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申请/专利权人：浙江大学
摘要：本发明公开了一种基于扩散模型的蛋白质多功能片段支架设计方法和装置，属于蛋白质结构设计技术领域，包括：构建用于蛋白质多功能片段支架设计的浮动锚定扩散模型；前向过程向所有氨基酸位置添加旋转噪声和平移噪声，将蛋白质功能片段内的旋转噪声和平移噪声融合得到使其保持刚体运动的刚体旋转噪声和刚体平移噪声；反向过程获取所有氨基酸位置的预测旋转噪声和预测平移噪声，将蛋白质功能片段内的预测旋转噪声和预测平移噪声融合得到刚体预测旋转噪声和刚体预测平移噪声；通过预测噪声和添加的噪声间损失最小得到完整蛋白质结构。本发明通过将蛋白质功能片段视为刚体，使其在运动时保持结构不变，支持包含若干蛋白质功能片段的完整结构设计。
主权项：1.一种基于扩散模型的蛋白质多功能片段支架设计方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1：构建包含已知蛋白质结构的训练样本集，所述已知蛋白质结构包括蛋白质功能片段和蛋白质支架，构建浮动锚定扩散模型；步骤2：在浮动锚定扩散模型的前向加噪过程，向已知蛋白质结构内所有氨基酸位置添加噪声，得到加噪蛋白质结构，所述噪声包括旋转噪声和平移噪声，其中，将蛋白质功能片段内的旋转噪声和平移噪声分别通过刚体噪声设计模块，得到用于使蛋白质功能片段保持刚体运动的刚体旋转噪声和刚体平移噪声；步骤3：在浮动锚定扩散模型的反向去噪过程，获取加噪蛋白质结构中所有氨基酸位置的预测噪声，所述预测噪声包括预测旋转噪声和预测平移噪声，其中，将蛋白质功能片段内的预测旋转噪声和预测平移噪声分别通过刚体噪声设计模块，得到用于使蛋白质功能片段保持刚体运动的刚体预测旋转噪声和刚体预测平移噪声；通过预测噪声和添加的噪声间损失最小化，优化加噪蛋白质结构得到完整蛋白质结构；步骤4：迭代步骤2和步骤3，直到达到预设迭代次数，得到训练好的浮动锚定扩散模型，用于蛋白质多功能片段支架设计。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江大学 基于扩散模型的蛋白质多功能片段支架设计方法和装置
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