恭喜安诺优达基因科技(北京)有限公司李晓波获国家专利权
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龙图腾网恭喜安诺优达基因科技(北京)有限公司申请的专利用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法、电子装置及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119418760B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-03-28发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510021742.0,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法、电子装置及其应用是由李晓波;周勋;张雪梅;李华云;王娟;牛晓阳;李志民设计研发完成,并于2025-01-07向国家知识产权局提交的专利申请。
本用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法、电子装置及其应用在说明书摘要公布了:本发明提供了一种用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法、电子装置及其应用。该方法包括:S1)将样本的基因组分别进行第一转录组预测、第二转录组预测、第一同源预测以及第三转录组预测,分别获得对应的第一初始预测基因集、第二初始预测基因集、第三初始预测基因集和第四初始预测基因集;S2)将第一初始预测基因集、第二初始预测基因集、第三初始预测基因集和第四初始预测基因集进行整合,获得最终的预测基因集。能够解决现有技术的UTR区域的基因预测完整性低的问题,适用于基因预测领域。
本发明授权用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法、电子装置及其应用在权利要求书中公布了:1.一种用于提升基因UTR区域预测完整性的基因预测的方法,其特征在于,所述方法包括:S1)将样本的基因组分别进行第一转录组预测、第二转录组预测、第一同源预测以及第三转录组预测,分别获得对应的第一初始预测基因集、第二初始预测基因集、第三初始预测基因集和第四初始预测基因集;其中,所述第一初始预测基因集通过利用所述样本的二代转录本数据对所述样本基因组进行所述第一转录组预测获得;所述第二初始预测基因集通过利用所述样本的三代转录本数据对所述样本的基因组进行所述第二转录组预测获得;所述第三初始预测基因集通过利用同源物种基因组数据库中的基因集对所述样本的基因组进行第一同源预测获得;所述第四初始预测基因集通过利用全长转录本参考基因组对所述样本的基因组进行第三转录组预测获得;S2)将所述第一初始预测基因集、所述第二初始预测基因集、所述第三初始预测基因集和所述第四初始预测基因集进行整合,获得最终的预测基因集;所述S2)包括:S21)将所述第一初始预测基因集与初始待比较基因集进行比较,获得第一重叠区域基因集;对所述第一重叠区域基因集进行第一整合,获得第一预测基因集;其中,所述初始待比较基因集的获取方法为:将所述样本的基因组进行样本基因预测,获得所述初始待比较基因集;S22)将所述第一预测基因集与所述第二初始预测基因集进行比较,获得第二重叠区域基因集;对所述第二重叠区域基因集进行第二整合,获得第二预测基因集;S23)将所述第二预测基因集与所述第三初始预测基因集进行比较,获得第三重叠区域基因集;对所述第三重叠区域基因集进行第三整合,获得第三预测基因集;S24)将所述第三预测基因集与所述第四初始预测基因集进比较,获得第四重叠区域基因集;对所述第四重叠区域基因集进行第四整合,获得所述最终的预测基因集;S25)将所述初始待比较基因集、所述第二初始预测基因集、所述第三初始预测基因集和所述第四初始预测基因集记为待比较基因集;将所述第一初始预测基因集、所述第一预测基因集、所述第二预测基因集和第三预测基因集记为参考基因集;将所述第一重叠区域基因集、所述第二重叠区域基因集、所述第三重叠区域基因集和所述第四重叠区域基因集记为重叠区域基因集;所述整合包括:a)将所述待比较基因集和所述参考基因集进行比较,获得所述重叠区域基因集;将所述重叠区域基因集中的所述待比较基因集和所述参考基因集中方向不一致的基因对,以及在所述参考基因集中两端具有UTR区域的基因,在所述待比较基因集中进行过滤,获得过滤基因集;b)对所述过滤基因集中的每个基因进行延伸,获得每个所述基因的延伸区域;所述延伸区域与所述参考基因集对应的基因的上游区域的基因的位置或下游区域的基因的位置均不重叠;其中,所述过滤基因集中的基因中对应的参考基因集中的基因的两端的其中一端具有UTR区域,向所述过滤基因集中的基因的另一端进行延伸,获得所述延伸区域;所述过滤基因集中的基因的两端均不含UTR区域,所述过滤基因集中的基因对应的所述参考基因集的基因的两端具有UTR区域,向所述基因的两端进行延伸,获得所述延伸区域:所述延伸包括:当所述参考基因集中的基因的起始位置小于对应的所述过滤基因集的基因的起始位置时,向所述过滤基因集中的基因的上游进行所述延伸,获得所述延伸区域;当所述参考基因集中的基因的终止位置小于对应的所述过滤基因集的基因的起始位置,并且所述参考基因集中的基因的终止位置小于对应的所述过滤基因集的基因的终止位置时,向所述过滤基因集中的基因的下游进行所述延伸,获得所述延伸区域;c)将所述延伸区域中的基因的信息添加至所述参考基因集中,从而获得所述最终的预测基因集;所述延伸区域中的基因的信息包括所述基因的序列位置和大小。
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