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申请/专利权人：拉·约拉过敏反应及免疫医学研究所

摘要：本发明提供了包含ApoB100的新颖的表位以及其子序列、部分和修饰物的组合物，以及其用于治疗不良的心血管疾病事件、心血管疾病、动脉粥样硬化和某些肝脏疾病的用途。

主权项：1.一种蛋白质或肽，其由表示为SLFFSAQPFEITAST的氨基酸序列组成。

全文数据：调节炎症应答及治疗不良心血管事件、病和粥样硬化的人AP0B100表位、方法和用途相关专利申请[0001]本专利申请要求于2015年5月19日提交的名称为“HumanApoblOOEpitopes，MethodsAndUsesForModulatingInflammatoryResponses，AndTreatingAdverseCardiovascularEvents,DiseaseAndAtherosclerosis”，KlausLey作为发明人，并由代理人案卷号051501-0436352指定的美国临时专利申请No.62163,841的权益前述申请的全部内容通过引用并入本文，包括全部文本、表格和附图。政府支持[0002]本发明根据由NIH授予的合同批准号ROlHL126543和NIHROlHL121697在政府支持下完成。政府对本发明孚有一定的权利。技术领域[0003]本发明涉及用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病（包括动脉粥样硬化）的Ap0BlOO的新型表位或其子序列、其部分或其修饰物及其方法和化合物。介绍[0004]动脉粥样硬化是动脉壁的炎性疾病，其特征在于单核细胞进入内皮下间隙，在这里它们分化成巨噬细胞和泡沫细胞（Lusis,Nature407:2332000;GlassWitztum，Cell104:5032001;和GalkinaLey，Annu.Rev·Immunol.27:1652009；LiGlass,Nat.Med.8:12352002。氧化型低密度脂蛋白（oxLDL诱导的泡沫细胞形成导致诱导促炎症因子，从而引发斑块形成，最终斑块破裂伴有有害的临床后果，如心肌梗塞或中风。OxLDL诱导的泡沫细胞形成由清道夫受体如CD36和SR-A促进，其允许修饰的LDL胆固醇在泡沫细胞中的不受控制的积累（Libbyetal.，Am.J.Med.l04:14S1998;和Kunjathooretal·，J.Biol.Chem.277:499822002〇[0005]ApoB-100是约4500个氨基酸长度的载脂蛋白，并且已经显示其是参与动脉粥样硬化形成的组分。Ap0BlOO先前被认为是与动脉粥样硬化相关的自身抗原（1。然而，迄今还不知道这种载脂蛋白的通过T细胞受体活化T细胞以诱导动脉粥样硬化炎症应答的区域。发明内容[0006]本发明部分基于新型ApoBlOOT细胞表位的发现以及这些表位在动脉粥样硬化和接种疫苗方法中的应用。在具体的实施方式中，本发明提供了包含Ap0BlOO的氨基酸序列和子序列、部分或修饰物的蛋白和肽，以及包含用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病在某些实施方式中治疗动脉粥样硬化的这样的蛋白和肽的方法和化合物。[0007]因此，在一个方面，提供了一种蛋白或肽，其包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。在一些实施方式中，肽包含氨基酸序列SLFFSAQPFEITASTpl8SEQIDN0:9、氨基酸序列IKHIYAISSAALSASp9SEQIDN0:13或PlOl、P102或P103的氨基酸序列。[0008]在不同的具体实施方式中，本发明的蛋白或肽修饰免疫或炎症应答;修饰T细胞应答;诱导、促进、增加或增强T细胞应答；引发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答;减少、减轻、抑制、遏制或破坏免疫或炎症应答;或引发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗免疫或抗炎应答。[0009]在其他实施方式中，本发明的蛋白或肽具有预防或治疗不良的心血管事件或心血管疾病包括动脉粥样硬化或肝脏疾病、紊乱或损伤的活性或功能。[0010]在另一方面，蛋白或肽具有约为10-15、15-20、20-25、25-30、30-40、40-50、50-75或75-100个氨基酸的长度。在另一方面，其中所述蛋白或肽还包含异源结构域。[0011]在另一方面，所述蛋白或肽具有与野生型全长apoBlOO不同的功能或活性。在另外的实施方式中，所述功能或活性包括保护以防动脉粥样硬化或降低动脉粥样硬化的风险，保护以防肝脏疾病、紊乱或损伤。在进一步的实施方式中，所述功能或活性包括保护以防不良的心血管事件或心血管疾病或降低受试者发生不良的心血管事件或心血管疾病的风险。在另外的方面，所述蛋白或肽是分离或纯化的。[0012]在另一方面，提供了编码本发明的蛋白或肽的核酸。在又一方面，提供了表达本发明的蛋白或肽的细胞。在不同的实施方式中，所述细胞可以是真核或原核细胞，包括例如哺乳动物、昆虫、真菌或细菌细胞。在另一实施方式中，所述细胞是树突细胞。[0013]在另一方面，提供了包含本发明的蛋白或肽的组合物。在具体的实施方式中，本发明的组合物可以包含佐剂。在另外的实施方式中，组合物可以进一步包含他汀。在不同的实施方式中，组合物可以是固体或液体。在进一步的实施方式中，组合物可以是微粒或纳米粒子。在具体的实施方式中，组合物可以是疫苗。在其他实施方式中，组合物是无菌的。在另一实施方式中，组合物还包含盐、螯合剂、缓冲剂或抗微生物剂。[0014]在又一方面，提供了一种针对不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤给受试者进行疫苗接种的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以针对所述不良的心血管事件或心血管疾病给所述受试者进行疫苗接种的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0015]在另一实施方式中，提供了一种针对不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤给受试者提供保护的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以针对所述不良的心血管事件或心血管疾病给所述受试者提供保护的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0016]在另一实施方式中，提供了一种降低受试者的不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的风险的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以降低所述受试者的所述不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的风险的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0017]在某些实施方式中，针对本文所述的不良的心血管事件或心血管疾病给受试者进行疫苗接种的方法包括针对不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的预防性疫苗接种。在具体的实施方式中，本发明的方法包括针对不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤包括例如动脉粥样硬化的不良症状给受试者进行疫苗接种。[0018]在另一方面，提供了一种治疗受试者的不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以治疗所述受试者的所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0019]在某些实施方式中，治疗患有本文所述的不良的心血管事件或心血管疾病的受试者的方法包括针对不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的预防性治疗。在某些实施例中，在某些实施方式中，治疗受试者的不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的方法包括治疗受试者不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤包括例如动脉粥样硬化的不良症状。[0020]在另一实施方式中，提供了治疗受试者的不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以降低所述受试者的所述不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的风险的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。在进一步的方面，所述不良的心血管事件或心血管疾病包括冠状动脉疾病、外周动脉疾病、脑血管疾病、肾动脉疾病、中风、心肌梗死心脏发作）、缺血性心脏衰竭、短暂性缺血发作或脑创伤。在另外的方面，该方法减少不良的心血管事件、心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤包括动脉粥样硬化的不良症状。在进一步的方面，该方法包括斑块消退。[0021]在一些方面，本发明提供了一种确定受试者是否患有不良的心血管事件或心血管疾病、是否已经患有所述不良的心血管事件或心血管疾病、是否处于患有所述不良的心血管事件或心血管疾病的风险中或是否需要治疗所述不良的心血管事件或心血管疾病的方法，所述方法包括:使受试者的生物样品与包含蛋白或肽的剂接触，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成，以及检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合，其中检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合指示所述受试者是否患有不良的心血管事件或心血管疾病、是否已经患有所述不良的心血管事件或心血管疾病、是否处于患有所述不良的心血管事件或心血管疾病的风险中或是否需要治疗所述不良的心血管事件或心血管疾病。[0022]在某些方面，本发明提供了一种确定根据权利要求33至47中任一项所述的方法的功效的方法，所述方法包括:a在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前使所述受试者的生物样品与包含蛋白或肽的剂接触，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成;b检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合;c执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法;d在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后，使所述受试者的生物样品与所述剂接触;e在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后，检测所述受试者的所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合；以及f比较在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后免疫细胞与所述剂结合的量与在根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前免疫细胞与所述剂结合的量，其中当与在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前所述受试者的生物样品比较时，在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后免疫细胞与所述剂结合的增加指示根据权利要求33至47中任一项所述的方法有功效。[0023]在一些实施方式中，所述剂是包含蛋白或肽和合适的MHC-II分子的多聚体，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0024]所述的一些实施方式中，多聚体包含MHC-II分子，所述MHC-II分子是DRBl*01:01、DRB1*01:02、DRB1*03:01、DRB1*04:01、DRB1*04:02、DRB1*04:03、DRB1*04:04、DRB1*04:05、DRB1*07:01、DRB1*09:01、DRB1*10:01、DRB1*11:01、DRB1*11:04、DRB1*12:01、DRB1*13:01、DRB1*13:02、DRB1*14:01、DRB1*15:01、DRB3*01:01、DRB3*02:02、DRB4*01:01、DRB5*01:01、0卩81*04:01、0?81*05:01、或0^^1*06:02。在一些实施方式中，多聚体是四聚体。在某些实施方式中，剂包含蛋白或肽，所述蛋白或肽包含IKHIYAISSAALSASSEQIDN0:13、由或基本由IKHIYAISSAALSASSEQIDNO:13组成。在某些实施方式中，剂包含蛋白或肽，所述蛋白或肽包含MHC-II分子、由或基本由MHC-II分子组成，所述MHC-II分子是DPB1*02:01、DPB1*03:01、DPB1*04:02、DPB1*14:01、DQB1*02:01、DQB1*03:01、DQB1*06:02、DRB1*01:01、DRB1*04:01、DRB1*04:05、DRB1*07:01、DRB1*08:02、DRB1*09:01、DRB1*1101、DRB1*12:01、DRB1*13:02、DRB1*15:01、DRB3*01:01、DRB3*02:02、DRB4*01:01或DRB5*01:01。[0025]在某些实施方式中，所述方法包括检测所述生物样品中的免疫细胞活性。在某些实施方式中，所述方法包括检测所述生物样品中免疫细胞活化、免疫细胞耗竭、免疫细胞极化或免疫细胞凋亡的量。在某些实施方式中，所述方法包括检测所述生物样品中T细胞活化、T细胞耗竭、T细胞极化或T细胞凋亡的量。[0026]在某些实施方式中，本文所述的方法包括向受试者施用多肽，所述多肽包含SLFFSAQPFEITASTpl8SEQIDN0:9和或IKHIYAISSAALSASSEQIDN0:13的氨基酸序列或由其组成。[0027]在目前描述的方法的不同实施方式中，治疗剂可以与他汀一起施用。在目前描述的方法的进一步实施方式中，受试者可以是例如小鼠或人。附图说明[0028]图l显示了人肽18SLFFSAQPFEITAST，hP18SEQIDN0:9施用的研究图。[0029]图2显示了人pl8SLFFSAQPi7EITAST，hP18SEQIDNO:9对主动脉斑块损伤的减轻。[0030]图3显示了来自冷冻人PBMC的CD4T细胞的门控策略。门控淋巴细胞大小的细胞左上）、单细胞（singlets上中）、活CD3+细胞（右上）、CD4和CD8左下）和P9四聚体（右下。[0031]图4显示来自DRBl*0101+右）和错配（DRB1*0101-CVD患者的冷冻PBMCs的CD3+⑶4+人T细胞针对⑶4x轴和P9四聚体-PEy轴染色。[0032]图5显示来自DRB1*0101+CVD患者和健康对照（右）以及错配DRB1*0101_CVD患者和健康对照的冷冻PBMC的⑶3+⑶4+人T细胞针对P9四聚体-PE，MFI土SD染色。[0033]图6显示来自冷冻PBMC的⑶3+⑶4+人T细胞用P9四聚体-PE染色。