中国水产科学研究院淡水渔业研究中心;湖南农业大学;武汉万摩科技有限公司姜敏获国家专利权
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龙图腾网获悉中国水产科学研究院淡水渔业研究中心;湖南农业大学;武汉万摩科技有限公司申请的专利一种鱼类DNA条形码数据库及其基于线粒体基因组全序列构建方法与应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119132424B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411156823.3,技术领域涉及:G16B50/00;该发明授权一种鱼类DNA条形码数据库及其基于线粒体基因组全序列构建方法与应用是由姜敏;刘凯;廖小林;李智贤;刘启;刘泽华;朱世林设计研发完成,并于2024-08-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种鱼类DNA条形码数据库及其基于线粒体基因组全序列构建方法与应用在说明书摘要公布了:本发明涉及分子生物学领域,公开了一种鱼类DNA条形码数据库及其基于线粒体基因组全序列构建方法与应用。该方法包括:确定鱼类名录、鱼类采集及分类鉴定、DNA提取、线粒体全基因组测序及分析、DNA条形码建库、数据库应用。本发明基于目标水域的研究基础和鱼类历史资料,确定目标水域鱼类名录,利用线粒体全基因组测序技术构建鱼类DNA条形码数据库,为应用环境DNA技术进行鱼类调查监测提供精准数据库支撑。已解决现有鱼类公共数据库完整性不够、数据来源杂且质量参差不齐、区域针对性不足,可能导致小种群物种比对丢失、比对结果错误及无法有效排除非目标区域物种等假阳性结果,以及基因相似性高的近缘物种难以准确鉴定等问题。
本发明授权一种鱼类DNA条形码数据库及其基于线粒体基因组全序列构建方法与应用在权利要求书中公布了:1.一种基于线粒体基因组全序列构建鱼类DNA条形码数据库的方法,其特征在于,步骤如下: 1确定鱼类名录:基于目标水域的调查基础以及鱼类历史资料,以确定鱼类名录; 2根据鱼类名录进行样品采集及鉴定,并进行标本保存,具体如下:根据鱼类名录进行样品采集,根据分类学依据鉴定物种,每个物种选取形态完好的个体拍摄形态特征照片,采集肌肉样品后制作成标本保存; 3对标本进行DNA提取:对标本进行DNA提取,采用SDS提取结合纯化柱法提取DNA,所述提取方法如下:每种鱼类的3尾个体取背部肌肉,使用SDS裂解液进行裂解,加入proteinaseK和巯基乙醇,裂解过程轻柔颠倒混匀,放置室温冷却后离心,取离心上清液加入氯仿异戊醇抽提,抽提两次,异丙醇沉淀DNA,轻微颠倒混匀后离心,弃掉废液,加入75%乙醇洗涤沉淀,重复两次,DNA沉淀晾干后加入TE溶解,RNA酶消化,使用纯化柱进行纯化,纯化完成后使用AmpureXPbeads试剂盒纯化,纯化后进行Nanodrop和Qbuit及电泳质检,合格即可; 4对提取的DNA样品进行线粒体全基因组测序及分析:采用Covaris超声波破碎仪将样本基因组DNA打断成300-500bp片段,对DNA片段末端修复,在3′端加A碱基和测序接头;对连接产物进行PCR扩增,用磁珠回收产物并纯化,构建文库;文库构建完成后,先使用Qubit3.0进行初步定量,稀释文库,随后使用Agilent2100对文库的插入片段进行检测,插入片段大小符合预期后,使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量;DNA文库质检合格后使用MGISEQ-T7高通量测序平台进行双末端测序;对测序数据进行质控过滤,使用UPARSE软件,根据97%的相似度对序列进行OTU聚类并剔除嵌合体,排除错误序列后,统计数据产量、碱基含量分布、数据质量分布,组装线粒体基因组并注释; 5进行DNA条形码建库,该DNA条形码的条目包括以下至少一种信息:物种中文名称、拉丁学名、分类地位、线粒体基因组序列、形态学图片、标本、肌肉样品、DNA样品、采样点经纬度和采样时间。
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