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申请/专利权人：辽宁大学
摘要：本发明提供了一种将分子动力学模拟和实体实验相结合用于比较不同干燥环境下蛋白结构的差异的方法：1从蛋白质数据库中获取一种蛋白质的晶体构型，2选择合适的力场，建立盒子并添加溶剂，3在盒子中添加离子中和系统，进行能量最小化，4对体系依次进行NVT、NPT条件下的预平衡，5参数的设定及模拟的进行，6通过不同的软件对轨迹文件进行处理，再结合可视化软件得到蛋白结构的数据图像，7对不同干燥环境下的蛋白进行结构性质及理化性质的测定，8数据的收集及处理，9将模拟实验结果与实体实验结果进行比对分析。本发明通过上述方法，模拟结果接近于实验结果，更加深入探究了不同干燥环境对蛋白结构及理化性质的影响。
主权项：1.一种将分子动力学模拟和实体实验相结合用于比较不同干燥环境下蛋白结构的差异的方法，其特征在于，包括如下步骤：1从RSCBPDB蛋白质数据库PDBID：4TWM中获取蛋白质的晶体构型，并用pymol软件对其进行处理；2模拟过程选用OPLS-AA全原子力场，将步骤1所述的蛋白质置于周期性八面体盒子中，并向盒子中添加溶剂，得到一个带点体系；3在所创立的盒子中添加离子中和系统，在体系达到电中性后，采用最陡下降算法对系统进行8000步的能量最小化；远程相互作用使用粒子网格Ewald方法进行处理，范德华作用使用cut-off法来处理，并将距离截断值设置为使用V-rescale恒温器来控制系统温度，使用Berendsen恒压器控制压力；4对步骤3建立的体系依次进行NVT、NPT条件下的预平衡；5在预平衡结束后，使用GROMACS软件对不同干燥环境下进行参数的设定，随后进行模拟；6通过不同的软件对模拟之后得到的轨迹文件进行处理，再结合可视化软件得到有关蛋白结构的数据图像；7对不同干燥环境下所获取的蛋白进行结构性质及理化性质的测定；8数据的收集及处理；9将模拟实验结果与实体实验结果进行比对分析。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 辽宁大学 一种将分子动力学模拟和实体实验相结合用于比较不同干燥环境下蛋白结构的差异的方法
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