将P9四聚体-PE+红色直方图）细胞反向门控红色点）到CD4转储图（左）中。[0034]图7显示来自具有临床前心血管疾病的两个DRB1*0101供体的P9四聚体+tet+，正方形和四聚体-tet-，环形CD4T细胞上的活化和耗尽标记CD69、0x40和Η-1的表达。门控⑶3+⑶4+活细胞。所有数据都是tet+和tet-⑶4T细胞的百分比。[0035]图8A-B根据图8C所示的示意图显示了对于用所示肽y轴，P101，P102和P103按50yg注射免疫接种的、或未经处理未处理）的或单独用佐剂佐剂免疫接种的西方饮食喂养的ApoE--小鼠通过化学分析仪RefloVetPlusRoche，图8A和ReflotronGPT〇?oche，图8B确定的血楽ALT水平。收集血浆并在-80°C下储存。8只未处理的小鼠，5只佐剂处理小鼠，5只Pl01处理小鼠，5只Pl02处理小鼠和3只Pl03处理小鼠。具体实施方式[0036]本发明人已经发现了Ap0BlOO的新型表位。在不同的实施方式中，本发明的蛋白和肽包含新型Ap0BlOO表位，其可具有促进动脉粥样硬化致动脉粥样硬化特性或治疗保护特性。[0037]T细胞参与动脉粥样硬化的发展，并且在动脉斑块中发现T细胞的所有子集。在不同的实施方式中，本发明的蛋白和肽包含T细胞表位，并且可以增强或抑制斑块形成。因此，与本发明的T细胞表位反应的T细胞群体可以是免疫治疗的靶标。在本发明的某些实施方式中，使用包含本发明的T细胞表位的特异性肽代替完整的ApoB-IOO或LDL低密度脂蛋白）能够调节参与疾病过程的特异性激活的T细胞。先前使用完整的ApoB-IOO或LDL进行免疫或接种的研究涉及可能具有相反作用的各种ApoB-IOO肽的集合。[0038]另一方面，本发明人已经发现用本发明的蛋白或肽进行疫苗接种可以提供保护以防不良的心血管事件或心血管疾病，在某些实施方式中包括动脉粥样硬化。[0039]因此，目前提供了用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病的包含Ap0BlOO氨基酸序列和其子序列、部分或修饰物的蛋白和肽，以及方法和化合物。在某些实施方式中，本发明的方法包括保护以防不良的心血管事件或心血管疾病包括但不限于动脉粥样硬化）或针对不良的心血管事件或心血管疾病在某些实施方式中包括动脉粥样硬化进行疫苗接种。[0040]本发明至少部分基于Ap0BlOO肽、子序列和部分，以及Ap0BlOO肽、子序列和部分的氨基酸修饰物。包括在体外或体内引发、刺激、诱导、促进、增加或增强免疫或炎症应答的T细胞表位的Ap0BlOO肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可用于疫苗接种和免疫如预防），以及治疗用途和方法。例如，本发明的Ap0BlOO肽、其子序列、部分或其修饰物可用于免疫或疫苗接种受试者，或治疗具有不良的心血管事件或心血管疾病或处于具有不良的心血管事件或心血管疾病风险的受试者。[0041]本发明的蛋白和肽及其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包括T细胞表位。如本文所使用的，“表位”是指当施用于受试者时引发免疫应答的肽或其部分。在本发明的某些实施方式中，表位是Ap0BlOO蛋白的当施用于受试者时引发免疫应答的区域。如本领域技术人员将理解的，免疫应答可以是细胞或体液免疫应答，并且可以包含抗体应答、T细胞应答或抗体和T细胞应答两者。在本发明的具体实施方式中，本发明的蛋白或肽包含ΑροΒΙΟΟ的属于T细胞表位的氨基酸序列。[0042]ApoB-IOO多肽序列的非限制性示例（从其中可衍生出肽、子序列、部分、同源物、变体、衍生物和T细胞表位如下SEQIDNO:1:MDPPRPALLALLALPALLLLLLAGARAEEEMLENVSLVCPKDATRFKHLRKYTYNYEAESSSGVPGTADSRSATRINCKVELEVPQLCSFILKTSQCTLKEVYGFNPEGKALLKKTKNSEEFAAAMSRYELKLAIPEGKQVFLYPEKDEPTYILNIKRGIISALLVPPETEEAKQVLFLDTVYGNCSTHFTVKTRKGNVATEISTERDLGQCDRFKPIRTGISPLALIKGMTRPLSTLISSSQSCQYTLDAKRKHVAEAICKEQHLFLPFSYKNKYGMVAQVTQTLKLEDTPKINSRFFGEGTKKMGLAFESTKSTSPPKQAEAVLKTLQELKKLTISEQNIQRANLFNKLVTELRGLSDEAVTSLLPQLIEVSSPITLQALVQCGQPQCSTHILQWLKRVHANPLLIDVVTYLVALIPEPSAQQLREIFNMARDQRSRATLYALSHAVNNYHKTNPTGTQELLDIANYLMEQIQDDCTGDEDYTYLILRVIGNMGQTMEQLTPELKSSILKCVQSTKPSLMIQKAAIQALRKMEPKDKDQEVLLQTFLDDASPGDKRLAAYLMLMRSPSQADINKIVQILPffEQNEQVKNFVASHIANILNSEELDIQDLKKLVKEALKESQLPTVMDFRKFSRNYQLYKSVSLPSLDPASAKIEGNLIFDPNNYLPKESMLKTTLTAFGFASADLIEIGLEGKGFEPTLEALFGKQGFFPDSVNKALYWVNGQVPDGVSKVLVDHFGYTKDDKHEQDMVNGIMLSVEKLIKDLKSKEVPEARAYLRILGEELGFASLHDLQLLGKLLLMGARTLQGIPQMIGEVIRKGSKNDFFLHYIFMENAFELPTGAGLQLQISSSGVIAPGAKAGVKLEVANMQAELVAKPSVSVEFVTNMGIIIPDFARSGVQMNTNFFHESGLEAHVALKAGKLKFIIPSPKRPVKLLSGGNTLHLVSTTKTEVIPPLIENRQSWSVCKQVFPGLNYCTSGAYSNASSTDSASYYPLTGDTRLELELRPTGEIEQYSVSATYELQREDRALVDTLKFVTQAEGAKQTEATMTFKYNRQSMTLSSEVQIPDFDVDLGTILRVNDESTEGKTSYRLTLDIQNKKITEVALMGHLSCDTKEERKIKGVISIPRLQAEARSEILAHffSPAKLLLQMDSSATAYGSTVSKRVAWHYDEEKIEFEWNTGTNVDTKKMTSNFPVDLSDYPKSLHMYANRLLDHRVPQTDMTFRHVGSKLIVAMSSWLQKASGSLPYTQTLQDHLNSLKEFNLQNMGLPDFHIPENLFLKSDGRVKYTLNKNSLKIEIPLPFGGKSSRDLKMLETVRTPALHFKSVGFHLPSREFQVPTFTIPKLYQLQVPLLGVLDLSTNVYSNLYNWSASYSGGNTSTDHFSLRARYHMKADSVVDLLSYNVQGSGETTYDHKNTFTLSCDGSLRHKFLDSNIKFSHVEKLGNNPVSKGLLIFDASSSffGPQMSASVHLDSKKKQHLFVKEVKIDGQFRVSSFYAKGTYGLSCQRDPNTGRLNGESNLRFNSSYLQGTNQITGRYEDGTLSLTSTSDLQSGIIKNTASLKYENYELTLKSDTNGKYKNFATSNKMDMTFSKQNALLRSEYQADYESLRFFSLLSGSLNSHGLELNADILGTDKINSGAHKATLRIGQDGISTSATTNLKCSLLVLENELNAELGLSGASMKLTTNGRFREHNAKFSLDGKAALTELSLGSAYQAMILGVDSKNIFNFKVSQEGLKLSNDMMGSYAEMKFDHTNSLNIAGLSLDFSSKLDNIYSSDKFYKQTVNLQLQPYSLVTTLNSDLKYNALDLTNNGKLRLEPLKLHVAGNLKGAYQNNEIKHIYAISSAALSASYKADTVAKVQGVEFSHRLNTDIAGLASAIDMSTNYNSDSLHFSNVFRSVMAPFTMTIDAHTNGNGKLALWGEHTGQLYSKFLLKAEPLAFTFSHDYKGSTSHHLVSRKSISAALEHKVSALLTPAEQTGTWKLKTQFNNNEYSQDLDAYNTKDKIGVELTGRTLADLTLLDSPIKVPLLLSEPINIIDALEMRDAVEKPQEFTIVAFVKYDKNQDVHSINLPFFETLQEYFERNRQTIIVVLENVQRNLKHINIDQFVRKYRAALGKLPQQANDYLNSFNWERQVSHAKEKLTALTKKYRITENDIQIALDDAKINFNEKLSQLQTYMIQFDQYIKDSYDLHDLKIAIANIIDEIIEKLKSLDEHYHIRVNLVKTIHDLHLFIENIDFNKSGSSTASWIQNVDTKYQIRIQIQEKLQQLKRHIQNIDIQHLAGKLKQHIEAIDVRVLLDQLGTTISFERINDVLEHVKHFVINLI⑶FEVAEKINAFRAKVHELIERYEVDQQIQVLMDKLVELAHQYKLKETIQKLSNVLQQVKIKDYFEKLVGFIDDAVKKLNELSFKTFIEDVNKFLDMLIKKLKSFDYHQFVDETNDKIREVTQRLNGEIQALELPQKAEALKLFLEETKATVAVYLESLQDTKITLIINWLQEALSSASLAHMKAKFRETLEDTRDRMYQMDIQQELQRYLSLVGQVYSTLVTYISDffffTLAAKNLTDFAEQYSIQDWAKRMKALVEQGFTVPEIKTILGTMPAFEVSLQALQKATFQTPDFIVPLTDLRIPSVQINFKDLKNIKIPSRFSTPEFTILNTFHIPSFTIDFVEMKVKIIRTIDQMLNSELQWPVPDIYLRDLKVEDIPLARITLPDFRLPEIAIPEFIIPTLNLNDFQVPDLHIPEFQLPHISHTIEVPTFGKLYSILKIQSPLFTLDANADIGNGTTSANEAGIAASITAKGESKLEVLNFDFQANAQLSNPKINPLALKESVKFSSKYLRTEHGSEMLFFGNAIEGKSNTVASLHTEKNTLELSNGVIVKINNQLTLDSNTKYFHKLNIPKLDFSSQADLRNEIKTLLKAGHIAWTSSGKGSWKWACPRFSDEGTHESQISFTIEGPLTSFGLSNKINSKHLRVNQNLVYESGSLNFSKLEIQSQVDSQHVGHSVLTAKGMALFGEGKAEFTGRHDAHLNGKVIGTLKNSLFFSAQPFEITASTNNEGNLKVRFPLRLTGKIDFLNNYALFLSPSAQQASWQVSARFNQYKYNQNFSAGNNENIMEAHVGINGEANLDFLNIPLTIPEMRLPYTIITTPPLKDFSLffEKTGLKEFLKTTKQSFDLSVKAQYKKNKHRHSITNPLAVLCEFISQSIKSFDRHFEKNRNNALDFVTKSYNETKIKFDKYKAEKSHDELPRTFQIPGYTVPVVNVEVSPFTIEMSAFGYVFPKAVSMPSFSILGSDVRVPSYTLILPSLELPVLHVPRNLKLSLPDFKELCTISHIFIPAMGNITYDFSFKSSVITLNTNAELFNQSDIVAHLLSSSSSVIDALQYKLEGTTRLTRKRGLKLATALSLSNKFVEGSHNSTVSLTTKNMEVSVATTTKAQIPILRMNFKQELNGNTKSKPTVSSSMEFKYDFNSSMLYSTAKGAVDHKLSLESLTSYFSIESSTKGDVKGSVLSREYSGTIASEANTYLNSKSTRSSVKLQGTSKIDDIWNLEVKENFAGEATLQRIYSLWEHSTKNHLQLEGLFFTNGEHTSKATLELSPWQMSALVQVHASQPSSFHDFPDLGQEVALNANTKNQKIRffKNEVRIHSGSFQSQVELSNDQEKAHLDIAGSLEGHLRFLKNIILPVYDKSLffDFLKLDVTTSIGRRQHLRVSTAFVYTKNPNGYSFSIPVKVLADKFIIPGLKLNDLNSVLVMPTFHVPFTDLQVPSCKLDFREIQIYKKLRTSSFALNLPTLPEVKFPEVDVLTKYSQPEDSLIPFFEITVPESQLTVSQFTLPKSVSDGIAALDLNAVANKIADFELPTIIVPEQTIEIPSIKFSVPAGIVIPSFQALTARFEVDSPVYNATffSASLKNKADYVETVLDSTCSSTVQFLEYELNVLGTHKIEDGTLASKTKGTFAHRDFSAEYEEDGKYEGLQEWEGKAHLNIKSPAFTDLHLRYQKDKKGISTSAASPAVGTVGMDMDEDDDFSKWNFYYSPQSSPDKKLTIFKTELRVRESDEETQIKVNWEEEAASGLLTSLKDNVPKATGVLYDYVNKYHWEHTGLTLREVSSKLRRNLQNNAEWVYQGAIRQIDDIDVRFQKAASGTTGTYQEWKDKAQNLYQELLTQEGQASFQGLKDNVFDGLVRVTQEFHMKVKHLIDSLIDFLNFPRFQFPGKPGIYTREELCTMFIREVGTVLSQVYSKVHNGSEILFSYFQDLVITLPFELRKHKLIDVISMYRELLKDLSKEAQEVFKAIQSLKTTEVLRNLQDLLQFIFQLIEDNIKQLKEMKFTYLINYIQDEINTIFSDYIPYVFKLLKENLCLNLHKFNEFIQNELQEASQELQQIHQYIMALREEYFDPSIVGWTVKYYELEEKIVSLIKNLLVALKDFHSEYIVSASNFTSQLSSQVEQFLHRNIQEYLSILTDPDGKGKEKIAELSATAQEIIKSQAIATKKIISDYHQQFRYKLQDFSDQLSDYYEKFIAESKRLIDLSIQNYHTFLIYITELLKKLQSTTVMNPYMKLAPGELTIIL[0043]T细胞表位通常是短的氨基酸序列，例如约5至15个氨基酸长（或5-10个氨基酸长）。!~细胞表位可以在体外例如在溶液中，在固相中，在组织培养物中）或在体内引发、刺激、诱导、促进、增加、增强免疫或炎性T细胞应答。这种T细胞应答可以使用本文公开的或本领域技术人员已知的各种测定法来检测。[0044]本发明的蛋白或肽包括蛋白或肽，该蛋白或肽包含ΑροΒΙΟΟ的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述Ap0BlOO的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成[0045]在本发明的不同实施方式中，蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0046]如本文所述，蛋白和肽包括同源物。多核苷酸序列或多肽序列是另一个序列的“同源物”，或者与另一个序列是“同源的”，前提是这两个序列在特定区域上具有实质的同一性并且这两个序列的功能活性至少部分保留或保守（如本文所使用的，术语“同源的”不能推断进化相关性）。如果在最佳比对允许空位时它们共享至少约60%序列同一性或更高例如在特定特定区域上同一性为60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%等），或者如果序列共孚确定的功能基序例如表位），则认为两个多核昔酸序列或多肽序列具有实质同一性。百分比同一性可以扩展至整个序列长度或序列的一部分。在具体的方面，序列的共享百分比同一性的长度是2个、3个、4个、5个或更多个连续的氨基酸，例如6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个等连续的氨基酸。[0047]“不相关的”或“非同源的”序列具有小于50%的同一性。