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一种基于抗体结构微调的蛋白质大语言模型针对特定抗原设计新抗体的系统 

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申请/专利权人:华院计算技术(上海)股份有限公司

摘要:本发明公开了一种基于抗体结构微调的蛋白质大语言模型针对特定抗原设计新抗体的系统。一种训练抗体3D结构模型的系统,所述系统包括以下模块:1模型微调模块:该模块用于使用抗体序列数据库对蛋白质语言大模型进行微调;2抗体设计模块:该模块用于使用抗体序列微调后的蛋白质大语言模型进行目标抗体序列的优化和设计;33D结构建模模块:该模块用于对优化和设计后的抗体序列进行3D结构建模。本发明的模型构建了从模型训练、抗体序列生成、抗体结构预测、抗原抗体对接的全过程,增加了抗体和特定抗原的亲和力与特异性,能大大缩短抗体筛选的时间,帮助企业加速抗体药物的研发。

主权项:1.一种训练抗体3D结构模型的系统,其特征在于,所述系统包括以下模块:1模型微调模块:该模块用于使用抗体序列数据库对蛋白质语言大模型进行微调;所述抗体序列数据库例如来自SabDab、SKEMPI_V2和OAS数据库中的一种或多种;优选地,SAbDab数据库中的抗体结构数据作为主要训练数据,SKEMPI_V2和OAS的抗体序列作为补充;2抗体设计模块:该模块用于使用抗体序列微调后的蛋白质大语言模型进行目标抗体序列的优化和设计;33D结构建模模块:该模块用于对优化和设计后的抗体序列进行3D结构建模。

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权利要求:

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