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申请/专利权人：首都医科大学附属北京胸科医院;北京市结核病胸部肿瘤研究所

摘要：本发明属于SNP分子标记领域，具体涉及一种用于结核分枝杆菌谱系3.1.1除L3.1.1.i1和L3.1.1.i2两个亚分支外，6个遗传进化分支鉴定的37个SNP位点试剂盒及其应用。目前结核分枝杆菌可进一步的分为具有遗传进化关系的谱系lineage1至9，其中较现代的谱系为谱系2,3和4。Maha[1]等基于全基因组数据将谱系3lineage3，简称L3又分为L3.1.1，L3.1.2，L3.2.1和L3.2.2，其中又对L3.1.1进一步分出了L3.1.1.i1和L3.1.1.i2两个亚分支。本专利提供一种对结核分枝杆菌谱系3.1.1除L3.1.1.i1和L3.1.1.i2两个亚分支外的6个新的亚分支深入分型鉴定的方法，以期为致病性基础研究和精准结核病防控提供支持。上述方法涉及包括SNP位点37个的SNP集合，通过该SNP集合能够将结核分枝杆菌谱系3.1.1的6个新亚分支实现鉴定和遗传进化分析，显著提高了SNP在结核分枝杆菌谱系3.1.1的整个8个亚分支中的分辨率和特异性。

主权项：1.一种鉴定结核分枝杆菌谱系3.1.1的6个新亚分支SNP位点的试剂盒，其特征在于所述试剂盒中包括用于检测SNP集合的试剂和或组件，所述SNP集合包括以下SNP位点；所述SNP位点的物理位置是基于结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列比对确定的，所述结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列的AccesionNumber为NC_000962.3： SNP位点组合1：位于结核分枝杆菌染色体上第3571834位，其核苷酸为CA；SNP位点组合2：位于结核分枝杆菌染色体上第911261位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第3874726位，其核苷酸为CA；SNP位点组合3：位于结核分枝杆菌染色体上第633562位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第2221584位，其核苷酸为GC；位于结核分枝杆菌染色体上第2941179位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第4059186位，其核苷酸为GT；SNP位点组合4：位于结核分枝杆菌染色体上第358473位，其核苷酸为GC；位于结核分枝杆菌染色体上第635139位，其核苷酸为CG；位于结核分枝杆菌染色体上第1111852位，其核苷酸为GT；位于结核分枝杆菌染色体上第2186236位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第3247874位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第3385218位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第3678094位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第3964930位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第4060100位，其核苷酸为CT；SNP位点组合5：位于结核分枝杆菌染色体上第208320位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第301341位，其核苷酸为GT；位于结核分枝杆菌染色体上第686123位，其核苷酸为CA；位于结核分枝杆菌染色体上第957306位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第996263位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第1728161位，其核苷酸为CA；位于结核分枝杆菌染色体上第2128372位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第2289047位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第2504177位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第3112700位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第3459081位，其核苷酸为GC；位于结核分枝杆菌染色体上第3714639位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第4007272位，其核苷酸为GA；位于结核分枝杆菌染色体上第4097569位，其核苷酸为CA；位于结核分枝杆菌染色体上第4313156位，其核苷酸为GA；SNP位点组合6：位于结核分枝杆菌染色体上第224338位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第1836417位，其核苷酸为GT；位于结核分枝杆菌染色体上第1924959位，其核苷酸为CT；位于结核分枝杆菌染色体上第2631641位，其核苷酸为CA；位于结核分枝杆菌染色体上第3219500位，其核苷酸为AT；位于结核分枝杆菌染色体上第4289953位，其核苷酸为CT。

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