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上海天昊生物科技有限公司方欧获国家专利权

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龙图腾网获悉上海天昊生物科技有限公司申请的专利基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法及应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118389641B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-30发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410610502.X,技术领域涉及:C12Q1/6806;该发明授权基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法及应用是由方欧;檀兴燕设计研发完成,并于2024-05-16向国家知识产权局提交的专利申请。

基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法及应用在说明书摘要公布了:本发明公开了基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法及应用,方法包括:构建标准内参体系:以如序列SEQIDNO.1‑SEQIDNO.9所示内参基因经扩增后的质粒标记为RCA_BSI1、RCA_BSI2、RCA_BSI3、RCA_BSI4、RCA_BSI5、RCA_BSI6、RCA_BSI7、RCA_BSI8、RCA_BSI9,并在缓冲液中形成具有梯度浓度的标准体系;构建测序文库:将样本提取全部DNA,确定其具有浓度一致性和完整度后,适量加入所述标准内参体系,打断DNA至适当长度范围,至少经末端修复补齐、加A、连接接头、片段长度分选,再PCR扩增获得测序文库,对所述测序文库进行测序获得PE150测序数据;构建RCA标准曲线:测序数据与所述质粒序列比对提取数据,绘制标准曲线,并获得线性方程;依据线性方程,计算样本目标对应的绝对拷贝数。

本发明授权基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法及应用在权利要求书中公布了:1.一种用于检测微生物群落中的功能基因的基于梯度内参的宏基因组绝对定量的方法,包括:构建标准内参体系:以如序列SEQIDNO.1-SEQIDNO.9所示内参基因经扩增后的质粒标记为RCA_BSI1、RCA_BSI2、RCA_BSI3、RCA_BSI4、RCA_BSI5、RCA_BSI6、RCA_BSI7、RCA_BSI8、RCA_BSI9,并在缓冲液中形成具有梯度浓度的标准体系,该标准体系中内参基因的添加量满足,以总体积1350μL计:RCA_BSI1和RCA_BSI2的量均为10000ng、RCA_BSI3和RCA_BSI4的量均为1000ng、RCA_BSI5和RCA_BSI6的量均为100ng、RCA_BSI7和RCA_BSI9的量均为10ng,所述扩增为将所述内参基因插入到载体质粒pUC57后转染感受态细胞,再挑选单克隆细胞大肠杆菌在LB培养基中进行培养,培养后抽提质粒进行滚环扩增;构建测序文库:将样本提取全部DNA,确定其具有浓度一致性和完整度后,适量加入所述标准内参体系,打断DNA至长度不大于800bp,至少经末端修复补齐、加A、连接接头、片段长度分选,再PCR扩增获得测序文库,对所述测序文库进行测序获得测序数据;构建RCA标准曲线:测序数据与所述质粒序列比对提取数据,绘制标准曲线,并获得线性方程;依据线性方程,计算样本目标对应的绝对拷贝数,所述线性方程的构建为:所述测序数据与质粒的序列比对,从原始数据中提取每种质粒的序列匹配的数据,同时获得每种序列的Reads数;以reads数经内参长度归一化后作为横坐标,绝对拷贝数为纵坐标,分别取对数后绘制标准曲线,所述标准曲线的斜率为a、截距为b,依据线性方程,计算样本目标对应的绝对拷贝数的过程为:单位样本中特定分类单元或基因的总拷贝数C,C=10^a*Log10(REffectiveLength)+b*N200I;R为剔除RCA来源的reads后,剩余的reads进行从头组装,进而进行菌群注释以及基因注释,获得来源菌与基因的reads数;EffectiveLength为所获得的reads,经从头组装,获得的contig长度;N为样本抽提所得的DNA总量;I为样本的用量。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人上海天昊生物科技有限公司,其通讯地址为:201315 上海市浦东新区康桥路787号5幢(9号楼)1101-1109室;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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