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多组学稀有细胞注释方法、系统、计算机设备及介质
本发明提供了多组学稀有细胞注释方法、系统、计算机设备及介质,属于生物信息与计算机技术领域。该方法通过整合单细胞RNA测序与ATAC测序数据,构建包含细胞、基因及染色质可及性峰值节点的异质图;采用预融合与图融合两阶段策略,对多组学特征进行深度...
一种基于单一基因组注释文件的多细胞过程模型构建方法及系统
本发明涉及生物信息学及数字细胞模拟领域,尤其涉及一种基于单一基因组注释文件的基因组规模的多细胞过程模型构建方法及系统。该方法包括获取目标细胞的GenBank文件,解析GenBank文件并得到构建多细胞过程模型的生物实体信息,根据生物实体信息...
一种包含结构变异的多品种山羊高密度基因型参考面板的构建方法及应用
本发明公开了一种包含结构变异的多品种山羊高密度基因型参考面板的构建方法及应用,属于基因型插补面板构建技术领域,所述构建方法包括以下步骤:数据处理、对原始数据进行质控、变异检测、结构变异基因分型、参考面板构建。本发明构建了全球多品种山羊高密度...
一种基于深度学习的染色体外环状DNA序列识别方法
本发明公开了一种基于深度学习的染色体外环状DNA序列识别方法,涉及基因组生物信息技术领域,包括获取已知染色体外环状DNA序列作为正样本,并从参考基因组中按照等长度分布和染色体分布原则随机选取与任何已知染色体外环状DNA区域重叠度低于20%的...
一种甲基化与突变共检数据分析方法、装置、设备及介质
本申请公开了一种甲基化与突变共检数据分析方法、装置、设备及介质,涉及生物信息分析领领域,该方法包括:获取甲基化捕获位点集、甲基化信息及突变信息;根据所述甲基化信息计算所述甲基化捕获位点集中各甲基化位点的甲基化水平β值;根据所述甲基化水平β值...
细胞功能化阶段的分类方法、确定方法、装置及电子设备
本申请实施例公开了一种细胞功能化阶段的分类方法、确定方法、装置及电子设备。其中,分类方法包括:获取目标细胞簇中细胞的拟时序值,所述拟时序值基于拟时序分析而确定,所述目标细胞簇为细胞聚类后得到的细胞簇;根据所述目标细胞簇中细胞的拟时序值确定所...
单样本拟时序分析方法、装置和电子设备
本申请实施例公开了一种单样本拟时序分析方法、装置和电子设备,所述方法包括:获取参考轨迹信息;获取待测样本中目标细胞在数据降维处理后的低维空间坐标;基于所述低维空间坐标和所述参考轨迹信息,确定目标细胞在所述参考轨迹上的映射位置;基于所述映射位...
单细胞转录组数据的处理方法、装置、参数库及电子设备
本申请实施例公开了一种单细胞转录组数据的处理方法、装置、参数库及电子设备,所述方法包括:获取共用参数,所述共用参数包括基准特征基因集,以及原始特征与提取特征的基准关联关系,基准特征基因集包含多个特征基因,所述基准关联关系用于基因表达情况的降...
基于多版本细胞注释结果的分析方法、装置及电子设备
本申请实施例公开了一种基于多版本细胞注释结果的分析方法、装置及电子设备,属于生物信息学技术领域以及数据处理领域。其中,方法包括:获取细胞注释结果;基于各个细胞的第一版注释结果和第二版注释结果,确定至少一个目标细胞群;根据所述目标细胞群与第一...
用于个体预后基因识别的信息处理方法、装置、设备及介质
本申请公开了用于个体预后基因识别的信息处理方法、装置、设备及介质,涉及人工智能与生物医学交叉领域,应用于计算机装置,包括:从当前对象的截面基因测序样本中筛选出属于共享因果基因集合内的待定基因;集合中共享因果基因为对历史对象的截面基因与生存数...