[0048]术语“同一性”及其语法变体意味着两个或更多个参考实体是相同的。因此，当两种蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物相同时，它们具有相同的氨基酸序列。同一性可以位于序列的定义区域（区或结构域上。同源性或同一性的“区域、区或结构±或”是指两个或更多个参考实体的一部分共享同一性或相同。[0049]两个序列之间的同一性程度可以使用本技术领域已知的计算机程序和数学算法确定。计算百分比序列同一性（同源性的这样的算法通常导致序列间隙并在比对区或区域上错配。例如，BLAST例如，BLAST2.0搜索算法（参见例如，Altschul等人，J.Mol.Biol.215:4031990，公众可通过NCBI获得具有如下示例性搜索参数:错配-2;间隙口5;间隙延伸2。对于多肽序列比对而言，BLASTP算法通常与评分矩阵组合使用，例如PAM100、PAM250、BL0SUM62或BLOSUM5LFASTA例如，FASTA2和FASTA3和SSEARCH序列比对程序也用于定量同一性程度Pearson等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:24441988;Pearson，MethodsMolBiol.132:1852000;和Smith等人，J.Mol.Biol.147:1951981。还已开发了使用基于Delaunay的拓扑映射定量蛋白结构相似性的程序（Bostick等人，BiochemBiophysResCommun.304:3202003〇[0050]因此，在某些实施方式中，本发明的蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列的同源物或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列的同源物或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0051]另外的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以基于Ap0BlOO氨基酸序列或来源于ΑροΒΙΟΟ氨基酸序列。例如，本发明的蛋白或肽可以包含与ΑροΒΙΟΟ的区域具有60%或更多（例如60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%%、97%、98%、99%、100%的序列同一性的氨基酸序列。因此，如本文所公开的，在具体的实施方式中，本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包括与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的一种或多种ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物具有至少部分序列同一性的那些。这些序列的同一性百分比可以低至60%，或者可以较高（例如60%、65%、70%、75%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%等）。序列的共享百分比同一性的长度是2个、3个、4个、5个或更多个连续的氨基酸，例如6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个等连续的氨基酸。[0052]因此，根据本发明，还提供了与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的参考ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列或部分或其修饰物显示序列同一性的蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。在一实施方式中，本发明的蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包含与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的参考ΑροΒΙΟΟ蛋白或肽、其子序列或部分或其衍生物具有至少60%或更多（例如60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%等的同一性的序列，由或基本由这样的序列组成。[0053]在另一实施方式中，本发明的蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包含与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列或部分，由或基本由所述Ap0BlOO肽、其子序列或部分组成。其中所述蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物具有一种或多种修饰，例如，如在表1中列出的肽中的任一种所示出的任何肽中的氨基酸添加、任何氨基酸残基的缺失或取代。在特定的方面，经修饰的序列与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物具有至少80%或更多，例如80-85%、85-90%、90-95%，95-100%的同一性，或具有1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、1个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、20-25个、25-30个、30-50个、50-100个或更多个附加、缺失或取代。[0054]因此，根据本发明，提供了经修饰的和变体形式的ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列、部分、同源物或衍生物。被称为“修饰物”或“变体”及其语法变体的此类形式是指偏离参考序列的ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列、部分、同源物或衍生物。这样的修饰物比参考ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列或其部分会具有更大或更小的活性或功能，例如引发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答或免疫或炎症应答的能力。因此，与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的参考T细胞表位相比，本发明的蛋白或肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包括具有基本相同的、更高或更低的相对活性或功能的作为T细胞表位的序列。[0055]修饰物的非限制性示例包括参考ΑροΒΙΟΟ肽、其子序列、部分、同源物或衍生物的一个或多个氨基酸取代例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、1个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、20-25个、25-30个、30-50个、50-100个或更多个残基）、添加和插入例如1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、1个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、20-25个、25-30个、30-50个、50-100个或更多个残基和缺失（1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、1个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、20-25个、25-30个、30-50个、50-100个）。在具体的实施方式中，经修饰或变体的序列保留未经修饰的序列的功能或活性的至少一部分，其功能或活性可以小于、大约相同或大于参考序列的功能或活性，但至少是参考序列的功能或活性的一部分，所述功能或活性例如在体外或体内引发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答的能力。引起的这种T细胞应答包括例如尤其诱导的、增加的、增强的、刺激的或激活的细胞因子的表达或生产（例如IL-Ia，IL-2，IL-5，IL-6，IL-10，IL-17a，IFN-γ，TNF，GM-CSF。[0056]添加可以是任何类型分子共价或非共价连接到序列上。添加的具体示例包括糖基化、乙酰化、磷酸化、酰胺化、甲酰化、泛素化和通过保护封闭基团以及许多化学修饰中的任一种进行的衍生化。添加的另外的特定的非限制性示例是一个或多个另外的氨基酸残基。因此，包括T细胞表位、其子序列、部分、同源物或衍生物的本发明的蛋白或肽可以是较大分子的一部分或包含在较大分子内，较大分子如另一种肽序列，如与另一个ΑροΒΙΟΟ序列的嵌合体或非ΑροΒΙΟΟ肽序列的融合物、异源结构域或嵌合体。在特定的实施方式中，添加是融合嵌合序列或异源结构域，具有一个或多个通常不存在于与序列共价连接的参考天然野生型序列中的分子的氨基酸序列。[0057]术语“嵌合”及其语法变体当用于指序列时是指该序列包含衍生自其他物理或化学实体的一个或多个部分，自其他物理或化学实体获得或分离的一个或多个部分或基于其他物理或化学实体的一个或多个部分。例如，两种或更多种不同蛋白的嵌合体可以具有Ap0BlOO肽的部分、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，而嵌合体的第二部分可以是来自非ApoB-IOO序列。[0058]具有氨基酸添加的经修饰的序列的另一具体示例是其中（共价或非共价结合连接第二异源序列（即，异源功能结构域从而赋予不同或互补的功能的序列。异源功能结构域不限于氨基酸残基。因此，异源功能结构域可以由多种不同类型中的任何一种类型的小或大的功能部分组成。这样的功能部分包括核酸、肽、碳水化合物、脂质或小有机化合物，例如药物例如抗病毒剂）、金属金、银和放射性同位素。例如，可以连接如T7或聚组氨酸之类的标签，以便于T细胞表位的纯化或检测。因此，在其它实施方式中，本发明提供了包含Ap0BlOO肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物和异源结构域的蛋白或肽，其中异源功能结构域赋予不同的功能给Ap0BlOO肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。例如，融合蛋白或嵌合体可以包含免疫球蛋白融合蛋白或单克隆抗体融合蛋白。含有Ap0BlOO肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物和异源结构域的这样的构建体也被称为嵌合体。[0059]例如氨基酸或模拟肽序列之类的接头可以插入序列和添加物（例如异源功能域）之间，使得两个实体至少部分地保持不同的功能或活性。接头可具有一个或多个性质，其包括柔性构象、没有形成有序的二级结构的能力、或可促进任一结构域或与任一结构域相互作用的疏水性或带电性质。通常在柔性蛋白区域中发现的氨基酸包括Gly、Asn和Ser。其他接近中性的氨基酸，例如Thr和Ala，也可用于接头序列中。接头序列的长度可以变化，而不显著影响融合蛋白的功能或活性参见例如美国专利No.6，087，329。接头进一步包括化学部分和缀合剂，例如磺基琥珀酰亚胺基衍生物磺基-SMCC，磺基-SMPB、辛二酸二琥珀酰亚胺酯DSS、戊二酸二琥珀酰亚胺基酯DSG和酒石酸二琥珀酰亚胺酯DST。[0060]添加物的进一步非限制性示例是可检测标记。因此，在另一实施方式中，本发明提供了目前描述的可检测标记的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。可检测标记的具体示例包括荧光团、发色团，放射性同位素例如S35，P32，I125、电子致密试剂、酶、配体和受体。酶通常通过它们的活性来检测。例如，辣根过氧化物酶通常通过将底物如3，3_’，5,5-’_四甲基联苯胺TMB转化成可定量的蓝色色素的能力来检测。[0061]添加的另一个非限制性示例是将氨基酸插入Ap0BlOO肽、或其子序列、部分、同源物，变体或衍生物，其序列、子序列、部分或修饰物被描述为如在表1中列出的肽中的任何一种。在具体的实施方式中，插入物是插入如在表1中列出的肽中的任何一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物中的一个或多个氨基酸残基。[0062]取代的具体非限制性示例包括保守和非保守氨基酸取代。“保守取代”是一个氨基酸被生物学、化学或结构上相似的残基替代。生物学相似意指取代不破坏生物活性。结构相似意指氨基酸具有长度类似的侧链，例如丙氨酸、甘氨酸和丝氨酸或相似的大小。化学相似意指残基具有相同的电荷或均为亲水性的或疏水性的。具体的示例包括一个疏水残基例如异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸或蛋氨酸取代另一个，或一个极性残基取代另一个，例如精氨酸取代赖氨酸，谷氨酸取代天冬氨酸或谷氨酰胺取代天冬酰胺，丝氨酸取代苏氨酸等等。[0063]本发明的经修饰的和变体的蛋白和肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物还包括取代L-氨基酸及其混合物）的一个或多个的D-氨基酸，结构和功能类似物，例如具有合成或非天然氨基酸或氨基酸类似物和衍生形式的肽模拟物。修饰物包括环状结构，例如分子的氨基和羧基端之间的端对端酰胺键或分子内或分子间二硫键。本发明的蛋白和肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以在体外或体内进行修饰，例如翻译后修饰为包括例如糖残基、磷酸基团、泛蛋白、脂肪酸、脂质等。[0064]修饰物的具体的非限制性示例包括来自如在表1中列出的肽中的任一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽序列、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的至少一个氨基酸缺失。在具体的实施方式中，肽的子序列或部分的长度为约1至14个氨基酸，条件是所述子序列或部分的长度比如在表1中列出的肽中的任一种所示出的全长ΑροΒΙΟΟ肽序列或其同源物、变体或衍生物的长度短至少一个氨基酸。在另外的具体实施方式中，肽的子序列或部分的长度为约1至5、5至10、10至14个氨基酸，条件是所述子序列或部分的长度比如在表1中列出的肽中的任一种所示出的全长ΑροΒΙΟΟ肽序列或其同源物、变体或衍生物的长度短至少一个氨基酸。[0065]如本文所使用的，蛋白或肽的子序列包括比全长蛋白或肽少一个或多个氨基酸或由其组成。术语“子序列”是指全长分子的片段或部分。蛋白或肽的子序列比全长蛋白或肽少一个或多个氨基酸例如氨基端或羧基端的一个或多个内部或末端氨基酸缺失）。因此，子序列可以是直至全长天然分子的任何长度，条件是所述长度比全长天然分子少至少一个氨基酸。[0066]子序列的大小可以变化。例如，蛋白或肽的子序列可以与能够结合抗体的表位一样小（即约5个氨基酸），也可以大到仅比参考蛋白或肽的整个长度小一个氨基酸的多肽。[0067]在多个实施方式中，本发明的蛋白或肽的子序列的特征在于包括如在表1中列出的肽中的任何一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽、或其同源物、变体或衍生物或由其组成。[0068]如本文所使用的，子序列还可以包括一个或多个氨基酸添加或缺失或由其组成，其中所述子序列不包含如在表1中列出的肽中的任何一种所示出的全长ΑροΒΙΟΟ肽、或其同源物、变体或衍生物。