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申请/专利权人：中国农业大学
摘要：本发明公开了基于低深度测序数据实现小麦外源渗入片段和种质资源鉴定的装置和计算机可读存储介质。本发明所要保护的一个技术方案是鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的装置，所述装置包括CNV区块鉴定模块和外源渗入片段输出模块。本发明通过提取小麦样本基因组DNA进行随机测序；鉴定小麦重测序样本相对于参考基因组的CNV区块；使用隐马尔科夫模型对初始CNV区块平滑降噪；过滤低频并且较短的CNV区块；根据重叠及连锁特征对CNV区块分类合并获得CNVb标记集；根据CNV区块与CNVb标记集的映射重叠比识别待测样本中的CNVb标记。本发明可用于六倍体小麦种质资源鉴定和外源渗入片段鉴定。
主权项：1.鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的装置，其特征在于：所述装置包括如下模块：A1CNV区块鉴定模块：用于鉴定待测小麦基因组数据的CNV区块，得到待测小麦的CNV区块；所述CNV区块是通过合并均为重复或缺失的CNV窗口得到的DNA；所述CNV窗口是存在CNV的小窗，所述小窗是将全基因组按照大小均等划分得到的单位DNA区段；A2外源渗入片段输出模块：用于将所述待测小麦的CNV区块与CNVb标记组成的CNVb标记数据库进行比对，获得所述CNVb标记，将所述待测小麦的CNV区块中含有的CNVb标记输出为外源渗入片段信息，得到待测小麦基因组中外源渗入片段；所述CNVb标记是已知品种小麦的基因组与小麦参考基因组比对及筛选得到的代表性CNV区块。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国农业大学 基于低深度测序数据实现小麦外源渗入片段和种质资源鉴定的装置和计算机可读存储介质
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