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恭喜之江实验室周天舒获国家专利权

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龙图腾网恭喜之江实验室申请的专利一种细胞亚群标签映射方法、系统、设备及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119207563B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-04-08发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411725137.3,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权一种细胞亚群标签映射方法、系统、设备及存储介质是由周天舒;姜周慧婷;李劲松;田雨设计研发完成,并于2024-11-28向国家知识产权局提交的专利申请。

一种细胞亚群标签映射方法、系统、设备及存储介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种细胞亚群标签映射方法、系统、设备及存储介质。本发明在大规模未标记单细胞测序数据集上应用自监督学习能力,提高了模型通用性,从而能够有效克服单细胞测序数据中的批次效应。本发明对基因表达量进行离散化处理并进行编码,以减少不同实验条件下基因表达量变异的影响。本发明强化了转录因子的重要性,确保这些关键基因在区分细胞时的作用得到充分考虑。本发明通过基因表示嵌入和基因表达嵌入相结合的方式,不仅捕捉了单个基因的信息,还体现了基因之间的相互作用。同时,通过基于Linformer的自监督学习策略,模型能够从大量的单细胞数据中学习到基因表达的基本模式及其相互作用,从而有效地构建了单细胞基因全景。

本发明授权一种细胞亚群标签映射方法、系统、设备及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种细胞亚群标签映射方法,其特征在于,所述方法包括:对单细胞数据进行预处理,构建单细胞语料库;将每个基因在细胞中的基因嵌入表示为基因表示嵌入和基因表达嵌入的和,得到细胞对应的基因嵌入矩阵,具体为:通过gene2vec模型将基因总词汇表中的基因编码为多维向量,作为基因表示嵌入;将基因总词汇表中的基因的表达量转化为离散化后的基因表达编码,利用嵌入层将所述基因表达编码映射为多维向量,作为基因表达嵌入;所述基因表达编码的获取具体为:将所述基因总词汇表中的基因分为转录因子相关基因Gtf和其他基因Go两部分;计算每个细胞的基因表达的Go的非零中值与Gtf的非零中值的比值r;将基因表达量离散化,再使用标签编码为每个区间分配一个整数,替代原始基因表达量;细胞j的所有基因表达量的范围记为将其分成K个连续区间k={1,2,…,K},如果基因属于Go且基因表达量在内,则基因表达编码为k;如果基因属于Gtf且基因表达量的r倍在内,则基因表达编码为k;如果基因表达量为0,则基因表达编码为0;基于掩码语言模型对部分非零表达量基因进行随机掩盖,得到掩盖后的基因嵌入矩阵,并基于Linformer的自监督学习策略获得预训练模型;将带有细胞亚群标签的单细胞测序数据集输入预训练模型,通过所述预训练模型生成细胞表征,利用分类器进行细胞亚群标签分配。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人之江实验室,其通讯地址为:311121 浙江省杭州市余杭区中泰街道科创大道之江实验室;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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