因此，总的子序列长度可以大于如在表1中列出的肽中的任何一种所示出的ApoB100肽、或其同源物、变体或衍生物的长度，例如，其中如在表1中列出的肽中的任何一种所示出的ΑροΒΙΟΟ肽的子序列与另一种多肽融合或与另一种多肽形成嵌合体。[0069]可以通过多种标准蛋白纯化或重组表达技术中的任一种来产生本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、衍生物包括变体或修饰形式）。例如，肽、其子序列、部分、同源物、衍生物或变体可以通过标准肽合成技术如固相合成来产生。蛋白的一部分可含有氨基酸序列（如Τ7标签或聚组氨酸序列）以促进表达或合成的蛋白的纯化。蛋白可以在细胞中表达并纯化。蛋白可以通过重组方法表达为更大蛋白的一部分（例如融合蛋白或嵌合体。[0070]可以使用重组DNA技术经由细胞表达或体外翻译来制备本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、衍生物或变体。包括修饰形式的多肽序列也可以使用本领域已知的方法例如自动肽合成装置参见例如AppliedBiosystems,FosterCity，CA通过化学合成来生产。[0071]本发明提供了分离的和或纯化的蛋白或肽，蛋白或肽包括如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。在具体的实施方案中，分离的和或纯化的蛋白或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包括T细胞表位。[0072]术语“分离的”当用作组合物例如，Ap0BlOO肽，或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，编码它们的核酸等）的修饰语时，是指组合物是由人工制造的，或者完全或至少部分地从其天然存在的体内环境中分离出来的。通常，所分离的组合物基本上不含在自然界中与它们通常相关的一种或更多种材料，例如，一种或更多种蛋白、核酸、脂质、碳水化合物、细胞膜。术语“分离的”不排除通过人工产生的组合物的形式，例如，融合嵌合体，多聚体寡聚体、修饰例如，磷酸化、糖基化、脂化或衍生的形式，或在宿主细胞中表达的形式。[0073]“分离的”组合物例如，ΑροΒΙΟΟ肽，或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物）当不含在自然界中通常与它们相关的大部分或全部材料时，也可以是“基本上纯的”或“纯化的”。因此，也是基本上纯的或纯化的分离的ΑροΒΙΟΟ肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物不包括存在于数百万个其它序列例如肽文库的肽或例如在基因组或cDNA文库中的核酸）中的多肽或多核苷酸。[0074]“基本纯的”或“纯化的”组合物可以与一种或多种其他分子组合。因此，“基本上纯的”或“纯化的”不排除组合物的组合，例如ΑροΒΙΟΟ肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物例如多个T细胞表位）的组合，以及ΑροΒΙΟΟ肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物与其他抗原、剂、药物或疗法的组合。[0075]本发明还提供了编码蛋白质或肽的核酸，其包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。这样的核酸序列编码与如在表1中列出的肽中的任一种所示出的ΑροΒΙΟΟ氨基酸序列具有至少75%或更多例如75%、80%、85%、90%、95%等）的同一性的肽序列。在另外的实施方式中，核酸编码具有修饰的序列，例如，如在表1中列出的肽中的任一种所示出的ΑροΒΙΟΟ氨基酸序列的一个或多个氨基酸添加插入）、缺失或取代。[0076]术语“核酸”、“多核苷酸”和“多核苷”等是指通过磷酸酯键或等价物连接的至少两个或更多个核糖核酸或脱氧核糖核酸碱基对核苷酸核苷）。核酸包括多核苷酸和多核苷。核酸包括单分子、双分子或三分子、圆形或线形分子。示例性的核酸包括但不限于：RNA、DNA、cDNA、基因组核酸、天然存在的和非天然存在的核酸，例如合成的核酸。[0077]核酸可以具有不同的长度。核酸长度典型地在约20个碱基至20千碱基Kb的范围内，或者在这些长度内或包含这些长度的任何数值或范围，10个碱基至l〇Kb，1至5Kb或更少，1000至约500个碱基或更少。核酸的长度也可以是较短的，例如100至约500个碱基，或约12至25、25至50、50至100、100至250或约250至500个碱基，或者在这些长度内或包含这些长度的任何数值或范围。在具体的方面，核酸序列的长度为约10-20、20-30、30-50、50-100、100-150、150-200、200-250、250-300、300-400、400-500、500-1000、1000-2000个碱基，或者在这些长度内或包含这些长度的任何数值或范围。较短的核酸通常被称为单链或双链DNA的“寡核苷酸”或“探针”。然而，这样的寡核苷酸的长度没有上限。[0078]核酸序列还包括核苷酸和核苷取代、添加和缺失，以及衍生形式和融合嵌合序列例如，编码重组多肽）。例如，由于遗传密码的简并性，核酸包括相对于编码包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列以及其变体和修饰例如，取代、添加、插入和缺失），由或基本上由所述氨基酸序列以及其变体和修饰例如，取代、添加、插入和缺失组成的ΑροΒΙΟΟ肽的核酸和子核酸简并。[0079]可以使用各种标准的克隆和化学合成技术来生产核酸。技术包括但不限于使用能够将编码序列退火的引物例如，简并引物混合物）而与基因组DNA或cDNA靶进行的核酸扩增，例如聚合酶链式反应PCR。核酸也可以通过化学合成例如固相亚磷酰胺合成或从基因转录而产生。然后可以将所产生的序列体外翻译或克隆到质粒中并增殖，然后在细胞例如在动物或植物中的宿主细胞，如真核细胞或哺乳动物细胞，酵母或细菌）中表达。[0080]核酸可被插入核酸构建体，其中该核酸的表达受到“表达控制元件”的影响或调节。“表达控制元件”指调节或影响与之可操作连接的核酸序列的表达的核酸序列元件。表达控制元件可在蛋白编码基因前适当地包括启动子、增强子、转录终止子、基因沉默、起始密码子例如，ATG等。[0081]可操作地连接至核酸序列的表达控制元件控制核酸序列转录，并适当地控制核酸序列的翻译。表达控制元件包括可诱导（即，需要外部信号进行激活或可脱阻抑（即，需要信号关闭转录；当该信号不在存在时，转录被激活或“脱阻抑”）的组成性激活转录的元件或针对特定细胞类型或组织是特异性的元件即，组织特异性控制元件）。[0082]核酸也可被插入质粒以增殖进入宿主细胞和进行后续遗传操作。质粒是能在宿主细胞中增殖的核酸，质粒可以可选地包含表达控制元件，以驱动在宿主细胞中编码Ap0BlOO肽的核酸的表达，该ΑροΒΙΟΟ肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。此处所用的载体与质粒同义，并也可包含用于在宿主细胞中表达的表达控制元件例如表达载体）。质粒和载体通常包含至少用以在细胞内增殖的复制起始区和启动子。因此质粒和载体可用于本发明的蛋白质或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的基因操作和表达。因此，提供了包括编码ΑροΒΙΟΟ肽或与其互补的核酸的载体，该ΑροΒΙΟΟ肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0083]根据本发明，提供了用编码和或表达ΑροΒΙΟΟ肽的核酸表达和或转化的颗粒例如病毒颗粒和转化的宿主细胞，所述ΑροΒΙΟΟ肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。颗粒和转化的宿主细胞包括但不限于病毒体、以及原核和真核细胞，如细菌、真菌酵母）、植物、昆虫和动物例如哺乳动物，包括灵长类和人类，CHO细胞和杂交瘤细胞。例如，提供了以重组噬菌体核酸、质粒核酸或粘粒核酸表达载体转化的细菌；以重组酵母表达载体转化的酵母；以重组病毒表达载体例如，花椰菜花叶病毒，CaMV;烟草花叶病毒，TMV感染或以重组质粒表达载体例如，Ti质粒转化的植物细胞系统；以重组病毒表达载体例如，杆状病毒感染的昆虫细胞系统，以及以重组病毒表达系统例如，逆转录病毒，腺病毒，牛痘病毒感染的动物细胞系统，或经过工程改造可稳定表达的转化动物细胞系统。细胞可以是原代细胞分离物、细胞培养物例如，传代的、建立的或永生化的细胞系）、或多个细胞的一部分、或离体的或在受试者体内的组织或器官。本发明的转染或转化的细胞可以包括致耐受性树突细胞或其他抗原呈递细胞，其可以增强本发明的ΑροΒΙΟΟ蛋白或肽的疾病减轻活性。[0084]术语“转化的”或“转染的”当涉及细胞例如，宿主细胞或生物体使用时，是指细胞中的在掺入外源性分子例如蛋白或核酸例如转基因）进入细胞之后的遗传变化。因此，“转染的”或“转化的”细胞是其中已经通过人工例如通过重组DNA技术）引入了外源分子的细胞或其后代。[0085]核酸或蛋白质可以在宿主细胞及其后代中稳定或瞬时转染或转化表达）。可以繁殖细胞，表达引入的蛋白或转录核酸。转染或转化的细胞的后代可能与亲本细胞不同，因为在复制期间可能存在突变。[0086]可以通过本领域已知的方法进行ΑροΒΙΟΟ肽和核酸的表达，所述ΑροΒΙΟΟ肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成，所述核酸编码颗粒中的这种肽或被引入靶细胞例如宿主细胞）。非限制性示例包括渗透压休克例如磷酸钙）、电穿孔、显微注射、细胞融合等。体外、离体和体内引入核酸和多肽也可使用其它技术来实现。例如，聚合物质，如聚酯、聚胺酸、水凝胶、聚乙烯吡咯烷酮、乙烯-乙酸乙烯酯、甲基纤维素、羧甲基纤维素、鱼精蛋白硫酸盐、或丙交酯乙交酯共聚物、聚交酯乙交酯共聚物或乙烯乙酸乙烯酯共聚物。在通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中，例如可通过分别使用羟甲基纤维素或明胶微胶囊或聚（甲基丙烯酸甲酯）（polymethylmethacrolate微胶囊或在胶体系统中，将核酸包载。胶体分散体系包括大分子复合物、纳米胶囊、微球体、珠粒和基于脂质的体系，包括水包油乳液、胶束、混合胶束和脂质体。[0087]用于将各种组合物引入细胞中的脂质体是本领域已知的，并且包括例如磷脂酰胆碱、磷脂酰丝氨酸、脂质体（Iipofectin和DOTAP例如美国专利No.4，844，904、No.5，000，959、No·4，863，740和No·4，975，282;以及GIBC0-BRL,Gaithersburg,MD。阳离子脂质体系也是已知的（参见例如美国专利如.5,459，127。聚合物质、微胶囊和胶体分散系统（如脂质体在本文中统称为“囊泡”。因此，病毒和非病毒载体意指包括向细胞内递送。[0088]如本文所公开的，包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成的ApoB100肽可以引发细胞或体液免疫应答。在本发明的具体实施方案中，本发明的蛋白质或肽可以引发、刺激、诱导、促进、增加或增强免疫或炎症反应。在某些实施方案中，本发明的蛋白或肽可以引发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答。[0089]然而，本发明人已经发现，包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成的ΑροΒΙΟΟ肽可以产生促炎或动脉粥样硬化应答或者替代地产生抗炎或保护性应答，具体取决于施用肽的方式而产生。例如，与肽一起施用的佐剂类型、施用时间、施用肽的量的变化都可能影响肽是否产生致动脉粥样硬化或保护性应答。[0090]如本文所使用的，致动脉粥样硬化应答是指诱导、促进、增加或增强不良的心血管事件或心血管疾病包括例如动脉粥样硬化的发展、严重程度或症状。在某些实施方式中，动脉粥样硬化应答包括动脉粥样硬化病变的发生的增加或大小的增大。[0091]如本文所使用的，保护性应答是指降低、减少、抑制、遏制或破坏不良的心血管事件或心血管疾病包括例如动脉粥样硬化的发展、严重性或症状。在某些实施方式中，动脉粥样硬化应答包括动脉粥样硬化病变的发生的减少或大小的减小。[0092]因此，在本发明的某些实施方式中，包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成的蛋白或肽可以产生致动脉粥样硬化应答。在本发明的其它实施方式中，包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成的蛋白或肽可以产生保护性应答。这样的应答可以提供针对例如预防不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化或继发或随后发生不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的保护。这样的应答对初始不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化或继发或随后的不良的心血管事件或心血管疾病的治疗例如疗法也会是有效的。[0093]在具体的实施方式中，本发明的蛋白或肽可降低、减轻、抑制、遏制或破坏免疫或炎症应答。在更进一步的实施方式中，本发明的蛋白或肽可以引发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗免疫或抗炎应答。[0094]本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可用于各种方法、用途和组合物中。在不同的实施方式中，本发明的方法、用途和组合物包含蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0095]这样的方法和用途包括例如在体外和体内使用、接触或施用本发明的一种或多种蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。这些方法适用于向受试者提供针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的免疫接种，并且还适用于向受试者提供针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的治疗。[0096]在本发明的某些实施方式中，本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可用作疫苗抗原以针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化或由不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）引起或与其有关的一种或多种生理状况、紊乱、病症、疾病或症状进行接种。[0097]因此，根据本发明的一个方面，提供了接种和免疫以防止不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的方法。[0098]在一个实施方式中，提供了针对不良的心血管事件或心血管疾病给受试者疫苗接种的方法，所述方法包括向受试者施用足以针对不良的心血管事件或心血管疾病给受试者疫苗接种的量的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0099]如在本文中所使用的，术语“接种”、“疫苗接种”、“进行保护”、“保护”及其语法变体在提及不良的心血管事件或心血管疾病使用时意指预防不良的心血管事件或心血管疾病，或降低或减轻对不良的心血管事件或心血管疾病的易感性，或降低或减轻不良的心血管事件或心血管疾病的严重程度，或预防或减轻由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的一种或多种症状或病状。