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阻碍细菌保守区域逆转录的探针组合物及其应用 

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申请/专利权人:翌圣生物科技(上海)股份有限公司

摘要:本发明提供一种阻碍细菌保守区域逆转录的探针组合物,包括针对16SrRNA和23SrRNA序列保守性区域的96条探针,序列如SEQIDNO.1‑96所示,每条探针能够结合不低于10%的常见细菌rRNA,能够特异高效地识别并结合这些靶细菌rRNA的保守序列区域,并阻碍这些区域RNA的逆转录,同时保留非保守区域rRNA的正常逆转录。使用本发明公布的细菌rRNA逆转录探针进行RNAmNGS检测具有操作简单一步操作、耗时短2min、损失小和成本低等优点,并显著提升了RNAmNGS检测技术的有效数据占比、检出率、灵敏度和准确性,非常适用于RNAmNGS的自动化检测。

主权项:1.一种阻碍细菌16SrRNA和23SrRNA保守区域逆转录的探针组合物,其特征在于,为下表所示的探针混合物 序号 序列名称 5’-3’ 1 Bacteria16S-1 CT GAGCCAGGATCAAACTCT 2 Bacteria16S-2 C GTTCGACTTGCATGTGTTA 3 Bacteria16S-3 T TACTCACCCGTCCGCCGCT 4 Bacteria16S-4 CG GTATTAGACCCCGTTTCC 5 Bacteria16S-5 TACC CCACCAACTAGCTAAT 6 Bacteria16S-6 TC ATCCTCTCAGACCAGCTA 7 Bacteria16S-7 CT CAGTCCCAGTGTGGCTGA 8 Bacteria16S-8 C TGCTGCCTCCCGTAGGAGT 9 Bacteria16S-9 C CATTGTGCAATATTCCCCA 10 Bacteria16S-10 C ACGCGGCGTCGCTGCATCA 11 Bacteria16S-11 TTTAC AACCCGAAGGCCTTC 12 Bacteria16S-12 GT ATTACCGCGGCTGCTGGC 13 Bacteria16S-13 CTTT ACGCCCAGTAATTCCG 14 Bacteria16S-14 G GGCTTTCACATCAGACTTA 15 Bacteria16S-15 TTCC CAGGTTGAGCCCGGGG 16 Bacteria16S-16 CA CCGCTACACCAGGAATTC 17 Bacteria16S-17 TC TACGCATTTCACCGCTAC 18 Bacteria16S-18 CG CCTTCGCCACTGGTGTTC 19 Bacteria16S-19 GC TTTCGCACCTCAGCGTCA 20 Bacteria16S-20 AC TACCAGGGTATCTAATCC 21 Bacteria16S-21 ATC GTTTACGGCGTGGACTA 22 Bacteria16S-22 CC GTACTCCCCAGGCGGAAT 23 Bacteria16S-23 C CCGTCAATTCCTTTGAGTT 24 Bacteria16S-24 CAC ATGCTCCACCGCTTGTG 25 Bacteria16S-25 GGT AAGGTTCTTCGCGTTGC 26 Bacteria16S-26 GCA CCAATCCATCTCTGGAA 27 Bacteria16S-27 GAA GGCACCAATCCATCTCT 28 Bacteria16S-28 CGA GCTGACGACAGCCATGC 29 Bacteria16S-29 GC TCGTTGCGGGACTTAACC 30 Bacteria16S-30 TA AGGACAAGGGTTGCGCTC 31 Bacteria16S-31 ACC GGCAGTCTCCTTAGAGT 32 Bacteria16S-32 TGA CGTCATCCCCACCTTCC 33 Bacteria16S-33 TAAG GGGCATGATGACTTGA 34 Bacteria16S-34 TTG TAGCACGTGTGTAGCCC 35 Bacteria16S-35 AT CCGAACTGAGACCGGCTT 36 Bacteria16S-36 TGC AGACTCCAATCCGGACT 37 Bacteria16S-37 TT ACTAGCGATTCCGACTTC 38 Bacteria16S-38 CT GCGATTACTAGCGACTCC 39 Bacteria16S-39 CC CGGGAACGTATTCACCGC 40 Bacteria16S-40 TG ACGGGCGGTGTGTACAAG 41 Bacteria16S-41 ACC CACTCCCATGGTGTGAC 42 Bacteria16S-42 ACCTTGTTACGACTTCACCC 43 Bacteria23S-1 