洛斯生物科技有限公司董林峰获国家专利权

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龙图腾网获悉深圳市海普洛斯生物科技有限公司申请的专利一种基于TCR测序的肺癌早筛检测装置及其构建方法和应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119517157B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411378503.2,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种基于TCR测序的肺癌早筛检测装置及其构建方法和应用是由董林峰;郭威;阳作权;陈亚如;周衍庆;陈实富;许明炎设计研发完成,并于2024-09-30向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于TCR测序的肺癌早筛检测装置及其构建方法和应用在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于TCR测序的肺癌早筛模型的构建方法,首先基于来源于肺癌患者和健康人样本的TCR测序数据构建富集TCR序列数据库,然后对每个样本进行TCR测序并获取每个样本的TCR特征,包括Vgene和Jgene的占比特征、TCR免疫组库的统计特征、趋同序列特征、TCR序列氨基酸占比特征、不同长度TCR序列占比特征、不同频率TCR序列占比特征和TCR富集序列特征;利用特征筛选方法对每个样本的TCR特征进行筛选后,结合样本的其他信息构建机器学习模型,得到肺癌早筛模型;并基于所述肺癌早筛模型构建了肺癌早筛检测装置,能够基于样本的TCR测序信息实现肺癌早筛。

本发明授权一种基于TCR测序的肺癌早筛检测装置及其构建方法和应用在权利要求书中公布了:1.一种基于TCR测序的肺癌早筛模型的构建方法,其特征在于,包括以下步骤: S1.富集TCR序列数据库的建立: S11.获取实验组TCR免疫组库和对照组TCR免疫组库,并分别计算实验组TCR免疫组库和对照组TCR免疫组库中每一TCR序列的出现次数;所述实验组含有患者样本,所述对照组含有健康人样本; S12.去除步骤S11得到的对照组TCR免疫组库中出现次数<5的TCR序列,得到对照组TCR序列数据集; 去除对照组TCR序列数据集低丰度的TCR序列,得到对照组富集TCR序列数据库;去除步骤S11得到的实验组TCR免疫组库中在对照组TCR序列数据集中含有的TCR序列,并去除低丰度的TCR序列,得到实验组富集TCR序列数据库; S2.肺癌早筛模型的构建: 利用训练集中的样本的特征对机器学习模型进行交叉验证训练,得到肺癌早筛模型;所述训练集包括阳性样本和阴性样本,所述阳性样本为恶性肺结节样本的血液和或组织样本;所述阴性样本为良性肺结节样本的血液和或组织样本,或健康人血液样本;所述特征包括TCR特征、临床特征和影像学特征;所述TCR特征包括:Vgene和Jgene的占比特征、TCR免疫组库的统计特征、趋同序列特征、TCR序列氨基酸占比特征、不同频率的TCR序列占比特征和TCR富集序列特征; 所述TCR特征的获取方法具体如下: 训练集中每一样本的TCR测序数据经过质控,再将与TCRβ的CDR3区域比对上的TCR并转化为clonotypes文件,得到训练集样本的待分析数据; Vgene和Jgene的占比特征:基于训练集的样本的待分析数据,获取样本的各TCR序列中各Vgene和Jgene的校正后clonecounts,作为样本的Vgene和Jgene的占比特征; 趋同序列特征:基于训练集的样本的待分析数据,保留TCR序列reads大于等于1~100,且不含有终止密码子和或出现移码突变的TCR序列作为样本的functionalTCR序列,计算趋同序列的特征;所述趋同序列为氨基酸序列相同但核苷酸序列不同的TCR序列; TCR富集序列特征:1对训练集的样本的待分析数据和步骤S1中的对照组富集TCR序列数据库中长度相同的TCR序列,保留编辑距离≤0.3×b的TCR序列对,其中b为TCR序列长度,并选择alignment_score≥4.5×b的TCR序列对,作为TCR序列组合; 基于TCR序列组合,按照公式II计算TCR富集序列特征enrich_score1,按照公式III计算TCR富集序列特征enrich_type1; 公式II:; 其中alignment_scoreij为相同长度的TCR序列i和TCR序列j的alignment_score;,nki为样本k中的TCR序列i的数目,样本k属于中的样本,为对照组富集TCR序列数据库;,nj为TCR序列组合中TCR序列j的数目,TCR序列j来源于样本的待分析数据;query_seqs为样本的待分析数据中的TCR序列数量; 公式III:; 其中enriched_seqs为TCR序列组合中来源于样本的TCR序列的数量;query_seqs为样本的待分析数据中的TCR序列数量; 2按照1所示方法,根据样本的待分析和步骤S1所示实验组富集TCR序列数据库,计算TCR富集特征enrich_score2和enrich_type2; 所述Vgene和Jgene的占比特征为TRBJ2-6基因的占比特征、TRBV18基因的占比特征、TRBV19基因的占比特征、TRBV2基因的占比特征、TRBV27基因的占比特征、TRBV28基因的占比特征、TRBV3-1基因的占比特征、TRBV5-1基因的占比特征、TRBV5-4基因的占比特征、TRBV5-5基因的占比特征、TRBV7-8基因的占比特征和TRBV9基因的占比特征; 所述TCR免疫组库的统计特征为香农指数、反向辛普森指数和均一性指数; 所述趋同序列特征为趋同序列校正后clonecounts占比Convergence_score;所述Convergence_score为functionalTCR序列中趋同序列的校正后数量占functionalTCR序列中TCR序列的校正后数量的比例; 所述TCR序列氨基酸占比特征为甘氨酸占比、亮氨酸占比、天冬酰胺占比和色氨酸占比; 所述不同频率的TCR序列占比特征为频率为1E-5~1E-6的TCR序列的占比; 所述TCR富集序列特征为TCR富集序列特征enrich_score; 所述临床特征为是否戒烟、是否有吸烟史; 所述影像学特征为是否为磨玻璃结节、是否为实性结节、是否存在毛刺、是否为部分实性结节和肺结节大小。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人深圳市海普洛斯生物科技有限公司,其通讯地址为:518000 广东省深圳市前海深港合作区前湾一路1号A栋201室(入驻深圳市前海商务秘书有限公司);或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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