云南师范大学唐明靖获国家专利权
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龙图腾网获悉云南师范大学申请的专利基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120690288B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510711921.7,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法是由唐明靖;刘力铭;沈亚婕;赵航设计研发完成,并于2025-05-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法在说明书摘要公布了:本申请涉及生物信息技术领域,尤其涉及一种基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法。以转录因子、靶基因和miRNA作为节点,各个节点之间的调控关系为边,构建多通道异构图,在预训练阶段,采用序列到向量的技术深入挖掘和提取核酸序列中的语义信息,然后根据不同类型的调控关系将多通道异构图分解为多个子图,利用多通道GraphSAGE学习每种调控类型特有的节点特征。最后,根据各个节点的嵌入特征之间的连接概率值确定节点之间的连接关系预测结果,实现高通量miRNA的调控关系预测。旨在解决如何高效准确预测高通量miRNA的调控关系的问题。
本发明授权基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法在权利要求书中公布了:1.一种基于知识图谱嵌入和多通道异构图的miRNA增强型基因调控网络推断方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: 以转录因子、靶基因和miRNA作为节点,各个节点之间的调控关系为边,构建多通道异构图; 将转录因子、靶基因以及miRNA的基因序列信息分割为长度为k的DNA片段,通过预设学习模型对所述DNA片段进行预训练,以使所述预设学习模型学习所述DNA片段关联的知识图谱嵌入; 在每个通道内采用GraphSAGE对所述多通道异构图中任意选取的目标节点的相邻节点进行采样,从而捕获所述目标节点在一个或多个调控关系下的特征;GraphSAGE层数为2层; 在遍历完所有节点后,确定所述目标节点在每一个所述调控关系下的邻居节点经过聚合后的嵌入表示; 根据所述嵌入表示,计算任意两个节点之间存在的连接概率值,将所述连接概率值大于预设阈值的两个节点,确定为存在连接关系的目标节点对; 所述调控关系包括以下至少一个: 转录因子和靶基因的调控关系; 转录因子之间的调控关系; 转录因子和miRNA的调控关系; miRNA和转录因子的调控关系; miRNA和靶基因的调控关系; 所述预设学习模型的训练目标为最小化负对数似然损失; 所述嵌入表示的表达式为: ; 式中,表示在关系r下,节点v的邻居节点经过聚合后的嵌入表示;为第k层中与邻居节点u相关联的嵌入表示;MaxPool为最大池化操作,和分别代表与关系r相关的池化权重和偏置项,为邻居节点,表示在每个关系下的邻居节点集合,是ReLU激活函数;嵌入维度设置为256维。
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