AGG CATCCACCGTGCGCCCT 44 Bacteria23S-2 TTCAT CGCCTCTGACTGCCA 45 Bacteria23S-3 GGT TTCCCCATTCGGAAATC 46 Bacteria23S-4 GG TACTTAGATGTTTCAGTT 47 Bacteria23S-5 C CCGTTCGCTCGCCGCTACT 48 Bacteria23S-6 GT ACAGGAATATCAACCTGT 49 Bacteria23S-7 TTA CGCCTTTCGTGCGGGTC 50 Bacteria23S-8 GTAT TTAGCCTTGGAGGATG 51 Bacteria23S-9 CTT TCCCTCACGGTACTGGT 52 Bacteria23S-10 TT TCAGGTTCTATTTCACTC 53 Bacteria23S-11 TC ATTCTACAAAAGGCACGC 54 Bacteria23S-12 GCC CTATTCAGACTCGCTTT 55 Bacteria23S-13 GT TACCCAACCTTCAACCTG 56 Bacteria23S-14 G CCTTTCACCCCCAGCCACA 57 Bacteria23S-15 TT TCGGGGAGAACCAGCTAT 58 Bacteria23S-16 C AAACAGTGCTCTACCTCCA 59 Bacteria23S-17 TTG GTAAGTCGGGATGACCC 60 Bacteria23S-18 TTA GCACCCGCCGTGTGTCT 61 Bacteria23S-19 CT GGGCTGTTTCCCTTTCGA 62 Bacteria23S-20 G GGACCTTAGCTGGCGGTCT 63 Bacteria23S-21 TGCT TCTAAGCCAACCTCCT 64 Bacteria23S-22 GTG AGCTATTACGCACTCTT 65 Bacteria23S-23 AGCC CCGGTACATTTTCGGC 66 Bacteria23S-24 TTACA GAACGCTCCCCTACC 67 Bacteria23S-25 TTA TCGTTACTTATGTCAGC 68 Bacteria23S-26 GAAC CCTTGGTCTTCCGGCG 69 Bacteria23S-27 TCGA CTACGCCTTTCGGCCT 70 Bacteria23S-28 GTAC AGGAATATTAACCTGT 71 Bacteria23S-29 CCG GGACAACCGTCGCCCGG 72 Bacteria23S-30 CTTA GAGGCTTTTCCTGGAA 73 Bacteria23S-31 CCT GTGTCGGTTTGCGGTAC 74 Bacteria23S-32 CG AGTTCCTTAACGAGAGTT 75 Bacteria23S-33 CC CTTCTCCCGAAGTTACGG 76 Bacteria23S-34 CT GTGTTTTTGATAAACAGT 77 Bacteria23S-35 AC CTTCCAGCACCGGGCAGG 78 Bacteria23S-36 TT ACGGCCGCCGTTTACCGG 79 Bacteria23S-37 GGT CGGAACTTACCCGACAA 80 Bacteria23S-38 TTAC GCCATTCGTGCAGGTC 81 Bacteria23S-39 TGA GTCTCGGGTGGAGACAG 82 Bacteria23S-40 GATT TCAATTTCACTGAGTC 83 Bacteria23S-41 GG GGTCTTTCCGTCCTGTCG 84 Bacteria23S-42 AGT AAAGGTTCACGGGGTCT 85 Bacteria23S-43 CCTC CCACCTATCCTACACA 86 Bacteria23S-44 TTA AAGGGTGGTATTTCAAG 87 Bacteria23S-45 GG CGACCGCCCCAGTCAAAC 88 Bacteria23S-46 CTC CGTTACTCTTTAGGAGG 89 Bacteria23S-47 TC TCGCAGTCAAGCTCCCTT 90 Bacteria23S-48 CTT TTATCCGTTGAGCGATG 91 Bacteria23S-49 C CGACATCGAGGTGCCAAAC 92 Bacteria23S-50 GG CGAACAGCCCAACCCTTG 93 Bacteria23S-51 GA ACTGTCTCACGACGTTCT 94 Bacteria23S-52 CA TCCCGGTCCTCTCGTACT 95 Bacteria23S-53 AG ATGCTTTCAGCGGTTATC 96 Bacteria23S-54 TG GGAAATCTCATCTTGAGG 。

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