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一种基于深度学习的拉曼光谱前列腺癌辅助诊断算法 

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申请/专利权人:上海大学;上海大学温州研究院

摘要:本发明涉及一种基于深度学习的拉曼光谱前列腺癌辅助诊断算法,属于肿瘤领域,提出了一个拉曼Transformer模型,命名为Raman‑Transformer,该模型将拉曼光谱数据点分割成块,并使用Transformer编码器来捕捉块之间的内部关联,并区分前列腺癌患者和前列腺增生患者。该基于深度学习的拉曼光谱前列腺癌辅助诊断算法,在输入原始拉曼光谱后,模型将输出癌变和非癌变的概率;该模型可以分为三个模块:Corp卷积层、Transformer编码器和多层感知器MLP。Corp卷积层用于通过分割、添加类别标记和线性投影来预处理输入的拉曼光谱数据,以获得适合Transformer编码器的输入。

主权项:1.一种基于深度学习的拉曼光谱前列腺癌辅助诊断算法,其特征在于,包括以下步骤:步骤1:收集血清样本,并制作血清拉曼光谱数据集;步骤2:光谱数据预处理并构建训练数据集,将上述数据集进行数据预处理,对每条拉曼光谱数据进行光谱重采样、基线校准和归一化处理,消除宇宙射线、荧光背景不稳定外界因素的影响,并生成用于机器学习的标准数据集;步骤3:将数据集送入设计的Raman-Transformer网络,训练前列腺癌诊断模型,对原始模型中的位置嵌入模块进行调整,并引入Corp卷积层来裁剪拉曼光谱;步骤4:被裁剪过的拉曼光谱数据被用作Transformer编码器模型的初始输入,遵循原始Transformer的架构,它由M个交替层组成,每层包括一个多头自注意力Multi-headSelf-attention模块和一个多层感知机MLP模块,每个模块还执行了层归一化LayerNormalization,简称LN和残差连接,经过M层之后,再次应用LNZM以获得Transformer编码器的输出y;步骤5:获得模型,在Transformer编码器的MLP中,序列经过两个全连接层,两层之间使用高斯误差线性单元GELU作为非线性激活函数;通过Transformer编码器获取到Raman光谱的内部特征和相关性后,类别标记从输出y中分离出来,并输入到与Transformer编码器中MLP相同架构的MLP中;这一过程用于获得最终的分类概率结果,模型公式如下;

全文数据:

权利要求:

百度查询: 上海大学 上海大学温州研究院 一种基于深度学习的拉曼光谱前列腺癌辅助诊断算法

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