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摘要：本发明涉及计算机辅助药物研发和生物工程技术领域，具体涉及一种自动构建DFA图用于核酸序列设计的方法，包括步骤A.读取给定物种的密码子表，以获得每一种氨基酸的密码子序列；步骤B.构建初始的氨基酸残基的DFA子图；步骤C.将初始的氨基酸残基的DFA子图进行连接，形成RNA或DNA的DFA图；步骤D.将RNA或DNA的DFA图进行压缩优化，合并删除冗余的边和顶点，使得该DFA图具有最少的顶点和边；步骤C和步骤D的操作顺序可以互换。该方法可以支持任意长度的序列和任意合法的密码子表，从而将用于药物和蛋白表达系统的核酸序列设计方法拓展并应用到不同生物和蛋白表达系统，避免了设计过程中冗余的计算量，为核酸序列设计提供了计算时间上有效和优化的解决手段。
主权项：1.一种自动构建DFA图用于核酸序列设计的方法，其特征在于：包括以下步骤：步骤A、读取给定物种的密码子表，以获得每一种氨基酸的包括终止密码子的所有可选的密码子序列；步骤B、构建初始的氨基酸残基的DFA子图，该过程是将密码子序列转换为多个线性DFA子图并进行并联；步骤C、将步骤B得到的初始的氨基酸残基的DFA子图进行连接，形成RNA或DNA的DFA图；步骤D、再步骤C所得到的RNA或DNA的DFA图进行压缩优化，合并删除冗余的边和顶点，使得该DFA图具有最少的顶点和边；其中，步骤C和步骤D的操作顺序可以互换，即先将步骤B得到的初始的氨基酸残基的DFA子图进行压缩优化，然后再将压缩优化后的DFA子图进行连接，形成RNA或DNA的DFA图。
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百度查询： 唯信知药(上海)科技有限公司 一种自动构建DFA图用于核酸序列设计的方法
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