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申请/专利权人：上海交通大学;沪渝人工智能研究院
摘要：本发明属于分子动力学领域，具体涉及一种基于GPU实现粒子间短程相互作用计算的方法，包括：设计Map和Reduce两个操作符；对粒子空间进行网格划分，并预处理；对粒子划分区域；根据粒子编号、位置将粒子分配到GPU的每个线程上；选取S球域中的所有粒子，通过Map和Reduce操作计算S球域的近程力；随机均匀选取CS球域中的部分粒子，通过Map和Reduce操作计算CS球域的近程力；结合S球域的近程力和CS球域的近程力以及加入修正项计算粒子的实际近程力。本发明基于主流GPU架构高效实现了计算粒子短程相互作用时，通过球域划分引入随机受力，大幅减少近邻粒子数量来降低计算复杂度，很好的提升了计算效率。
主权项：1.一种基于GPU实现粒子间短程相互作用计算的方法，其特征在于，包括：S1：设计Map和Reduce两个操作符用于GPU并行计算；所述Map操作符用于通过GPU具备的多线程thread能力，并行的处理多个原子；所述Reduce操作符用于并行的计算大规模粒子信息相乘或加和；S2：设定网格大小rc，对粒子空间进行网格划分，构建CellList，并对划分得到的CellLis进行预处理；S3：对预处理后的CellList中的粒子划分区域，半径小于rs的区域为S球域，半径在rc和rs之间的区域为CS球域；S4：根据粒子编号i将粒子分配到GPU的每个线程上；S4：在GPU上，选取S球域中的所有粒子，通过Map和Reduce操作，并行的在每个线程上计算S球域的近程力；S5：在GPU上，通过随机算法随机均匀选取CS球域中的部分粒子，通过Map和Reduce操作，并行的在每个线程上计算CS球域的近程力；S6：在GPU上，通过Map和Reduce操作，结合S球域的近程力和CS球域的近程力以及加入两球域之间的近程力修正项，并行的在每个线程上计算粒子的实际近程力。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 上海交通大学 沪渝人工智能研究院 一种基于GPU实现粒子间短程相互作用计算的方法
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