恭喜北京博奥医学检验所有限公司王姣获国家专利权
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龙图腾网恭喜北京博奥医学检验所有限公司申请的专利一种靶向病原检测方法、系统和设备获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118272555B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-04-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410497861.9,技术领域涉及:C12Q1/689;该发明授权一种靶向病原检测方法、系统和设备是由王姣;张晓丽;邓涛;常玉俊;朱修篁;赵丽倩;孙立超设计研发完成,并于2024-04-24向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种靶向病原检测方法、系统和设备在说明书摘要公布了:本发明提供一种靶向病原检测方法、系统、设备、介质和程序产品,属于生物技术领域。该方法利用病原物种的核心基因组和CRISPR‑Cas9的切割位点筛选病原物种的特异性区域,并利用切割位点的sgRNA组合实现对病原基因组上超多位点的靶向测序,实现对病原菌高灵敏度和高鉴定精度的检测。此外,本方法中得到的物种特异性区域不局限于CRISPR‑Cas9靶向检测流程,同样可应用于多重PCR检测流程和探针捕获流程。
本发明授权一种靶向病原检测方法、系统和设备在权利要求书中公布了:1.一种用于病原物种检测的sgRNA设计方法,其特征在于,所述方法包括:步骤1:收集公共数据库中的待测物种的所有公开基因组数据,筛选完整性好的基因组作为该物种的代表基因组集;步骤2:对步骤1的基因组集内的每个基因组进行开放阅读框的注释,获得注释文件后利用roary工具对基因进行聚类,序列相似性第一阈值的基因聚为同一个基因簇,聚类后获得该物种的泛基因组,选择在每个基因组中都存在的基因,即核心基因簇,组成核心基因组;步骤3:对每个核心基因簇进行多序列比对,根据比对结果获取存在SNP位点的位置,排除含有SNP位点的位置,仅利用保守区域进行后续sgRNA的设计;步骤4:获取每个核心基因簇保守位置的所有sgRNA后,排除以下情况的sgRNA:sgRNA在人基因组上含有切割位点;sgRNA含有影响切割活性的结构;所述影响切割活性的结构包括发卡结构;步骤5:按照100-1000bp的间隔组合步骤4中的sgRNA,提取由这些sgRNA组合切割出的区域的序列;步骤6:验证sgRNA组合切割出的区域的物种特异性;首先构建用于序列比对的数据库,下载常见的所有病原菌的高质量基因组序列组成数据库;然后将步骤5中获得的区域与该数据库进行比对,获取比对结果,去除相似性低于第二阈值的比对结果获得筛选后的比对结果;若某序列仅比对到其来源物种而没有比对到其他物种,则该序列为物种特异性序列;步骤7:将切割步骤6筛选到的所有物种特异性序列所需的sgRNA组合在一起,则为该物种检测用sgRNA组合。
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