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龙图腾网获悉华中农业大学;湖北洪山实验室;四川陶然柑桔新品种研究有限公司申请的专利一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN121472476B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-03发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202610026536.3，技术领域涉及：C12Q1/6895；该发明授权一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法是由王霞;林雪旭;徐强;孙若天;梁彤;巫小燕设计研发完成，并于2026-01-09向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法。本发明采用全基因组范围的基因组分型技术，通过高密度SNP标记分析，通过IBDidenticalbydescent算法，建立了一套能够准确识别真实杂交子代的判别体系。该方法突破了传统方法在杂交子代鉴别上的局限性，为育种实践提供了可靠的技术支持。

本发明授权一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法在权利要求书中公布了：1.一种基于全基因组SNP分析的柑橘杂交子代真实性鉴定方法，其特征在于：包括以下步骤： 1分别提取母本、父本和各个杂交子代的DNA； 2将母本、父本和各个杂交子代的DNA分别进行文库构建，分别得到母本、父本和各个杂交子代的DNA文库； 3对母本、父本的DNA文库分别进行高深度测序，分别得到母本和父本的DNA测序下机数据，对各个杂交子代的DNA文库进行低深度测序，得到各个杂交子代的DNA测序下机数据； 4分别对母本、父本和各个杂交子代的DNA测序下机数据进行质控处理，分别获得母本、父本和各个杂交子代的cleanreads； 5分别将母本、父本和各个杂交子代的cleanreads通过BWA-MEM算法比对至柑橘参考基因组，分别得到母本、父本和各个杂交子代的比对后的BAM文件，然后对BAM文件去除重复，并对其质量进行校正，分别得到母本、父本和各个杂交子代的BAM文件； 6对母本和父本的BAM文件进行SNPcalling，分别生成母本和父本的全基因组基因型数据集，将母本和父本的全基因组基因型数据集合并为统一的初步VCF文件； 7将初步VCF文件经过质量过滤和筛选得到高质量SNP位点集； 8根据高质量SNP位点集，使用R语言STITCH软件对各个杂交子代的BAM文件进行填充，得到包含母本、父本和所有杂交子代位点基因型信息的群体整合VCF文件； 9对群体整合VCF文件进行过滤后使用PLINK软件的genome命令计算出各个子代与父本、母本间的成对的IBD结果，进行全基因组亲缘关系分析，得到共享等位基因概率，进行杂交子代的判断，判断标准如下： 当杂交子代与母本的Z1＞0.9，且杂交子代与父本的Z1＞0.9时，则表明该杂交子代为母本和父本的真实杂交子代； 反之，其余情况均为假杂种； 若，该假杂种与母本的Z2＞0.9，则表明该假杂种为完全珠心胚； 其中，Z1和Z2为IBD结果中关键的两个输出值，Z1为杂交子代和母本父本共享1个等位基因的概率；Z2为杂交子代和母本父本共享2个等位基因的概率； 使用真实杂交子代对应的包含母本、父本和真实杂交子代位点基因型信息的群体整合VCF文件，筛选得到9个SNP位点； 所述9个SNP位点包括chr1:16715056、chr2:20043474、chr3:31884372、chr4:6258181、chr5:46639852、chr6:15804801、chr7:21054402、chr8:2865714和chr9:10463074， SNP位点chr1:16715056位于序列xl-1的第296位碱基，多态性位点为C或T，序列xl-1的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示， SNP位点chr2:20043474位于序列xl-2的第312位碱基，多态性位点为C或G，序列xl-2的核苷酸序列如SEQIDNO：2所示， SNP位点chr3:31884372位于序列xl-3的第264位碱基，多态性位点为G或C，序列xl-3的核苷酸序列如SEQIDNO：3所示， SNP位点chr4:6258181位于序列xl-4的第295位碱基，多态性位点为G或A，序列xl-4的核苷酸序列如SEQIDNO：4所示， SNP位点chr5:46639852位于序列xl-5的第272位碱基，多态性位点为C或G，序列xl-5的核苷酸序列如SEQIDNO：5所示， SNP位点chr6:15804801位于序列xl-6的第385位碱基，多态性位点为C或G，序列xl-6的核苷酸序列如SEQIDNO：6所示， SNP位点chr7:21054402位于序列xl-7的第281位碱基，多态性位点为C或T，序列xl-7的核苷酸序列如SEQIDNO：7所示， SNP位点chr8:2865714位于序列xl-8的第314位碱基，多态性位点为A或G，序列xl-8的核苷酸序列如SEQIDNO：8所示， SNP位点chr9:10463074位于序列xl-9的第299位碱基，多态性位点为A或T，序列xl-9的核苷酸序列如SEQIDNO：9所示； 所述SNP位点chr1:16715056、chr2:20043474、chr3:31884372、chr4:6258181、chr5:46639852、chr6:15804801、chr7:21054402、chr8:2865714和chr9:10463074均为杂合基因型时，待检测柑橘杂交子代为真实杂交子代。

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