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龙图腾网恭喜伊比奥公司申请的专利用于工程化中尺度肽的基于机器学习的设备及其方法和系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN114401734B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-03发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202080050301.9，技术领域涉及：A61K38/16；该发明授权用于工程化中尺度肽的基于机器学习的设备及其方法和系统是由M·P·格雷文;A·T·田口;K·E·豪瑟设计研发完成，并于2020-05-13向国家知识产权局提交的专利申请。

本用于工程化中尺度肽的基于机器学习的设备及其方法和系统在说明书摘要公布了：本文提供了设计经工程化的多肽的方法，所述经工程化的多肽重现参考蛋白质结构的预定部分的分子结构特征，例如抗体表位或蛋白质结合位点。通过用基于由蓝图记录生成的多肽结构的计算蛋白质建模计算的分数标记从参考目标结构生成的蓝图记录来训练机器学习ML模型。所述方法可以包括基于第一蓝图记录集或其表示以及第一分数集来训练ML模型，来自所述第一蓝图记录集中的每个蓝图记录与来自所述第一分数集中的每个分数相关联。在所述训练后，可以执行所述机器学习模型以生成第二蓝图记录集。然后基于所述第二蓝图记录集生成经工程化的多肽集。

本发明授权用于工程化中尺度肽的基于机器学习的设备及其方法和系统在权利要求书中公布了：1.一种设计和选择经工程化的肽的方法，所述方法包括：接收参考目标的参考目标结构的表示；从所述参考目标结构的预定部分生成第一多个蓝图记录，来自所述第一多个蓝图记录中的每个蓝图记录包括目标残基位置和支架残基位置，每个目标残基位置对应于来自多个目标残基中的一个目标残基；对于来自所述第一多个蓝图记录中的每个蓝图记录，通过以下步骤来标记所述第一多个蓝图记录：对所述蓝图记录执行计算蛋白质建模以生成多肽结构，计算所述多肽结构的分数，以及将所述分数与所述蓝图记录相关联，其中每个分数包括能量项和结构约束匹配项，所述结构约束匹配项使用从所述参考目标结构的表示中提取的一个或多个结构约束来确定；鉴定参考目标的一个或多个拓扑特征，并且在支架蓝图中编码所述一个或多个拓扑特征；在所述支架蓝图中为每个拓扑特征设计空间相关约束以生成从所述参考目标导出的空间相关拓扑约束的组合；将所述支架蓝图转换成矢量表示以生成空间相关拓扑特征与从所述参考目标导出的空间相关拓扑约束的组合重叠的候选多肽；采用所述支架蓝图的表示和从所述参考目标导出的空间相关拓扑约束训练机器学习模型，其中所述表示是一维数字矢量、二维字母数字数据矩阵、三维归一化数字张量；在所述训练后执行所述机器学习模型以生成具有至少一个期望分数的第二多个蓝图记录；所述第二多个蓝图记录被配置为作为计算蛋白质建模中的输入而被接收，以基于所述第二多个蓝图记录来生成经工程化的多肽；将所述候选肽的空间相关拓扑特征与从所述参考目标导出的空间相关拓扑约束的组合进行比较；以及选择具有与从所述参考目标导出的空间相关拓扑约束的组合重叠的空间相关拓扑特征的候选肽以产生经工程化的肽。

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