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一种基于transformer的病理切片多组学数据预测方法 

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申请/专利权人:江苏运动健康研究院

摘要:本发明涉及基于人工智能的计算病理学技术领域,特别是涉及一种基于transformer的病理切片多组学数据预测方法,包括以下步骤:S1、获取数据并进行预处理;获取来自石蜡切片或者冰冻切片的数字病理图像,并对图像进行分割以获取前景组织,对分割之后的前景组织进行分块获取图像块;S2、基于transformer进行特征提取;S3、基于transformer进行特征聚合;S4、将S3所获得的embedding输入一层全连接层得到最后的模型输出,即组学数据的预测;S5、计算S4所获得的模型输出与真实的组学数据的损失值。本发明提供较为全面的组学信息预测结果,且预测结果较为准确。

主权项:1.一种基于transformer的病理切片多组学数据预测方法,其特征在于,包括以下具体步骤:S1、获取数据并进行预处理;获取来自石蜡切片或者冰冻切片的数字病理图像,并对图像进行分割以获取前景组织,对分割之后的前景组织进行分块获取图像块;S2、基于transformer进行特征提取;对S1中获取的每一个图像块进行特征提取,每个图像块所提取的特征嵌入embedding经过一层全连接网络层对齐到统一的维度,并且将该embedding保存到本地;S3、基于transformer进行特征聚合;对S2获取的同一张病理切片的所有特征嵌入进行特征聚合;经过S2特征提取之后的embedding经过一层全连接网络以及ReLU层非线性激活,来进行降维并输出;S4、将S3所获得的embedding输入一层全连接层得到最后的模型输出,即组学数据的预测;S5、计算S4所获得的模型输出与真实的组学数据的损失值。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 江苏运动健康研究院 一种基于transformer的病理切片多组学数据预测方法

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