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龙图腾网获悉陕西省西安植物园(陕西省植物研究所)申请的专利基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN121565257B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-03发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202610091185.4，技术领域涉及：G16B30/20；该发明授权基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统是由张笑;党萌;南瑞鹏;王晓婷;王煊;陈尘设计研发完成，并于2026-01-23向国家知识产权局提交的专利申请。

本基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统在说明书摘要公布了：本发明涉及基因组组装技术领域，具体涉及一种基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统。该方法包括：获取目标测序序列，筛选功能影响序列；对目标测序序列进行重复化分类，得到非重复序列簇和重复序列簇，将重复序列簇划分为功能重复序列和非功能重复序列；结合功能基因的表达丰度、药用成分的含量检测以及与相邻序列的碱基重叠特征确定动态关联强度；构建关联网络；根据关联网络中动态关联强度，针对功能关联型重复序列、非功能关联型重复序列以及相邻的非重复序列，分别采用差异化组装路径进行序列拼接，得到完整基因组组装结果。本发明能解决重复序列导致的拼接错误、片段断裂及冗余问题，显著提升组装准确性与完整性。

本发明授权基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统在权利要求书中公布了：1.一种基于高通量测序的药用植物基因组组装方法，其特征在于，所述方法包括： 获取目标测序序列，基于目标测序序列与已知功能序列库的比对，筛选功能影响序列； 通过序列聚类和目标测序序列特征分析，对目标测序序列进行重复化分类，得到非重复序列簇和重复序列簇，将重复序列簇与功能影响序列进行比对，确定功能重复序列和非功能重复序列； 结合功能基因的表达丰度、药用成分的含量检测以及与相邻序列的碱基重叠特征，确定功能影响序列的动态关联强度；将非重复序列簇中的非重复序列、功能重复序列和非功能重复序列作为网络节点，构建关联网络，网络节点间的边权重基于动态关联强度确定，边方向基于转录方向和序列末端重叠特征确定； 根据关联网络中动态关联强度，针对功能关联型重复序列、非功能关联型重复序列以及相邻的非重复序列，分别采用差异化组装路径进行序列拼接，得到完整基因组组装结果； 非重复序列簇和重复序列簇的获取方法，包括： 对所有目标测序序列进行全局两两比对，计算碱基匹配概率，并通过凝聚式层次聚类形成多个序列簇； 统计每个序列簇的拷贝数和簇平均匹配概率，筛选出拷贝数和碱基匹配概率均高于平均值的序列簇作为重复序列簇，其他的作为非重复序列簇，其中，拷贝数为每个序列簇包含的序列数量； 动态关联强度的确定方法，包括： 对于功能影响序列，获取转录组数据和代谢组数据；从转录组数据中提取功能影响序列对应功能基因的表达丰度，计算平均值作为功能权重参数；从代谢组数据中提取目标药用成分含量，计算其与功能基因表达丰度的皮尔逊相关系数，归一化处理作为功能可信度参数； 对于功能关联型重复序列，计算功能权重参数和功能可信度参数的乘积值，归一化处理作为动态关联强度； 对于非功能关联型重复序列，将药用植物的基因组初步组装结果拆分为预设数量个连续等长的基因片段；计算非功能关联型重复序列在不同基因片段中的分布信息熵，将信息熵归一化后作为修正参数；计算修正参数、功能权重参数和功能可信度参数的乘积值，作为非功能关联型重复序列的动态关联强度； 差异化组装路径包括： 将功能关联型重复序列与转录顺序相邻的非重复序列簇中的非重复序列进行拼接，形成功能锚定核心片段； 针对功能关联型重复序列，以功能锚定核心片段为锚点，从关联网络中提取所有与该锚点直接相连的功能关联型重复序列，按动态关联强度从高到低排序，优先选择强度最高的功能关联型重复序列作为首个延伸对象； 依据功能关联型重复序列中重复碱基单元排列周期是否按照DNA序列转录时的正向排列，确定延伸方向并进行组装拼接；若重复碱基单元为正向重复排列，则按锚点3'端对接功能关联型重复序列5'端的方向延伸；若为反向重复排列，则验证重复碱基单元的反向互补序列与锚点的碱基匹配概率，当匹配概率超过预设匹配阈值时，按锚点3'端对接重复序列3'端的反向互补方向延伸； 完成首个功能关联型重复序列的延伸后，将锚点加首个重复序列作为新的临时锚点，以新的临时锚点继续进行延伸，实现基因组组装； 针对非功能关联型重复序列，从关联网络中筛选与非功能关联型重复序列存在高关联强度的多个非重复序列簇的非重复序列，将非重复序列分别与非功能关联型重复序列进行拼接，作为候选拼接片段，其中，所述高关联强度为动态关联强度大于预设关联阈值； 计算每个候选拼接片段的序列一致性和网络关联一致性，其中序列一致性为候选拼接片段中节点两两之间的碱基匹配概率平均值的归一化值，网络关联一致性为候选拼接片段节点间动态关联强度的变异系数的归一化值； 计算序列一致性和网络关联一致性的差值，作为判断指标；选择判断指标最大的候选拼接片段进行拼接。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术，可联系本专利的申请人或专利权人陕西省西安植物园(陕西省植物研究所)，其通讯地址为：710000 陕西省西安市雁塔区翠华南路17号；或者联系龙图腾网官方客服，联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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