在具体的实施方式中，针对本发明的不良的心血管事件或心血管疾病给受试者进行疫苗接种的方法包括针对抗动脉粥样硬化给受试者进行疫苗接种的方法。[0100]本发明的另一方面提供了用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的方法。[0101]因此，在本发明的一实施方式中，提供了治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的方法，该方法包括向受试者施用足以针对不良的心血管事件或心血管疾病给受试者进行治疗的量的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0102]如本领域技术人员将理解的，治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病可包括减少、减轻、抑制、遏制、限制、控制或消除不良的心血管事件或心血管疾病。在其他实施方式中，治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的方法包括降低受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的频率、严重程度、进展或持续时间。在又一实施方式中，治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的方法包括通过防止受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的发生、频率、严重程度、进展或持续时间的增加来维持受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的严重程度。在又一些实施方式中，治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病的方法包括消除、减轻或维持通过不良的心血管事件或心血管疾病引起或与不良的心血管事件或心血管疾病相关的生理状况、紊乱、病症、疾病、症状或并发症的发生、频率、严重程度、进展或持续时间。[0103]在某些实施方式中，本文提供的方法的受试者以前可能已经具有不良的心血管事件或心血管疾病。因此，在某些实施方式中，本发明方法可以用于治疗或保护受试者免于继发或随后的不良的心血管事件或心血管疾病。因此，在不同的实施方式中，目前描述的疫苗接种和治疗方法可以用于针对不良的心血管事件或心血管疾病进行预防性接种或治疗不良的心血管事件或心血管疾病，或者可以用于针对不良的心血管事件或心血管疾病的继发性或随后的发生进行疫苗接种或治疗继发性或随后发生的不良的心血管事件或心血管疾病。在具体的实施方式中，所述方法可用于针对不良的心血管事件或心血管疾病的不良症状进行疫苗接种或治疗不良的心血管事件或心血管疾病的不良症状。[0104]根据本发明的不同实施方式，针对不良的心血管事件或心血管疾病进行疫苗接种或治疗不良的心血管事件或心血管疾病的治疗和预防方法包括但不限于治疗具有不良的心血管事件或心血管疾病或处于具有不良的心血管事件或心血管疾病的风险中的受试者，治疗具有不良的心血管事件或心血管疾病的受试者，以及保护受试者免于不良的心血管事件或心血管疾病的方法例如，向受试者提供针对不良的心血管事件或心血管疾病的发展或发病的保护），以降低或减轻受试者患不良的心血管事件或心血管疾病的可能性，降低或减轻受试者对不良的心血管事件或心血管疾病的易感性，以及抑制或预防受试者的不良的心血管事件或心血管疾病。在本文所述方法的具体实施方式中，与不良的心血管事件或心血管疾病相关或由其引起的一种或多种病症、疾病、生理状况、病状和症状将对接种或治疗起反应。[0105]不良的心血管事件或心血管疾病的非限制性示例是动脉粥样硬化、冠状动脉疾病、外周动脉疾病、脑血管疾病、肾动脉疾病、中风、心肌梗塞（心脏病发作）、缺血性心力衰竭、短暂性脑缺血发作或脑损伤、动脉粥样硬化斑块形成、泡沫细胞或泡沫细胞形成、或由不良的心血管事件或心血管疾病动脉粥样硬化、冠状动脉疾病、外周动脉疾病、脑血管疾病、肾动脉疾病、中风、心肌梗塞心脏病发作）、缺血性心力衰竭、短暂性脑缺血发作或脑损伤、动脉粥样硬化斑块形成、泡沫细胞或泡沫细胞形成）引起的或与之相关的一种或多种不良的症状、紊乱、病症、疾病、病状或并发症。[0106]在目前描述的方法的某些实施方式中，可以向受试者施用两种或更多种蛋白或肽，所述两种或更多种蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。如本领域技术人员将理解的，包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成的两种或更多种蛋白或肽可作为组合组合物施用，或者分开施用，例如同时或串联或依次施用。本发明的不同蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以以相同的量、体积或浓度或不同的量、体积或浓度施用于受试者。因此，在某些实施方式中，可以给受试者施用相同量的本发明的两种或更多种不同的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。在其它实施方式中，可以向受试者施用本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物中的一种，其量、体积或浓度大于给受试者施用的本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物中的其它的一种或多种蛋白。[0107]本发明的方法包括导致任何治疗或有益效果的疫苗接种或治疗的方法。在各种方法实施方式中，减少、减轻、抑制、限制、延缓或预防不良的心血管事件或心血管疾病，或者一种方法减少、减轻、抑制、遏制、预防、控制或限制由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的一种或多种不良的（身体的）症状、紊乱、病症、疾病或并发症。在另外的各种具体实施方式中，本发明的方法包括减少、减轻、抑制、延缓或预防由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的一种或多种不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症的发作、进展、频率、持续时间、严重程度、可能性。在进一步的各种特定实施方式中，本发明的方法包括改善、加速、有助于、促进、增强或加快患有不良的心血管事件或心血管疾病或由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的一种或多种不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症的受试者康复。在另外的各种实施方式中，治疗方法包括稳定不良的心血管事件或心血管疾病或由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症。[0108]因此，治疗或有益的疫苗接种或治疗的效果是向特定受试者提供的任意客观或主观的可测量或可检测的改善或益处。治疗或有益作用可以但不必是完全消除或得到保护以免患所有或任意具体的由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症。因此，当在短或长的持续时间（几小时、几天、几周、几月等）内存在渐进的改善或部分减轻由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症，或抑制、减少、降低、遏制、预防、限制或控制一个或更多个由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症、疾病或并发症的恶化或进展时，达到令人满意的临床终点。[0109]治疗或有益作用还包括减少或消除用于治疗患有或处于患不良的心血管事件或心血管疾病的风险的受试者的第二活性剂例如另一种药物或其他试剂的需要、剂量频率或量。例如，减少辅助疗法的量，例如减少或减轻不良的心血管事件或心血管疾病的治疗或针对不良的心血管事件或心血管疾病的疫苗接种或免疫方案被认为是有益的效果。另外，减少或减少用于给受试者进行疫苗接种或免疫以提供对受试者的保护的蛋白或肽的量被认为是有益的效果。[0110]在本发明的另一个方面中，提供了一种包含蛋白或肽的组合物，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。在不同的实施方式中，本发明的组合物可以包含佐剂。在某些实施方式中，本发明的组合物可以是固体或液体。在具体的实施方式中，本发明的组合物是疫苗。[0111]本发明的方法和组合物包括将蛋白或肽在发展不良的心血管事件或心血管疾病之前施用，与不良的心血管事件或心血管疾病的发展基本上同时施用，以及在发展不良的心血管事件或心血管疾病之后施用于受试者，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。本发明的方法和组合物还包括将蛋白或肽在由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症或疾病发展之前、与其发展同时或者在其发展之后施用于受试者，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。患有由不良的心血管事件或心血管疾病引起或与其有关的不良的症状、紊乱、病症或疾病的受试者在1-5、5-10、10-20、20-30、30-50、50-100小时，数天，数月或数年的时期内具有不良的心血管事件、心血管疾病。[0112]本发明的方法和组合物包括单独或与任何化合物、剂、药物、治疗或其他具有期望的治疗的、有益的、附加的、协同的或互补的活性或效果的治疗方式或方案联合向受试者施用蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0113]示例性的组合组合物和治疗剂包括多种蛋白或肽例如本文所述的T细胞表位和第二活性物质（例如用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病例如他汀类药物，贝特类）的化合物、剂、药物、治疗和疗法）以及帮助、促进、刺激或提高疗效的剂，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。这样的化合物、剂、药物、治疗和疗法可以在本发明的任何组合物或方法之前、基本上同时或之后施用或进行，例如，给有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的受试者进行疫苗接种或治疗的治疗用途或方法，或预防性接种或治疗有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的受试者的方法。[0114]包含蛋白或肽的本发明的组合物和本文所描述的方法可以与任何化合物、剂、药物、治疗或其他具有期望的治疗的、有益的、附加的、协同的或互补的活性或效果的治疗方式或方案组合，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。示例性的组合组合物和治疗剂包括多种蛋白或肽例如本文所述的T细胞表位和第二活性物质（例如用于治疗不良的心血管事件或心血管疾病例如他汀类药物，贝特类的化合物、剂、药物、治疗和疗法）以及帮助、促进、刺激或提高疗效的剂，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。这样的化合物、剂、药物、治疗和疗法可以在本发明的任何组合物或方法之前、基本上同时或之后施用或进行，例如，给有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的受试者进行疫苗接种或治疗的治疗用途或方法，或预防性接种或治疗有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的受试者的方法。[0115]因此，本发明提供了一种或多种蛋白或肽与第二活性剂包括但不限于任何化合物、剂、药物、治疗方式、治疗方案、方法、治疗或组合物，例如本文所述或本技术领域已知的治疗或疫苗接种方案）的组合，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。可以在向受试者施用一种或多种蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成或编码蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）的全部或部分例如，T细胞表位）的核酸之前、基本上同时或之后施用或进行化合物、剂、药物、治疗方式、治疗方案、方法、治疗或组合物。因此组合实施方式的具体的非限制性示例包括前述或其他化合物、剂、药物、治疗方式、治疗方案、方法、治疗或组合物。[0116]在发明的方法中，使用产生所需结果如提供治疗、接种或免疫的益处的治疗或预防方法）的组合物，可以以足够或有效的量施用蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0117]如本文所使用的，“足够的量”或“有效的量”或“量足够”或“量有效”是指以单一例如，主要或多个例如促进剂剂量单独或与一种或多种其他化合物、治疗剂、治疗方案或剂例如药物组合为给定受试者提供长期或短期可检测或可测量的改善或为给定受试者提供任何程度或任何时间段或持续时间（例如，数分钟、数小时、数天、数月、数年或痊愈）的任何客观或主观益处的量。[0118]足够的量或有效的量可以但不需要在单次施用中提供，并且可以但不一定通过蛋白或肽单独或者任选地组合包含第二活性剂的组合物或方法来实现，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。另外，如果以单次或多次剂量而没有第二次或另外的施用或剂量给付，则足够的量或有效的量不需要是足够的或有效的，因为额外的剂量，高于和超过这样的剂量的额外剂量、数量或持续时间，或另外的抗原、化合物、剂、治疗或疗法方案可以被包括，以便为给定的受试者提供对受试者的可检测到的或可测量的改善或益处。例如，为了增加、增强、改善或优化免疫接种和或疫苗，在向受试者初始或初次施用一种或多种蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成之后，给予受试者一种或多种另外的一种或多种蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）“促进剂”。这种随后的“促进剂”施用可以具有相同或不同的剂型、剂量或浓度、途径等。[0119]足够的量或有效的量不需要在所治疗的每个和每一个受试者中是治疗或预防有效的，也不需要在给定组或人群中所治疗的大部分受试者中是治疗或预防有效的。足够的量或有效的量意味着对特定的受试者足够或有效，而不是成组的受试者或一般人群足够或有效。对于这样的方法典型的是，不同的受试者将对本发明的方法例如免疫、疫苗接种和治疗性处理表现出不同的反应。[0120]术语“受试者”是指包括但不限于处于不良的心血管事件风险或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的风险中的受试者，以及已经患有不良的心血管事件风险或心血管疾病例如动脉粥样硬化的受试者。这样的受试者包括哺乳动物兽类），如非人类灵长类动物猿、长臂猿、大猩猩、黑猩猩、猩猩、猕猴），家养动物狗和猫），农场动物家禽，如鸡和鸭、马、牛、山羊、绵羊、猪），实验动物小鼠、大鼠、兔、豚鼠）和人类。受试者包括动物疾病模型，例如本领域已知的患有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的小鼠和其它动物模型。