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申请/专利权人：中国水产科学研究院黄海水产研究所

摘要：本发明属于水产养殖动物基因组学和分子育种领域，具体涉及鱼类抗病性状主效QTL精细定位方法。本发明利用鱼类自然发病群体的样本和表型数据，通过基因组重测序、育种芯片靶向测序、基因型填充、连锁不平衡衰减分析和全基因组关联分析等方法，对鱼类抗病性状进行QTL精细定位，挖掘与抗病性状紧密连锁的可靠主效QTL，为鱼类抗病性状分子育种奠定重要基础。

主权项：1.一种鱼类抗病性状主效QTL精细定位方法，其特征在于：包括以下步骤：（1）收集鱼类自然发病群体的鳍条样本和表型数据；（2）将所述自然发病群体的所有亲本的鳍条样本或者所述自然发病群体的部分鳍条样本进行基因组DNA提取，然后进行基因组重测序和基因分型，获得SNP基因型并进行过滤；（3）将所述自然发病群体的全部鳍条样本进行基因组DNA提取后，用育种芯片进行靶向测序和基因分型，获得所述自然发病群体所有个体的SNP基因型并进行过滤；（4）对步骤（3）过滤后的SNP基因型进行填充；（5）利用步骤（4）填充后的SNP基因型进行连锁不平衡衰减分析；（6）利用步骤（4）填充后的SNP基因型和所述自然发病群体的表型数据进行全基因组关联分析；（7）利用步骤（5）和（6）的分析结果确定主效QTL区间，得到鱼类抗病性状主效QTL；步骤（1）中，所述自然发病群体包括自然发病期间的死亡个体和存活个体，总数量＞300个；所述自然发病群体的表型数据的记录方式为死亡存活状态或死亡天数；步骤（2）和（3）中，基因型过滤条件为：SNP的最小等位基因频率≥0.05，SNP的缺失率＜0.05，杂合率≥0.01，哈代温伯格平衡的显著水平为0.00000001；步骤（2）中，所述自然发病群体的所有亲本的基因组重测序深度＞20X，若所述自然发病群体无亲本，则选取所述自然发病群体的部分鳍条样本进行基因组重测序，其中选取样本数量≥所述自然发病群体全部个体的10%，测序深度＞20X；步骤（3）中，所述育种芯片包含的SNP数量＞20000个，测序深度＞300X；步骤（7）中，主效QTL区间的精确确定方法为：a、通过步骤（5）连锁不平衡衰减分析，确定连锁不平衡相关系数平方r2衰减到0.2-0.3时所对应的距离；b、通过步骤（6）全基因组关联分析，得到位于同一染色体的所有显著SNP所跨的区间；c、在步骤b所述区间的基础上，其上游和下游各增加步骤a所述距离的2倍，所得总区间即为所述主效QTL区间。

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