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申请/专利权人：香港中文大学(深圳);香港中文大学(深圳)福田生物医药创新研发中心
摘要：本发明提出了一种激动剂分子对GPCR激活能力的预测方法及其系统，方法包括：利用全局分子对接盲猜配体分别与激活态受体结构、非激活态受体结构结合而成的复合物结构；基于增强采样算法提取可使非激活态复合物结构激活为激活态复合物结构的初始路径；运用自动路径优化算法寻找距离初始路径最近的最小自由能路径；使用伞形采样计算沿最小自由能路径的自由能分布曲线，确定能垒高度以及激活前后自由能差，以此判断该配体结构对GPCR的激活能力。本发明的方案在假设配体结构未知的前提下，于预测全流程中未输入信息，预测的通用性强，高效揭示候选激动剂对GPCR的激活机制及激活能力。
主权项：1.一种激动剂分子对GPCR激活能力的预测方法，其特征在于，包括：由激动剂获取初始的配体结构，获取给定GPCR的非激活态受体结构和激活态受体结构，判断该配体结构与GPCR结合的复合物结构是否已知；若未知，则利用全局分子对接技术，盲猜该配体结构分别与激活态受体结构、非激活态受体结构结合而成的激活态复合物结构、非激活态复合物结构，并进行局部结构优化；基于预设增强采样算法提取可使局部结构优化后的非激活态复合物结构激活为局部结构优化后的激活态复合物结构的路径，得到激活过程的初始路径；运用预设自动路径优化算法寻找距离所述初始路径最近的最小自由能路径；使用伞形采样计算沿最小自由能路径的自由能分布曲线，通过所述自由能分布曲线确定能垒高度以及激活前后自由能差，以此判断该配体结构对GPCR的激活能力。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 香港中文大学(深圳) 香港中文大学(深圳)福田生物医药创新研发中心 激动剂分子对GPCR激活能力的预测方法及其系统
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