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申请/专利权人：杭州洛兮医学检验实验室有限公司
摘要：本发明公开了一项基于二代测序技术的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，涵盖了创建物种清单，基因组序列下载、数据库搭建、测序数据质控、人源序列去除、基于k‑mer和LCA算法得出菌种鉴定列表A、基于bwa‑mem算法得到菌种鉴定列表B、采用列表B校正列表A以及菌种注释与筛选等步骤。与目前市场上的方案相比，本发明提供的方法具有明显的不同。首先，为确保分析结果的准确性和全面性，建立了人源序列数据库、微生物比对数据库和微生物注释数据库。此外，本发明结合了目前主流的基于k‑mer和bwa‑mem比对的菌种鉴定方法，实现了两种算法的有机结合，在低丰度物种识别方面表现出明显优势。这些改进措施为病原微生物宏基因组检测带来了更可靠、更有效的解决方案。
主权项：1.一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，包括以下步骤：S-1.创建物种清单，包含细菌、真菌、病毒以及寄生虫；S-2.基因组序列下载；S-3.数据库搭建；S-4.二代测序数据质控；S-5.根据人源序列数据库去除人源序列；S-6.根据微生物比对数据库，基于k-mer和LCA算法得出菌种鉴定列表A；S-7.根据微生物参考基因组数据库，基于bwa-mem算法得到的菌种鉴定列表B；S-8.制定校正原则并用列表B校正列表A，得到更准确的菌种鉴定列表；S-9.根据微生物注释数据库注释菌种鉴定列表的微生物；S-10.潜在致病菌的筛选。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 杭州洛兮医学检验实验室有限公司 一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法
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