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申请/专利权人：武汉明德生物科技股份有限公司
摘要：本发明公开了一种基于kmers的物种特异性引物对设计方法及系统，该方法包括如下步骤：筛选并获取目标病原微生物多个基因组文件；利用基因组文件生成kmers序列集合，同时基于TM值和各集合间的比对获取保守kmers；将保守kmers比对至NCBINT库，根据比对结果生成候选引物对；对候选引物对进行去冗余处理，得到物种特异性引物对。本发明方法适用广泛，且获取的物种特异性引物对的检测精度更高，可以大大减少测序量并提高检测准确性，为开发多重病原微生物PCR检测体系提供了一种新策略。
主权项：1.一种基于kmers的物种特异性引物设计方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）筛选并获取目标病原微生物m个基因组文件；（2）针对任一基因组文件，分别通过步移的方式生成kmers序列的集合，选取TM值符合且同时存在于n个以上集合中的kmers序列作为保守kmers，其中n≥0.8m；（3）将保守kmers比对至NT库，保留仅能比对至目标病原微生物上的kmers序列，同时根据比对结果中的位置信息构建引物对，再选取DeltaH值＜-30000的引物对生成候选引物对文件；（4）对候选引物对文件进行去冗余处理，得到目标病原微生物的特异性引物对。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 武汉明德生物科技股份有限公司 一种基于kmers的物种特异性引物对设计方法及系统
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