[0121]因此，适合接种疫苗或治疗的受试者包括患有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化或存在患有不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的风险的受试者，也被称为需要治疗的受试者。因此，需要疫苗接种或治疗的对象包括先前已经患有不良的心血管事件或心血管疾病如动脉粥样硬化），或患有持续的不良的心血管事件或心血管疾病（如动脉粥样硬化），或已形成由不良的心血管事件或心血管疾病如动脉粥样硬化）引起或与其相关的一种或多种不良症状的受试者，而与症状的类型、发作的时间或程度、进展、严重程度、频率、持续时间无关。[0122]因此包括预防性用途和方法。进行预防的目标受试者可能处于发生不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化的风险概率或易感性增加。由于处于危险之中，因此这些受试者被认为需要治疗。[0123]例如，进行预防的受试者不必处于增加的风险中，而是可以来自一般群体，其中希望针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化给受试者进行疫苗接种或免疫。期望针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化进行疫苗接种或免疫的受试者可以被施用蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。在另一非限制性示例中，没有具体地处于患不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化）的危险中但仍然希望针对不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化受到保护的受试者可以被施用蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。这样的受试者被视为需要治疗。[0124]“预防”及其语法变化可以涉及一种方法，其中接触、施用或体内递送给受试者是在发生不良的心血管事件或心血管疾病之前。在某些情况下，可能不知道受试者已经形成了不良的心血管事件或心血管疾病，但是可以在由不良的心血管事件或心血管疾病引起的或与之相关的疾病病变或相关的不良的症状、病症、并发症等出现之如对受试者进彳丁施用或体内递送。在这种情况下，本发明的组合物或方法可以消除、预防、抑制、遏制、限制、降低或减轻不良的心血管事件或心血管疾病的可能性或易感性或与不良的心血管事件或心血管疾病有关或由其引起的不良的症状、病症或并发症。[0125]“预防”还可以涉及一种方法，其中接触、施用或体内递送至受试者在继发性或随后的暴露或感染之前。在这种情况下，受试者可能具有先前的不良的心血管事件或心血管疾病或与不良的心血管事件或心血管疾病有关或由其引起的先前的不良的症状、病症或并发症。通过施用或体内递送至这样的受试者进行的免疫接种或者治疗可以在继发性或随后的不良的心血管事件或心血管疾病之前执行。这样的方法可以消除、预防、抑制、遏制、限制、降低或减轻继发性或随后的不良的心血管事件或心血管疾病的可能性或易感性或与继发性或随后的不良的心血管事件或心血管疾病有关或由其引起的不良的症状、病症或并发症。[0126]治疗不良的心血管事件或心血管疾病可以在不良的心血管事件或心血管疾病期间的任何时间。蛋白或者肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）可以作为单剂量或多剂量例如每小时、每天、每周、每月或每年或在约1至10周之间或在任何适当的时间一次或多次根据本文所述的方法作为组合例如，与第二活性剂）、或者单独同时或依次按顺序施用以实现与不良的心血管事件或心血管疾病（例如动脉粥样硬化相关或由其引起的一种或多种症状或并发症或与不良的心血管事件或心血管疾病例如动脉粥样硬化相关或由其引起的不良症状、病症或并发症的发作、进展、严重程度、频率、持续时间的减轻减少）。因此，一种方法可以一小时、一天、一周、一个月或一年实施一次或多次例如，1-10次、1-5次或1-3次）。本领域技术人员将知道什么时候适当延迟或停止施用。非限制性的给药方案是每周1-7次，持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多周，以及任何数值或范围或在这样的范围内的值。[0127]本发明的方法可以通过任何施用或递送模式或通过任何途径、系统、区域和局部的施用或递送来实施。示例性的施用或递送途径包括静脉内（i.v.、腹膜内（i.P.、动脉内、肌内、肠胃外、皮下、胸膜内、局部、皮肤、真皮内、经皮、透粘膜、颅内、脊柱内、直肠、口服消化道）、粘膜、吸入、呼吸、鼻内、插管、肺内、肺内滴注、口腔、舌下、血管内、鞘内、腔内、离子电渗、眼内、眼、光学、内腺内、内脏器内或淋巴内。[0128]剂量可以基于当前现有的方案、根据经验确定、使用动物疾病模型或任选地在人类临床试验中。最初的研究剂量可以基于动物研究，例如，小鼠，以及施用至被确定为有效的蛋白或肽的量，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。示例性的非限制性量剂量在约0.lmgkg至约100mgkg的范围内，以及任何值或范围或在这样的范围内的值。可以施用更多或更少的量剂量），例如0.01-500mgkg，以及任何值或范围或在这样的范围内的值。剂量可以根据受试者的体重进行调整，一般在约l-10ugkg、10-25ugkg、25-50ugkg、50_100ugkg、100_500ugkg、500-1000ugkg、l-5mgkg、5_10mgkg、10-20mgkg、20-50mgkg、50-100mgkg、100_250mgkg、250-500mgkg或更多，每天，每周，每月或每年2、3、4或更多次。典型的范围将为约0.3mgkg至约50mgkg、0-25mgkg或1.0-10mgkg，或者任何值或范围或在这样的范围内的值。[0129]剂量可以变化并取决于治疗是预防性还是治疗性的，受试者以前是否具有不良的心血管事件或心血管疾病，症状、病症、病变或并发症的发作、进展、严重程度、频率、持续时间、概率或易感性，接种方案和组合物，期望的临床终点，先前或同时治疗的发生，受试者的一般健康状况、年龄、性别、种族或免疫能力以及本领域技术人员将理解的其他因素。本领域技术人员将认识到可能影响提供足以提供治疗或预防益处的量所需的剂量和时间的因素。[0130]根据受试者状态所指示的，剂量、次数、频率或持续时间可按比例增加或减少。例如，受试者先前是否有不良的心血管事件或心血管疾病，受试者是否仅有不良的心血管事件或心血管疾病、暴露或感染的风险，受试者先前是否已经针对不良的心血管事件或心血管疾病进行了疫苗接种。根据治疗或疗法的任何不良副作用、并发症或其他风险因素所指示的，剂量、次数、频率或持续时间可按比例增加或减少。[0131]在本发明的方法中，施用、治疗、免疫和疫苗接种的途径、剂量、次数和频率以及在治疗、免疫和疫苗接种以及疾病发展之间的时间间隔可以改变。在某些实施方式中，本发明期望的疫苗将引起针对不良的心血管事件或心血管疾病的稳健的长效免疫。因此，在某些实施方式中，本发明的方法、用途和组合物提供对不良的心血管事件或心血管疾病如动脉粥样硬化的长期免疫力。[0132]在本发明的某些实施方式中，蛋白或肽可作为药物组合物提供，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。[0133]如本文所用的术语“药学上可接受的”和“生理学上可接受的”意指生物学上可接受的制剂、气体、液体或固体或其混合物，其适于一种或更多种施用、体内递送或接触途径。这样的制剂包括与药物施用或体内接触或递送相容的溶剂水性或非水性的）、溶液水性或非水性的）、乳剂例如，水包油或油包水）、混悬液、糖浆、酏剂、分散体和混悬介质、包衣剂、等渗剂和吸收促进或延迟剂。水性和非水性溶剂、溶液和混悬液可包括混悬剂和增稠剂。这样的药学上可接受的载体包括片剂包衣的或未包衣的）、胶囊硬或软的）、微珠、粉末、颗粒和晶体。补充的活性化合物例如，防腐剂、抗菌剂、抗病毒剂和抗真菌剂也可以掺入到组合物中。[0134]药物组合物可配制成与如本文所述或本领域技术人员已知的特定施用或递送途径相容。因此，药物组合物包括适用于通过多种途径施用的载体、稀释剂或赋形剂。可任选配制组合物的示例性接触或体内递送途径包括吸入、呼吸、鼻内、插管、肺内滴注、口服、口腔内、肺内、真皮内、局部、皮肤、肠胃外、舌下、皮下、血管内、鞘内、关节内、腔内、经皮、离子电渗疗法、眼内、眼、光学、静脉内（iv、肌内、内腺内、内脏器内或淋巴内。[0135]适用于肠胃外施用的制剂包括活性化合物的水性和非水性溶液、混悬液或乳液，其制剂通常是无菌的并且可以是与预期接受者的血液等渗的。非限制性说明性示例包括水、盐水、葡萄糖、果糖、乙醇、动物油、植物油或合成油。[0136]为了增加疫苗接种，可以将蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成偶联至另一种蛋白，如卵白蛋白或匙孔血蓝蛋白（KLH，甲状腺球蛋白或毒素，如破伤风或霍乱毒素。本发明的蛋白或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物也可以与佐剂混合。如本文所证明的，在某些实施方式中，与本发明的蛋白或肽混合的佐剂的形式可以改变蛋白或肽是否在受试者中引起致动脉粥样硬化或保护性反应。[0137]佐剂包括例如：油（矿物或有机乳液佐剂，如弗氏完全佐剂CFA和不完全佐剂IFATO9517210;TO9856414;TO9912565;TO9911241;和美国专利号5，422，109;金属和金属盐，如铝和铝盐，如磷酸铝或氢氧化铝，明矾水合硫酸铝钾）；例如单磷酰脂质A及其衍生物之类的细菌衍生的化合物（例如3脱-0-酰化单磷酰脂质A，又名3D-MPL或d3-MPL，以指示还原性末端葡糖胺的3位被脱-0-酰化，3D-MPL由三和四酰基同源物组成和肠细菌脂多糖LPS;植物来源的阜苷及其衍生物，例如QuilA从QuilajaSaponariaMolina树中分离的，参见例如“Saponinadjuvants”，Archiv·furdiegesamteVirusforschung,Vol·44，SpringerVerlag，Berlin，p243-254;美国专利号5，057，540，和保留佐剂活性而没有相关毒性的QuilA片段，例如如WO9633739中所述的QS7和QS21也称为QA7和QA21;表面活性剂，如大豆卵磷脂和油酸;脱水山梨糖醇酯，如脱水山梨糖醇三油酸酯；和聚乙烯吡咯烷酮;寡核苷酸，如0口6¥09602555和冊98162474〇17413^和口〇17413〇1];嵌段共聚物;和免疫刺激性细胞因子，如GM-CSF和IL-I以及胞壁酰三肽MTP。佐剂的其它示例例如在以下文献中描述：“VaccineDesign--thesubunitandadjuvantapproach”（由Powell，M.F·和Newman,M.J.编辑；1995，PharmaceuticalBiotechnologyPlenumPress,NewYorkandLondon，ISBN0-306-44867-XPowell，M.F.和NewmanM的名称为“Compendiumofvaccineadjuvantsandexcipients’’。[0138]可以将盐添加到本发明的组合物中，所述组合物包含蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）、组合物或制剂。盐的非限制性示例包括乙酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、酒石酸盐、溴化物、碳酸盐、氯化物、梓檬酸盐、依地酸盐edetate、乙二磺酸盐、依托酸盐estolate、富马酸盐、葡庚糖酸盐、葡糖酸盐、氢溴酸盐、盐酸盐、碘化物、乳酸盐、乳糖酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、甲基溴化物、甲基硫酸盐、粘酸盐、萘磺酸盐、硝酸盐、双羟萘酸盐双羟萘酸盐、磷酸盐、二磷酸盐、水杨酸盐和二水杨酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、三乙基碘化物、戊酸盐valerate、错、节星benzathine丐、乙二胺、赖氨酸、镁、泛影葡胺megluminie、钾、普鲁卡因、钠、氨基丁三醇（tromethyamine或锌。[0139]可将螯合剂加入到本发明的组合物中，所述组合物包含蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）、组合物或制剂。螯合剂的非限制性示例包括乙二胺、乙二醇四乙酸、1，2_双（邻-氨基苯氧基）乙烧-N，N，N’，N’_四乙酸、青霉胺、地拉罗司（Deferasirox、去铁酮Deferiprone、去铁胺Deferoxamine、铁II，III六氰基铁酸盐II，III、⑻-5-I，2-二硫戊环-3-基戊酸、2,3_二巯基-1，2-丙烷磺酸、二巯基丁二酸或二亚乙基三胺五乙酸。[0140]可将缓冲剂加入到本发明的组合物中，所述组合物包含蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）、组合物或制剂。缓冲剂的非限制性示例包括磷酸盐、柠檬酸盐、乙酸盐、硼酸盐、TAPS、N-二轻乙基甘氨酸、三羟甲基氨基甲烷tris、N-三羟甲基）甲基甘氨酸（tricine、TAPS0、HEPES、TES、MOPS、PIPES、二甲胂酸盐、SSC、MES或琥珀酸。[0141]可将共溶剂加入到本发明的组合物中，所述组合物包含蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）、组合物或制剂。助溶剂的非限制性示例包含羟基或其它极性基团，例如醇类，如异丙醇;二醇，如丙二醇、聚乙二醇、聚丙二醇、乙二醇醚;甘油;聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。助溶剂的非限制性示例包含羟基或其它极性基团，例如醇类，如异丙醇;二醇，如丙二醇，聚乙二醇、聚丙二醇、乙二醇醚;甘油;聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。[0142]补充活性化合物例如，防腐剂，抗氧化剂，包括杀虫剂和生物抑制剂的抗微生物剂，诸如抗细菌剂、抗病毒剂和抗真菌剂也可掺入组合物中。因此药物组合物可包括防腐剂、抗氧化剂和抗微生物剂。[0143]防腐剂可用来抑制微生物生长或增加成分的稳定性，由此延长药物制剂的保存期。合适的防腐剂在本领域是已知的，并且包括例如EDTA、EGTA、苯扎氯铵或苯甲酸或苯甲酸盐，诸如苯甲酸钠。抗氧化剂包括例如，抗坏血酸、维生素A、维生素E、生育酚和相似的维生素或维生素原。[0144]抗微生物剂或化合物直接或间接抑制、减弱、延迟、暂停、消除、抑止、遏制或防止病原或非病原微生物有机体的污染或其生长、感染性、复制、增殖、繁殖。抗微生物剂的类别包括抗细菌剂、抗病毒剂、抗真菌剂和抗寄生虫剂。抗微生物剂包括杀死或破坏_杀菌或抑制_抑菌微生物有机体的污染或其生长、感染性、复制、增殖、繁殖的剂和化合物。[0145]示例性抗菌剂抗生素包括青霉素例如，青霉素G、氨苄西林、甲氧西林、苯唑西林和阿莫西林）、头孢菌素例如，头孢羟氨苄、头孢雷特、头孢噻肟和头孢曲松）、四环素例如，多西环素、氯四环素、米诺环素和四环素）、氨基糖苷类例如，阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、链霉素、奈替米星、巴龙霉素和妥布霉素）、大环内酯类例如，阿奇霉素、克拉霉素和红霉素）、氟喹诺酮例如，环丙沙星、洛美沙星和诺氟沙星），和其他抗生素，包括氯霉素、克林霉素、环丝氨酸、异烟肼、利福平、万古霉素、氨曲南、克拉维酸、亚胺培南、多粘菌素、杆菌肽、两性霉素和制霉菌素。[0146]抗病毒剂的特定非限制性类别包括反转录酶抑制剂;蛋白酶抑制剂;胸苷激酶抑制剂;糖或糖蛋白合成抑制剂;结构蛋白合成抑制剂;核苷类似物;和病毒成熟抑制剂。