龙图腾网&IPTOP
- 微信扫码登录
- 账号密码登录
- 短信登录/注册
买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！
申请/专利权人：广东工业大学
摘要：本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法和应用。该方法利用三个适用于植物转录本编码能力预测效果极佳且对植物具有较强针对性的预测鉴定软件RNAplonc、PINC、LncFinder以及进行蛋白数据库比对的Trinotate软件进行紫萍LncRNA鉴定以及功能注释。本发明的LncRNA鉴定方法准确率高达到97％，具有高度的可靠性以及准确性，能够更准确更全面的鉴定出可能参与紫萍生长发育的LncRNA基因。此外，在靶基因的预测时，本发明对miRNA前体和非前体部分均进行了预测，更有助于揭示紫萍在硫胁迫下的LncRNA作用及其分子机理。
主权项：1.一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、使用sra-tools下载紫萍LncRNA的原始数据，该工具可以从NCBI的geo或者SRA数据库下载数据；S2、通过fastqc进行质量控制处理，并使用trimmomatic进行去接头和低质量数据剔除；S3、使用Hisat2将reads比对到紫萍的基因组序列，并使用samtools进行相关数据的排序和格式转换，使用salmon工具来进行转录本定量；S4、使用stringtie软件进行转录本的组装，并使用TACO软件进行转录本的拼接，得到拼接好的转录本序列；S5、使用RNAplonc、PINC、LncFinder软件对转录本进行编码能力预测，并使用Trinotate软件进行蛋白数据的比对，然后使用脚本，从比对结果中筛选出没有任何数据库注释的转录本，随后用这四个软件的结果进行取交集，交集结果判定是LncRNA；S6、将紫萍LncRNA序列比对到miRbase数据库，并使用RNAfold预测RNA二级结构来分析出紫萍LncRNA中可能是miRNA前体的部分，同时对miRNA前体部分进行靶基因预测；S7、使用R包DESeq2进行差异表达分析，根据表达量的不同找到差异表达的LncRNA，再使用bedtools来寻找差异表达的LncRNA的顺式靶基因，最后对找到的靶基因使用GO和KEGG进行功能注释。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 广东工业大学 一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法和应用
免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。
主营中国专利交易买卖与专利转让许可,高校科技成果推广与科技成果转化,知识产权运营管理与平台开发,科技人才专家库与科技猎头等科技服务
开放平台
担保交易
惠及多方
会员特惠
专属平台
适合多方
数据共享
功能齐全
皖公网安备 34010402703815号