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使用DNA条形码数字计数细胞融合事件 

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申请/专利权人:A-阿尔法生物股份有限公司

摘要:公开了使用多路复用寡核苷酸分子条形码和下一代测序来估计在液体培养中发生的细胞融合事件的数目的组合物和方法。用于量化独特的细胞融合事件的方法,所述方法包括:提供第一数量的细胞,其中第一数量的细胞中的每个细胞包含外源性核酸载体的第一文库的外源性核酸载体。

主权项:1.用于量化独特的细胞融合事件的方法,所述方法包括:提供第一数量的细胞,其中所述第一数量的细胞中的每个细胞包含外源性核酸载体的第一文库中的外源性核酸载体,其中所述第一文库中的每个外源性核酸载体包含第一开放阅读框ORF,所述第一开放阅读框ORF与选自第一多个寡核苷酸分子条形码序列的寡核苷酸分子条形码序列连接;提供第二数量的细胞,其中所述第二数量的细胞中的每个细胞包含外源性核酸载体的第二文库的外源性核酸载体,其中所述第二文库中的每个外源性核酸载体包含第二ORF,所述第二ORF与选自第二多个寡核苷酸分子条形码序列的寡核苷酸分子条形码序列连接;在液体培养基中将所述第一数量的细胞和所述第二数量的细胞组合以产生培养物;足以使所述第一数量的细胞中的细胞和所述第二数量的细胞中的细胞之间发生融合事件以产生多个融合细胞的时间和条件下使所述培养物生长,其中在所述融合细胞内的第一外源性核酸载体与第二外源性核酸载体之间发生重组事件,以产生组合的寡核苷酸分子条形码序列;对来自所述培养物的组合的寡核苷酸分子条形码序列进行测序;对于每对第一ORF和第二ORF,确定所述培养物中观察到的所述组合的寡核苷酸分子条形码内的第一寡核苷酸分子条形码序列和第二寡核苷酸分子条形码序列的独特对的第一数目;对于每对第一ORF和第二ORF,确定可能的组合的寡核苷酸分子条形码序列的第二数目;和基于所述第一数目和第二数目,计算所述培养物中独特的融合事件的估计数目。

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