一种基于氨基酸配对距离编码的蛋白质口袋特征化方法及其应用
本发明提供了一种高效、泛化性强的基于氨基酸配对距离编码的蛋白质口袋特征化方法及其应用。该方法通过计算蛋白质口袋区域内氨基酸对之间特定位置决定原子的距离,并将这些距离映射到预定义的平方距离范围内生成位置编码;将此位置编码与配体的分子指纹结合形...
一种使用启动子预测模型执行启动子预测的方法
本申请公开了一种使用基于提示学习的启动子预测模型执行启动子预测的方法,该启动子预测模型包括提示词生成器、大语言模型、序列局部特征提取模型、序列长程特征提取模型和输出层。该方法包括:使用提示词生成器,基于提示学习,为采集的DNA序列生成提示词...
鉴定与实体瘤侵袭性相关的标志性成纤维细胞亚群的方法
本申请公开了鉴定与实体瘤侵袭性相关的标志性成纤维细胞亚群的方法,包括以下步骤:将肿瘤组织样本划分为癌核心区、癌边缘区和远端癌旁区;并分别进行单细胞RNA测序和空间转录组测序;对空间转录组数据进行反卷积分析,获得包含空间位置信息的细胞亚群;并...
基于扩散模型的AAV衣壳蛋白模型的构建方法及设备
本申请涉及蛋白质工程技术领域,公开了一种基于扩散模型的AAV衣壳蛋白模型的构建方法及设备,所述方法包括:通过编码层获取待处理的离散蛋白质序列样本,并将所述离散蛋白质序列样本映射为连续潜在表示;通过潜在扩散模型对所述连续潜在表示进行前向加噪,...
基于多维度分子标志物的子宫内膜癌分型系统
本发明公开了一种基于多维度分子标志物的子宫内膜癌分型系统,包括:数据输入模块,用于接收用户输入的与子宫内膜癌样本相关的多维度分子标志物状态信息,所述信息涵盖基因组学、表观与表达学及临床病理学数据;数据处理模块,被配置为基于所述状态信息,依次...
一种基于唾液样本的个体生物学年龄推断方法及系统
本发明提供一种基于唾液样本的个体生物学年龄推断方法及系统,涉及生物学年龄推断技术领域,方法包括:获取多个与年龄相关的甲基化芯片数据样本;对甲基化芯片数据样本进行数据处理,得到多个目标CpG位点;通过回归模型,对各个目标CpG位点进行位点筛选...
蛋白质生成方法及装置、电子设备、存储介质
本申请的实施例公开了一种蛋白质生成方法及装置、电子设备、存储介质,该方法包括:先获取蛋白质需求信息,其中,蛋白质需求信息中包含蛋白质对应的属性信息以及功能域信息;然后,对属性信息进行特征提取,得到属性信息对应的蛋白质特征数据,并对功能域信息...
基因甲基化标志物的筛选方法、试剂盒、存储介质及系统
本发明提供一种基因甲基化标志物的筛选方法、试剂盒、存储介质及系统,属于基因检测技术领域,包括:收集符合成人弥漫性胶质瘤已知分型的甲基化芯片测序数据;针对选定亚型,通过比较CpG位点在该亚型和其他亚型、对照脑组织中的甲基化水平差异,筛选出在该...
基于微生物-肠-脑轴的神经毒性拮抗剂筛选与评价方法
本发明属于生物工程与神经毒理防控领域,具体涉及一种基于微生物‑肠‑脑轴的神经毒性拮抗剂筛选与评价方法。本发明的神经毒性拮抗剂筛选方法包括以下步骤:神经毒性动物模型建立、神经毒性模型验证、肠道菌群测序与关键菌群筛选、菌群‑脑神经指标耦合分析、...
花生抗旱基因关联分子标记筛选优化系统及方法
本发明公开了花生抗旱基因关联分子标记筛选优化系统及方法,涉及农业生物技术领域。系统包括数据采集模块、分子标记分析模块及数据整合与评估子系统,可采集花生DNA、生理指标及环境数据,通过PCR扩增、高通量测序识别候选标记,并构建综合评估模型计算...
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