西南科技大学;四川轻化工大学张红英获国家专利权
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龙图腾网获悉西南科技大学;四川轻化工大学申请的专利一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN121583316B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-28发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202610108056.1,技术领域涉及:G16B15/00;该发明授权一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法是由张红英;冯艺丹;吴亚东设计研发完成,并于2026-01-27向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法在说明书摘要公布了:本发明涉及数据融合技术领域,具体涉及一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法,对蛋白口袋、文本、片段等多模态数据进行清洗、对齐与标准化;利用SE3等变图神经网络提取具有几何一致性的特征;通过分层交叉注意力机制动态融合结构、文本与片段信息,生成统一的条件上下文向量;基于该向量驱动3D分子生成,并结合多目标梯度引导与置信度门控提升生成质量;最后通过消融分析与可视化实现多模态贡献度评估与优化闭环,能够保持物理等变性与生成可控性,从而提升3D分子生成质量与效率。
本发明授权一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法在权利要求书中公布了:1.一种面向3D分子生成的多模态数据融合方法,其特征在于,包括以下步骤: 获取原始多模态数据,对所述原始多模态数据进行标准化处理,生成统一的标准化张量集合;其中,所述原始多模态数据包括蛋白口袋结构数据、配体或片段结构数据以及文本描述数据; 基于SE3等变图神经网络对所述标准化张量集合进行处理,提取具有旋转与平移变性的原子级特征表示与全局特征摘要; 通过分层交叉注意力机制,将所述原子级特征表示、所述全局特征摘要、文本嵌入向量及片段特征向量进行动态融合,生成统一的条件上下文向量; 利用所述条件上下文向量作为条件输入,驱动3D分子生成模型执行生成任务,并对生成结果进行多目标性质评估与多模态贡献度分析; 通过分层交叉注意力机制,将所述原子级特征表示、所述全局特征摘要、文本嵌入向量及片段特征向量进行动态融合,生成统一的条件上下文向量,包括: 将结构模态节点表示ZV中的标量部分通过可学习矩阵WQ投影为查询向量Q,将文本嵌入zT和片段图编码向量分别通过矩阵,和,投影为键向量KT,KS和值向量VT,VS; 其中W·为可学习投影矩阵,将文本与片段的键值对拼接后,交叉注意力的输出为: 其中,为节点i的局部条件上下文向量,为归一化的注意力权重,为第j个条件元素的值向量,为未归一化的注意力得分,为分母求和索引;将文本与片段的键、值向量拼接,得到统一的键值对K,V,对于每个结构节点i和每个条件向量j,计算注意力打分ψij: 其中g·可以是平方距离或径向基函数,为与文本或片段条件关联的几何锚点,β为可学习温度参数,调节几何距离的权重,为节点i的查询向量,为条件元素j的键向量转置,为特征维度,用于缩放,为节点i的坐标; 通过多头交叉注意力和若干层堆叠,得到一组融合后的节点条件向量{Ci},随后通过池化得到全局条件上下文向量: 其中,为最终的全局条件上下文向量,为池化函数,为结构模态的全局摘要特征;池化采用加权平均、注意力池化或基于功能位点的局部聚合,最终得到的C将作为扩散生成器和性质预测器的统一条件输入; 其中,文本嵌入向量的生成过程为:对文本模态T进行术语清洗与嵌入编码:对自然语言描述执行分句、大小写归一和特殊字符过滤,利用领域词典统一关键术语;使用化学领域预训练模型ChemBERTa的分词器将文本划分为token序列{t1,...,tm};通过预训练Transformer编码器计算每个token的上下文表示ei∈RdT,并采用[CLS]向量或加权平均得到全局文本嵌入向量; 其中,片段特征向量的生成过程为:对于作为先验条件的分子片段或骨架集合S={sj},将其转换为统一的图表示:使用RDKit解析每个片段,得到原子列表Vj、键列表Ej及初始三维构象Xj,其中,原子列表包含了解析该片段得到的原子信息,通常对应图结构中的节点,化学键列表包含了解析该片段得到的键信息,描述了原子之间的拓扑连接关系,对应图结构中的边,初始三维构象指代片段中原子的空间坐标信息;对原子类型、键类型、杂化态、芳香性的离散属性进行枚举编码,形成节点边的离散特征向量。
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