抗病毒剂的具体非限制性实例包括奈韦拉平、地拉韦啶、依非韦伦、沙奎那韦、利托那韦、茚地那韦、那非那韦、安普那韦、齐多夫定AZT、司他夫定d4T、拉米夫定3TC、地达诺新DDI、扎西他滨ddC、阿巴卡韦、阿昔洛韦、喷昔洛韦、利巴韦林ribavirin、伐昔洛韦、更昔洛韦、1，-D_呋喃核糖基-1，2,4-三唑-3-甲酰胺、9-2_羟基-乙氧基甲基鸟嘌呤、金刚烷胺、5-碘代-2-脱氧尿苷、三氟胸苷、干扰素和阿糖腺苷。[0147]适合用于本发明的组合物和方法的药物制剂和递送系统在本领域是已知的（参见，例如，Remington:TheScienceandPracticeofPharmacy200320thed.,MackPublishingCo·,Easton,PA;Remington’sPharmaceuticalSciences199018thed.,MackPublishingCo.,Easton,PA；TheMerckIndex199612thed.,MerckPublishingGroup,Whitehouse，NJ;PharmaceuticalPrinciplesofSolidDosageForms1993,TechnonicPublishingCo.,Inc.,Lancaster,Pa.；AnseladSoklosa,PharmaceuticalCalculations200111thed.,LippincottWilliamsWilkins,Baltimore,MD;和Poznanskyetal.,DrugDeliverySystems1980,R.L.Juliano,ed.,Oxford,N.Y.,pp·253-315〇[0148]蛋白或肽所述蛋白或肽包含如在表I中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成）以及任何佐剂、复合药物、组合物无论是活性还是非活性的等可以单位剂量形式胶囊、片剂、锭剂、扁囊剂、锭剂包装以便易于施用和剂量的一致性。如本文使用的“单位剂量形式”指适合作为单位剂量用于待治疗的受试者的物理上离散的单位；当以一次或多次剂量施用时，计算含有任选地与药物载体赋形剂、稀释剂、媒介物或填充剂缔合的预定量化合物的每个单位以便产生需要的效果例如，预防性或者治疗性效果）。单位剂量形式还包括例如安瓿和小瓶，其可包括例如处于冷冻干燥或冻干状态的组合物;无菌液体载体，可在体内施用或递送前加入。单位剂量形式另外包括例如，具有置于其中的液体组合物的安瓿和小瓶。单个单位剂量形式可包含于多剂量试剂盒或容器中。药物制剂可以单个或多个单位剂量形式包装以便易于施用和剂量的一致性。[0149]除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与如本发明所属领域的普通技术人员的通常理解相同的含义。尽管与本文描述的方法和材料相似或等同的方法和材料可用于实践或测试本发明，但合适的方法和材料描述于本文。[0150]本文引用的所有申请、出版物、专利和其他参考文献、GenBank引用物和ATCC引用物通过引用整体并入。在冲突的情况中，以本说明书包括定义为准。[0151]如本文所使用的，单数形式“一a”、“一个an”和“所述the”包括多种指示物，除非上下文清楚地另外指明。因此，例如，提及“蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成，”或“不良的心血管事件或心血管疾病”包括多种蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成，或者多种不良的心血管事件或心血管疾病，并且提及“活性或功能”可以包括提及“蛋白或肽的一种或多种活性或功能，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成”，包括作为T细胞表位的功能；引发、刺激、诱导、促进、增加或增强免疫或炎症应答；弓丨发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答;减少、减轻、抑制、遏制或破坏免疫或炎症应答；引发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗免疫或抗炎应答等等。[0152]如本文所使用的，数值在整个本文件中通常以范围形式呈现。范围形式的使用仅仅是为了方便和简洁，并且不应该被解释为对本发明的范围的不灵活的限制。因此，范围的使用明确地包括所有可能的子范围，在该范围内的所有单个数值以及所有数值或数值范围包括这样的范围内的整数和范围内的值或整数，除非上下文另外明确指出。无论该范围的宽度和整个本专利文件中的所有情况如何，该结构都适用。因此，举例而言，提及的范围90-100%包括91-99%、92-98%、93-95%、91-98%、91-97%、91-96%、91-95%、91-94%、91_93%等等。提及的范围90-100%包括91%、92%、93%、94%、95%、95%、97%等、以及91.1%、91.2%、91.3%、91.4%、91.5%等、92.1%、92.2%、92.3%、92.4%、92.5%等、等等。因此提及的范围1-5倍包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20倍等，以及1.1、1.2、1.3、1.4、1.5倍等，2.1、2.2、2.3、2.4、2.5倍等，等等。此外，例如，提及的一系列范围2-72小时、2-48小时、4-24小时、4-18小时和6-12小时包括范围2-6小时、2-12小时、2-18小时、2-24小时等，以及4-27小时、4-48小时、4-6小时等。[0153]也如本文所使用的，在整个本文件中使用一系列范围形式。一系列范围的使用包括上限和下限范围的组合以提供范围。因此，一系列范围包括组合系列内不同范围的边界的值的范围。无论该范围的宽度和本专利文件中的所有情况如何，该结构都适用。因此，例如，参考的一系列范围如5-10、10-20、20-30、30-40、40-50、50-75、75-100、100-150和150-l71包括如5-20、5-30、5-40、5-50、5-75、5-100、5-150、5-171和10-30、10-40、10-50、10-75、10-100、10-150、10-171和20-40、20-50、20-75、20-100、20-150、20-171等等。[0154]在此通常使用肯定语言来公开本发明以描述多个实施方式和方面。本发明还具体包括其中特定主题全部或部分地被排除的实施方式，例如物质或材料、方法步骤和条件、协议、程序、测定或分析。因此，即使本发明一般在本文中没有明确表达关于什么没有被包括在内，但是明确排除组合物或方法步骤的实施方式和方面仍然被公开并且被包括在本发明中。[0155]已经描述了本发明的多个实施方式。然而，应该理解，在不脱离本发明的精神和范围的情况下可以进行各种修改。因此，以下实施例旨在说明而不是限制权利要求书中描述的发明的范围。实施例实施例1:可用于预防和治疗人的动脉粥样硬化的肽[0156]与MHC-II结合的肽需要某些位置的锚定残基，因此可以用计算机算法预测。亲和力可以使用竞争测定法⑴通过实验测量。两者都是优秀的筛选工具。然而，对于每个MHC-II等位基因，亲和力必须分别测量。人类表达在四种不同的MHC-II基因座（命名为!11^-DRBl，DRB345，DP和D©中编码的分子。等位基因变异大，大多数人在每个基因座都是杂合的，因此表达多达8个相关的MHC-II等位基因。CD4T细胞应答严格要求抗原肽与有关的MHC-II结合。[0157]为了鉴定可能用于人类患者的肽，通过竞争测定法筛选了30种肽用于与26种HLA等位基因结合。在基于⑷中描述的计算机算法预测结合的30种肽中，发现在IOnM或更好地结合HLA等位基因的肽见下表1-4。表1:与HLAII类等位基因结合的ΑροΒΙΟΟ肽SEQIDΝο:2-31表I续）（SEQIDNos:32-34表2:与HLA-DP等位基因结合的ΑροΒΙΟΟ肽表3:与HLA-DQ等位基因结合的ΑροΒΙΟΟ肽表4:与HLA-DR等位基因结合的ΑροΒΙΟΟ肽表4续）[0158]尽管所有这些肽都可以用于开发针对人的动脉粥样硬化的疫苗，但是它们的体内效力不能在动物模型中容易地测试。然而，发现了两种可在HLA-DRB1*01:01转基因小鼠中测试的肽，因为它们的序列在人和小鼠Ap0BlOO中是相同的。这两种肽是真正的自身抗原，因为它们的序列与小鼠Ap0BlOO同源。这消除了制造对于人Ap0BlOO是转基因的小鼠的需要，其将不得不充分表征动脉粥样硬化。这两种肽是具有序列GKIDFLNNYALFLSP0.81nM对HLA-DRB1*01:01的亲和力）（SEQIDΝ0·:6的3563.0019和具有序列SLFFSAQPFEITAST对HLA-DRB1*01:01的8·4ηΜ亲和力）（SEQIDNO.:9的3563.0018。[0159]对于人Ap0BlOO以及对于至少一种人MHCII类等位基因，动脉粥样硬化易感小鼠例如Apoe--或Ldlr--将被制成转基因的。这样的小鼠对于测试结合该特定人MHCII类等位基因的肽是有用的。我们有可用的表达人HLA-DRB1*01:01的转基因小鼠（2。这是人MHC-II的更常见的等位基因之一。HLA-DRB1*01:01在普通人群的约5-10%中表达（3。SLFFSAQPFEITASTSEQIDNO.:9是特别有用的，因为它是序列相同的并且结合小鼠MHC-III-Ab。[0160]接种方案可首先包括肽加完全弗氏佐剂CFA，然后是不完全弗氏佐剂（IFA中的肽以用于加强免疫，其中将50yg的每种肽（用PBS稀释在等体积的CFABDDifCo，Sparks，MD，USA中乳化，并注射到8周龄的Apoe--小鼠的皮下腹股沟区域。在12周龄、16周龄、20周龄和22周龄时，腹膜内施用具有在正4出001〇,5?48，1«，1^4中乳化的25以8的每种肽的重复促进剂。参考文献I.OseroffjC.,J.Sidney,R.VitajV.TripplejD.M.McKinney,S.Southwood,T.M.Brodie,F.SallustojH-GreyjR-AlamjD-BroidejJ-A-GreenbaumjR-KollajB-PetersjandA.Sette.2012.Tcellresponsestoknownallergenproteinsaredifferentlypolarizedandaccountforavariablefractionoftotalresponsetoallergenextracts.JImmunol·189:1800-1811·2.Wilkinson,R.J.,K.A.Wilkinson,S.Jurcevic,A.Hills,S.Sinha,U.Sengupta,D.N.Lockwood,K.Katoch,D.Altman,andJ.Ivanyi.1999.Specificityandfunctionofimmunogenicpeptidesfromthe35-kilodaltonproteinofMycobacteriumleprae.Infect.Tmmun.67:1501-1504.3.Middleton,D.,L.Menchaca,H.Rood,andR.Komerofsky.2003.Newallelefrequencydatabase:http:www.allelefrequencies.net.TissueAntigens.61:403-407.4.Greenbaum,J.,J.Sidney,J.Chung,C.Brander,B.Peters,andA.Sette.2011.FunctionalclassificationofclassIIhumanleukocyteantigenHLAmoleculesrevealssevendifferentsupertypesandasurprisingdegreeofrepertoiresharingacrosssupertypes.Immunogenetics.63:325-335.例2:P9[0161]之前已经研究了动脉粥样硬化患者中的CD4T细胞。由人动脉粥样硬化斑块制成的T细胞克隆对使用oxLDL1的再刺激作出反应，但抗原肽未被鉴定，除了注意到大多数克隆产生IFN-γ外，没有分析⑶4T细胞表型，因此与这种发现的疾病相关性仍不清楚。ApoB特异性CD4T细胞群通过四聚体染色和来自具有和没有临床前心血管疾病的受试者的PBMC中⑶4+T细胞的分选来鉴定。[0162]筛选约600个来源于人ApoB的肽（15-mers并测试其与最常见的MHC-II等位基因的结合。由于CD4T细胞是严格受MHC-II限制的，所以必须知道哪些肽与MHC-II结合。由于人MHC-II具有3至5个基因座和数百个等位基因，因此我们测试了哪些肽与哪些等位基因结合。与只表达一个等位基因的称为I-Ab的C57BL6小鼠不同，每个人在DR、DQ和DP基因座表达至少6个等位基因。有些人也可以表达DRB3和DRBLDR由单形α链DRA和多形β链DRBl、DRB3和DRB4组成，在不同种族间分布不同。DRUDQ和DP都是高度多态的。对结合28种常见表达的等位基因进行测试：7种DP等位基因（DPB1*01:01、DPB1*02:01、DPB1*03:01、DPB1*04:01、DPB1*04:02、DPB1*05:01、DPB1*14:01、6种DQ等位基因（DQB1*02:01、DQB1*03:01、DQB1*03:02、DQB1*0402、DQB1*05:01、DQB1*06:02和15DR等位基因、它们中的11种DRBl等位基因（DRB1*01:01、DRB1*03:01、DRB1*04:01、DRB1*04:05、DRB1*07:01、DRB1*08:02、DRB1*09:01、DRB1*1101、DRB1*12:01、DRB1*13:02、DRB1*15:01以及剩余的4种DRB3、4和5DRB3*01:01、DRB3*02:02、DRB4*01:01、DRB5*01:01。这些等位基因覆盖了大约95%的所有人类。鉴定了30种人类ApoB肽，其以ΙμΜ或更好的亲和力广泛结合许多等位基因）。鉴定了30种人类ApoB肽，其以ΙμΜ或更好的亲和力广泛结合许多等位基因）。由每个ApoB肽结合的等位基因的分布范围是从4至27。由每个肽结合的DR、DQ、DR和DRl等位基因数示于表5中作为“总数”列出。这些是与动脉粥样硬化相关的所有候选自身抗原。[0163]产生并测试装载有称为P9的人ApoB肽的人ApoB-DRBl*0101四聚体（简称P9四聚体）A9四聚体用PE标记，在有和无CVD的女性间HIV研究WIHS的研究中获得的冷冻人类PBMC上进行测试。平均细胞活力超过95%。图3显示了PBMC中P9四聚体+CD4T细胞的门控策略。在患有心血管疾病的受试者中，PBMC中所有CD4+T细胞的0.42%被发现结合P9四聚体图4。使用错配的（不表达DRB1*0101供体作为阴性对照，少数细胞结合四聚体。作为第二对照，使用健康的DRB1*0101+供体，并且发现少于0.1%的P9四聚体+细胞（图5。通过反向门控，几乎80%的P9四聚体+细胞确实是CD4T细胞图6。[0164]这些数据清楚地表明ApoB肽特异性⑶4T细胞可以由来自亚临床心血管疾病在这种情况下，由颈动脉頂T鉴定患者的冷冻PBMC中的四聚体鉴定。使用这种技术，细胞对于表面标记、转录因子和细胞因子可以是表型化的。在初步数据中，观察到P9-四聚体+CD4T细胞中CD69、0X40和Η-1的富集（图7。《40和Η-1是耗竭的标记。这些数据支持CD4T细胞耗竭可能存在于患有动脉粥样硬化的人中的假设。因此，P9四聚体可以用作生物标志物来评估在人体中的ApoB特异性⑶4T细胞的表型FACS，CYTOF，RNA-Seq，并作为评估P9疫苗接种成功的生物标记物。[0165]用于人六?〇8特异性041'细胞的四聚体允许评估活化扣045如，0440621^、极化1'吒6七，6七3,8。16，1?01?丫1卩《?3、耗竭（^40，1〇51，：1'1^4和130-1、增殖（1卜67和凋亡膜联蛋白-V和活性胱天蛋白酶）。可以使用基于激光的FACS和CYTOF。可以通过RNA-Seq分析P9四聚体+⑶4T细胞的转录组。参考资料例如2I.StemmeS,FaberBjHolmJ,Wiklund0,ffitztumJLandHanssonGK.Tlymphocytesfromhumanatheroscleroticplaquesrecognizeoxidizedlowdensitylipoprotein.ProcNatlAcadSciUSA.1995;92:3893-3897.2.LiJjMcArdleSjGholamiAjKimuraTjWolfDjGerhardtTjMillerJjWeberCandLeyK.CCR5+T-bet+FoxP3+EffectorCD4TCellsDriveAtherosclerosis.CircRes·2016·实施例3:肝保护性疫苗[0166]通过计算机预测筛选来自小鼠ApoBlOO的肽（15-mersLDL的核心蛋白）与I-Ab的结合，并通过放射性标记的肽竞争证实。在动脉粥样硬化模型（西方饮食中的ApoE--小鼠，图8中测试三种新的肽P101，FGKQGFFPDSVNKALY，亲和力5·5nM;P102，TLYALSHAVNSYi7DVD，亲和力6·8nM和P103，LYYKEDKTSLSASAAS，亲和力95nM。用CFA和4XIFA中的三种肽中的每一种但不用单独的佐剂或不相关的肽（卵清蛋白、序列、亲和力进行的免疫通过连续切片在主动脉根部中显示动脉粥样硬化斑块减少，以及通过面染色enfacestaining在整个主动脉中显示动脉粥样硬化斑块减少。在体重、HDL或LDL胆固醇或甘油三酯方面没有差异。流式细胞术显示肽免疫诱导10-15%的腹膜⑶4T细胞中的IL-IO，其中一些也表达CCR5。用Ap0BlOO肽进行疫苗接种扩大了腹膜FoxP3+调节性⑶4T细胞，使CCR5+FoxP3+细胞数量增大了三倍以上。在引流腹腔的纵隔淋巴结中也显示类似趋势，但在腹股沟淋巴结中不显示类似趋势。总之，用MHC-II限制的自体ApoBlOO肽进行接种可诱导Tregs和IL-10,从而导致针对动脉粥样硬化的保护。[0167]西方饮食中的ApoE--小鼠发生肝脏增生，其与包括ALT在内的肝酶升高有关。如本文所公开的，使用ApoBlOO肽的接种将ALT降低至对照水平，表明其预防或逆转与西方饮食有关的肝脏脂肪变性。这意味着即使在没有动脉粥样硬化的受试者中接种ApoBlOO肽也是有益的。

