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申请/专利权人：河北医科大学

摘要：本发明涉及一种基于网络药理学及分子对接分析中药自拟经验方抗肺癌作用机制的方法，包括步骤：S1：化学成分的收集与整理；S2：潜在药物靶点的预测及成分‑靶点网络的构建；S3：肺癌相关靶点的筛选；S4：化合物‑肺癌交集靶点PPI网络构建；S5：KEGG通路富集分析和GO功能富集分析探索抗肺癌具体机制；S6：构建SSA治疗肺癌的主要通路‑靶点网络；S7：分子对接进一步对其机制进行探索；本发明方法简化了网络药理学的入学门槛；且本发明使用的方法为直接在各个数据库挖掘数据，便于更好的了解各个数据库的功能，且将网络药理学跟分子对接结合，使其内容更具有层次，准确分析了中药验方抗肺癌的作用机制。

主权项：1.一种基于网络药理学及分子对接分析中药自拟经验方抗肺癌作用机制的方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：化学成分的收集与整理在中药系统药理数据库与分析平台是独特的中草药系统药理平台，根据口服生物利用度OB≥30%，药物相似度DL≥0.18，筛选出半枝莲和龙葵中的有效成分；收集已报道的炒白术中具有抗肿瘤活性的化合物，采用ChemDraw19.0软件绘制其结构式，并保存为mol.2格式，将上述化合物导入SwissADME数据库，预测其吸收性质，并筛选出符合类药性五原则的化合物；S2：潜在药物靶点的预测及成分-靶点网络的构建将半枝莲、龙葵的中的有效成分通过TCMSP数据库收集其作用靶点，并通过Uniprot数据库，将预测的靶点蛋白名称校正为官方名称；将炒白术化学结构的mol.2格式导入PharmMapper数据库进行靶点预测，并根据NormFit值＞0.8筛选，得到炒白术靶点；使用Cytoscape3.9.1绘制SSA网络图，利用软件中的“网络分析”来计算度、中间度、紧密度、平均最短路径长度，评价网络的整体情况；S3：肺癌相关靶点的筛选在GeneCards数据库中以“lungcancer”为关键词，检索与肺癌相关靶点；将靶点导入Uniprot数据库，获得UniprotID；S4：中药自拟经验方-肺癌交集靶点PPI网络构建通过Venn绘图工具，将中药自拟经验方活性成分对应的靶点与疾病靶点相映射；SRTING数据库是一个可以获取蛋白质-蛋白质相互作用信息的交互式基因数据库搜索工具，将交集靶点输入到STRING数据库中，限定物种为人类，构建PPI网络，并利用cytospace3.9.1绘制PPI网络图，节点的大小和颜色根据度值进行调整，显示了相应靶点与肺癌及中药自拟经验方各化合物的相互作用关系；S5：KEGG通路富集分析和GO功能富集分析探索抗肺癌具体机制将STRING数据库筛选出的关键靶点导入Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析，得到GOCC、GOMF、GOBP、KEGG相关数据；选取P值最小的前10个GO分析和前20个KEGG分析导入微生信网站，绘制柱状图和气泡图；GO功能富集分析表，显示排名靠前的生物学过程、细胞组分和分子功能可视化；KEGG通路分析得出中药自拟经验方联用作用于肺癌的相关信号通路；通过KEGG通路富集分析及GO功能富集分析得出中药自拟经验方作用于肺癌的潜在机制；S6：构建中药自拟经验方治疗肺癌的主要通路-靶点网络将KEGG富集分析中P值最小的前20条信号通路及各通路对应的靶点导入到Cytyoscape3.9.1中，绘制中药自拟经验方治疗肺癌的主要通路-靶点网络图；S7：分子对接进一步对其机制进行探索选择中药自拟经验方活性成分-靶点网络中度值最高的10个化合物作为配体，利用PubChem数据库检索这些化合物的3D结构；在药物-疾病共同靶点PPI网络和主要通路-靶点网络中选择5个度值最高的靶点作为受体；在PubChem数据库下载配体的sdf格式文件，并利用OpenBabe软件转换成mol.2格式；同时，从RCSBPDB数据库获取受体的pdb格式文件；使用Pymol及AutoDockvina1.5.6软件对所得靶点蛋白进行处理，包括蛋白质结构的去水，加氢等；然后，将它们转换为pdbqt格式；使用AutoDockvina1.5.6软件进行关键成分和核心靶点的分子对接；得出核心靶点和关键成分作用与肺癌密切相关。

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