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申请/专利权人：因美纳有限公司
摘要：用于软件加速基因组数据读段映射的方法、系统和装置，包括在计算机存储介质上编码的计算机程序。在一些具体实施中，软件加速基因组数据读段映射包括：从基因组数据读段获得第一k聚体种子；基于第一k聚体种子生成基因组签名；基于该基因组签名使用散列数据结构确定参考序列位置；确定不匹配的数量；基于确定不匹配的该数量包括一个或多个不匹配，由一个或多个计算机从该基因组数据读段获得k聚体种子的集合；以及基于来自该基因组数据读段的k聚体种子的该集合，由该一个或多个计算机选择针对该基因组数据读段的实际比对。
主权项：1.一种用于软件加速基因组数据读段映射的方法，所述方法包括：由一个或多个计算机从基因组数据读段获得第一k聚体种子；由所述一个或多个计算机基于所述第一k聚体种子生成基因组签名；由所述一个或多个计算机使用散列数据结构确定与所述第一k聚体种子的至少一部分匹配的参考序列位置，其中所述散列数据结构包括N个数据单元，所述数据单元包括第一部分和第二部分，所述第一部分存储预先确定的基因组签名，所述第二部分存储与同所述预先确定的基因组签名所来源于的所述第一k聚体种子的至少所述一部分匹配的参考基因组序列内的位置相对应的值；由所述一个或多个计算机基于将所述基因组数据读段的基因组数据与所述参考基因组序列的基因组数据进行比较来确定不匹配的数量；由所述一个或多个计算机确定不匹配的所述数量不满足不匹配阈值；基于确定不匹配的所述数量不满足所述不匹配阈值，由所述一个或多个计算机从所述基因组数据读段获得k聚体种子的第二集合；以及基于来自所述基因组数据读段的k聚体种子的所述第二集合，由所述一个或多个计算机选择针对所述基因组数据读段的实际比对。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 因美纳有限公司 多通道软件加速基因组读段映射引擎
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