权利要求：1.一种蛋白或肽，其包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。2.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽修饰免疫或炎症应答。3.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽修饰T细胞应答。4.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽诱导、促进、增加或增强T细胞应答。5.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽引发、刺激、诱导、促进、增加或增强T细胞应答。6.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽减少、减轻、抑制、遏制或破坏免疫或炎症应答。7.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽引发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗免疫或抗炎应答。8.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽具有预防或治疗不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的活性或功能。9.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽具有预防或治疗动脉粥样硬化的活性或功能。10.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽具有约为10-15、15-20、20-25、25-30、30-40、40-50、50-75或75-100个氨基酸的长度。11.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述肽列于表1中。12.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述肽包含SLFFSAQPFEITASTpl8。13.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其中所述肽包含IKHIYAISSAALSASp9。14.根据权利要求1所述的蛋白或肽，其还包含异源结构域。15.根据权利要求1-14所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽具有与野生型全长apoBlOO不同的功能或活性。16.根据权利要求15所述的蛋白或肽，其中所述功能或活性包括保护以防动脉粥样硬化或降低动脉粥样硬化的风险，保护以防肝脏疾病、紊乱或损伤。17.根据权利要求15所述的蛋白或肽，其中所述功能或活性包括保护以防不良的心血管事件或心血管疾病或降低受试者发生不良的心血管事件或心血管疾病的风险。18.根据权利要求1至17中任一项所述的蛋白或肽，其中所述蛋白或肽是分离或纯化的。19.一种核酸，其编码根据权利要求1至18中任一项所述的蛋白或肽。20.—种细胞，其表达根据权利要求1至18中任一项所述的蛋白或肽。21.根据权利要求20所述的细胞，其中所述细胞是真核或原核细胞。22.根据权利要求20所述的细胞，其中所述细胞是哺乳动物、昆虫、真菌或细菌细胞。23.根据权利要求20所述的细胞，其中所述细胞是树突细胞。24.—种组合物，其包含权利要求1至17中任一项所述的蛋白或肽。25.—种药物组合物，其包含权利要求1至18中任一项所述的蛋白或肽和药学上可接受的载体或赋形剂。26.根据权利要求24或25的组合物，其还包含佐剂。27.根据权利要求24至25中任一项所述的组合物，其还包含他汀。28.根据权利要求24至27中任一项所述的组合物，其中所述组合物是固体或液体。29.根据权利要求24至28中任一项所述的组合物，其中所述组合物是微粒或纳米粒子。30.根据权利要求24至29中任一项所述的组合物，其中所述组合物是疫苗。31.根据权利要求24至30中任一项所述的组合物，其中所述组合物是无菌的。32.根据权利要求24至31中任一项所述的组合物，其中所述组合物进一步包含盐、螯合剂、缓冲剂或抗微生物剂。33.—种针对不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤给受试者进行疫苗接种的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以针对所述不良的心血管事件或心血管疾病给所述受试者进行疫苗接种的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。34.—种针对不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤给受试者提供保护的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以针对所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤给所述受试者提供保护的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。35.—种降低受试者的不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的风险的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以降低所述受试者的所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的风险的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。36.根据权利要求33至35中任一项所述的方法，其中所述方法包括针对所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的预防性疫苗接种、保护或风险降低。37.根据权利要求33至35中任一项所述的方法，其中所述方法包括针对所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的不良症状给所述受试者进行疫苗接种、保护所述受试者或降低所述受试者的风险。38.根据权利要求33至35中任一项所述的方法，其中所述方法包括针对动脉粥样硬化给所述受试者进行疫苗接种、保护所述受试者或降低所述受试者的风险。39.—种治疗受试者的不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的方法，所述方法包括向所述受试者施用数量足以治疗所述受试者的所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的蛋白或肽，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。40.根据权利要求39所述的方法，其中，所述不良的心血管事件或心血管疾病包括冠状动脉疾病、外周动脉疾病、脑血管疾病、肾动脉疾病、中风、心肌梗死心脏发作）、缺血性心脏衰竭、短暂性缺血发作或脑创伤。41.根据权利要求39所述的方法，其中所述方法减轻所述不良的心血管事件或心血管疾病或肝脏疾病、紊乱或损伤的不良症状。42.根据权利要求39至41中任一项所述的方法，其中所述方法包括治疗动脉粥样硬化。43.根据权利要求39至42中任一项所述的方法，其中所述方法包括诱导斑块消退。44.根据权利要求33至43中任一项所述的方法，其还包括施用他汀。45.根据权利要求33至44中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。46.根据权利要求33至45中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。47.根据权利要求33至46中任一项所述的方法，其中所述肽包含SLFFSAQPFEITASTpl8〇48.根据权利要求33至46中任一项所述的方法，其中所述肽包含IKHIYAISSAALSAS。49.一种确定受试者是否患有不良的心血管事件或心血管疾病、是否已经患有所述不良的心血管事件或心血管疾病、是否处于患有所述不良的心血管事件或心血管疾病的风险中或是否需要治疗所述不良的心血管事件或心血管疾病的方法，所述方法包括：使受试者的生物样品与包含蛋白或肽的剂接触，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成，以及检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合，其中检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合指示所述受试者是否患有不良的心血管事件或心血管疾病、是否已经患有所述不良的心血管事件或心血管疾病、是否处于患有所述不良的心血管事件或心血管疾病的风险中或是否需要治疗所述不良的心血管事件或心血管疾病。50.—种确定根据权利要求33至47中任一项所述的方法的功效的方法，所述方法包括：a在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前使所述受试者的生物样品与包含蛋白或肽的剂接触，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成；b检测所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合；c执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法；d在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后，使所述受试者的生物样品与所述剂接触；e在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后，检测所述受试者的所述生物样品中的免疫细胞与所述剂的结合;以及f比较在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后免疫细胞与所述剂结合的量与在根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前免疫细胞与所述剂结合的量，其中当与在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之前所述受试者的生物样品比较时，在执行根据权利要求33至47中任一项所述的方法之后免疫细胞与所述剂结合的增加指示根据权利要求33至47中任一项所述的方法有功效。51.根据权利要求49或50所述的方法，其中所述剂是包含蛋白或肽和合适的MHC-II分子的多聚体，所述蛋白或肽包含如在表1中列出的肽中的任一种所示出的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，由或基本上由所述氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物组成。52.根据权利要求51的方法，其中所述多聚体包含MHC-II分子，所述MHC-II分子是DRB1*01:01、DRB1*01:02、DRB1*03:01、DRB1*04:01、DRB1*04:02、DRB1*04:03、DRB1*04:04、DRB1*04:05、DRB1*07:01、DRB1*09:01、DRB1*10:01、DRB1*11:01、DRB1*11:04、DRB1*12:01、DRB1*13:01、DRB1*13:02、DRB1*14:01、DRB1*15:01、DRB3*01:01、DRB3*02:02、DRB4*01:01、DRB5*01:Ol、DPB1*04:Ol、DPB1*05:Ol、或DQB1*06:02。53.根据权利要求51或权利要求52所述的方法，其中所述多聚体是四聚体。54.根据权利要求49至53中任一项所述的方法，其中所述剂包含蛋白或肽，所述蛋白或肽包含IKHIYAISSAALSAS、由或基本由IKHIYAISSAALSAS组成。55.根据权利要求54所述的方法，其中所述剂包含MHC-II分子，所述MHC-II分子是DPB1*02:01、DPB1*03:01、DPB1*04:02、DPB1*14:01、DQB1*02:01、DQB1*03:01、DQB1*06:02、DRB1*01:01、DRB1*04:01、DRB1*04:05、DRB1*07:01、DRB1*08:02、DRB1*09:01、DRB1*1101、01^1*12:01、01^1*13:02、01^1*15:01、01^3*01:01、01^3*02:02、01^4*01:01或01^5*01:01〇56.根据权利要求49至55中任一项所述的方法，其中所述方法包括检测所述生物样品中的免疫细胞活性。57.根据权利要求56所述的方法，其中所述方法包括检测所述生物样品中免疫细胞活化、免疫细胞耗竭、免疫细胞极化或免疫细胞凋亡的量。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述方法包括检测所述生物样品中T细胞活化、T细胞耗竭、T细胞极化或T细胞凋亡的量。

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