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一种基于元动力学的靶点发现方法及相关装置 

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申请/专利权人:华为云计算技术有限公司;北京大学

摘要:本申请实施例提供了一种基于元动力学的靶点发现方法及相关装置,应用于生物、医药、药物设计领域。该方法包括:对配体结构和受体结构进行动力学模拟,使得配体结构在动力学模拟过程中遍历受体结构表面;确定配体结构在受体结构表面的各个结合位点的目标信息;根据各个结合位点的目标信息的排序输出确定受体结构的口袋信息。在这个过程中,通过一次遍历就可以获得多个结合位点,能够使得受体构象搜索的范围更广,并减小了计算量,提高了结合位点的发现效率。

主权项:1.一种基于元动力学的靶点发现方法,其特征在于,所述方法包括:对配体结构和受体结构进行动力学模拟,其中,在所述动力学模拟过程中所述配体结构被配置了偏向势,所述配体结构的偏向势使得所述配体结构在所述动力学模拟过程中遍历所述受体结构表面,所述偏向势的计算模型包含偏向系数表达式,所述偏向系数表达式用于反映所述配体结构与所述受体结构结合时得到的结合构象的偏向程度;确定所述配体结构在所述受体结构表面的各个结合位点的目标信息,其中,所述目标信息包括停留时间或偏向系数,每个结合位点的偏向系数为根据目标参数和所述偏向系数表达式计算得到的,所述目标参数包括所述配体结构在所述动力学模拟过程中产生的参数值;根据所述各个结合位点的目标信息的排序结果输出所述受体结构的口袋信息。

全文数据:

权利要求:

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